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万見
- PDB-1ytu: Structural basis for 5'-end-specific recognition of the guide RNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ytu
タイトルStructural basis for 5'-end-specific recognition of the guide RNA strand by the A. fulgidus PIWI protein
要素
  • 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*G)-3'
  • 5'-R(P*UP*GP*UP*C)-3'
  • hypothetical protein AF1318
キーワードRNA binding Protein/RNA / Protein-RNA complex / RNA duplex / RNA binding Protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold ...Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Piwi protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ma, J.B. / Yuan, Y.R. / Meister, G. / Pei, Y. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural basis for 5'-end-specific recognition of guide RNA by the A. fulgidus Piwi protein.
著者: Ma, J.B. / Yuan, Y.R. / Meister, G. / Pei, Y. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2005年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-R(P*UP*GP*UP*C)-3'
E: 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*G)-3'
F: 5'-R(P*UP*GP*UP*C)-3'
A: hypothetical protein AF1318
B: hypothetical protein AF1318
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9978
ポリマ－105,9496
非ポリマー492
水1,02757
1
C: 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*G)-3'
D: 5'-R(P*UP*GP*UP*C)-3'
A: hypothetical protein AF1318
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9994
ポリマ－52,9743
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*G)-3'
F: 5'-R(P*UP*GP*UP*C)-3'
B: hypothetical protein AF1318
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9994
ポリマ－52,9743
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)238.747, 238.747, 52.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細Monomer. There are two copies at one asymmetric unit related by NCS 2-fold axis

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*AP*GP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量: 1938.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 5'-R(P*UP*GP*UP*C)-3'


分子量: 1217.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 hypothetical protein AF1318 / PIWI


分子量: 49818.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O28951
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4K, potassium chloride, magnisium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 4K11
2potassium chloride11
3magnisium chloride11
4cacodylate11
5H2O11
6potassium chloride12
7magnisium chloride12
8PEG 4K12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9776 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 38254 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1w9H

1w9h


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 20.95 / SU ML: 0.22 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.533 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26623 1904 5 %RANDOM
Rwork0.20392 ---
obs0.20689 36055 99.19 %-
all-36055 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å2-0.44 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6814 409 2 57 7282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7922.03310179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2215833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.74924.62316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.923151247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2491528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.23341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.24960
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0590.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2081.54282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83426832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21633771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3094.53347
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 163 -
Rwork0.242 2652 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 120.0854 Å / Origin y: -0.4952 Å / Origin z: 33.6794 Å
111213212223313233
T-0.1831 Å2-0.0308 Å20.0131 Å2--0.093 Å20.0227 Å2---0.1906 Å2
L1.0159 °2-1.3671 °20.1567 °2-1.8404 °2-0.1965 °2--0.328 °2
S0.0831 Å °0.0469 Å °-0.0948 Å °-0.1154 Å °-0.0391 Å °0.0305 Å °0.1584 Å °-0.0152 Å °-0.0439 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AE2 - 4272 - 427
2X-RAY DIFFRACTION1BF2 - 4272 - 427
3X-RAY DIFFRACTION1CA1 - 51 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1DB15 - 181 - 4
5X-RAY DIFFRACTION1EC1 - 61 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1FD15 - 181 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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