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- PDB-6kyb: Crystal structure of Atg18 from Saccharomyces cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyb
タイトルCrystal structure of Atg18 from Saccharomyces cerevisiae
要素Autophagy-related protein 18
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / Macroautophagy / Atg18 / Atg2 / PROPPINs / WD40 / PI3P
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / PAS complex / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3,5-bisphosphate metabolic process / phagophore / positive regulation of vacuole organization / vacuolar protein processing / Macroautophagy / glycophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy ...regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / PAS complex / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3,5-bisphosphate metabolic process / phagophore / positive regulation of vacuole organization / vacuolar protein processing / Macroautophagy / glycophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / late endosome to vacuole transport / autophagy of mitochondrion / pexophagy / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / vacuolar membrane / autophagosome assembly / ubiquitin binding / cell periphery / macroautophagy / protein-macromolecule adaptor activity / endosome membrane / endosome / protein-containing complex / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PROPPIN / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tang, D. / Lei, Y. / Liao, G. / Chen, Q. / Xu, L. / Lu, K. / Qi, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0506300 中国
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of Atg18 reveals a new binding site for Atg2 in Saccharomyces cerevisiae.
著者: Lei, Y. / Tang, D. / Liao, G. / Xu, L. / Liu, S. / Chen, Q. / Li, C. / Duan, J. / Wang, K. / Wang, J. / Sun, B. / Li, Z. / Dai, L. / Cheng, W. / Qi, S. / Lu, K.
履歴
登録2019年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 18
B: Autophagy-related protein 18
C: Autophagy-related protein 18
D: Autophagy-related protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,2464
ポリマ－222,2464
非ポリマー00
水724
1
A: Autophagy-related protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5611
ポリマ－55,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Autophagy-related protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5611
ポリマ－55,5611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Autophagy-related protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5611
ポリマ－55,5611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Autophagy-related protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5611
ポリマ－55,5611
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.330, 95.330, 300.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...
21(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...
31(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A5 - 25
121(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A27 - 63
131(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A65
141(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A6
151(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A5 - 499
161(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A75
171(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A77 - 81
181(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A5 - 499
191(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A417 - 43
1101(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A411 - 415
1111(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A417 - 434
1121(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A437 - 438
1131(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A442
1141(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A464 - 484
1151(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A486 - 494
1161(chain A and (resid 5 through 25 or resid 27...A496 - 498
211(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B5 - 25
221(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B27 - 63
231(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B65
241(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B0
251(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B77 - 81
261(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B75
271(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B83 - 120120
281(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B5 - 498
291(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B290 - 320
2101(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B290 - 320
2111(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B411 - 415
2121(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B437 - 438
2131(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B464 - 484
2141(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B486 - 494
2151(chain B and (resid 5 through 25 or resid 27...B496 - 498
311(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C5 - 25
321(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C27 - 63
331(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C65
341(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C69
351(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C72
361(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C75
371(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C77 - 81
381(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C1 - 499
391(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C417 - 43
3101(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C411 - 415
3111(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C417 - 434
3121(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C437 - 438
3131(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C442
3141(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C464 - 484
3151(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C486 - 494
3161(chain C and (resid 5 through 25 or resid 27...C496 - 498

-
要素

#1: タンパク質
Autophagy-related protein 18 / Atg18 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 18 / Needed for premeiotic replication protein 1 / ...Atg18 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 18 / Needed for premeiotic replication protein 1 / Swollen vacuole phenotype protein 1


分子量: 55561.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG18, AUT10, CVT18, NMR1, SVP1, YFR021W
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43601
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Hepes7.5, 10%PEG6000, 5%MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 39054 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 1.779 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 578363
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.7513.41.70619060.70.4621.770.52297
2.75-2.814.41.33219380.8080.3421.3770.53897.1
2.8-2.8515.11.20519480.8610.3051.2450.54796.8
2.85-2.9115.40.98718780.8880.2491.0190.57196.9
2.91-2.9715.20.74519370.9220.1890.7690.60197.6
2.97-3.04150.56819560.9460.1460.5870.65297.8
3.04-3.1215.10.48819350.960.1260.5040.71497.5
3.12-3.214.90.37718990.9670.0990.390.85197.1
3.2-3.314.40.3319410.9720.0890.3420.95398.2
3.3-3.413.80.27719480.9780.0760.2881.29597.5
3.4-3.5215.10.23219470.9730.0610.241.55798.6
3.52-3.6615.40.21819530.9750.0580.2261.77198.5
3.66-3.8315.20.18419640.980.0490.191.91498.6
3.83-4.0315.20.1619570.9850.0430.1662.24698.7
4.03-4.2914.50.14620060.9840.0410.1522.81799.3
4.29-4.6214.20.12919450.9840.0360.1353.22499.1
4.62-5.0815.60.12319740.9830.0330.1283.16499.1
5.08-5.8115.20.12220040.9850.0340.1272.64899.8
5.81-7.3214.40.11719860.9790.0330.1222.91399.8
7.32-5014.90.11320320.9830.0330.1195.60999.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.16 Å49.85 Å
Translation3.16 Å49.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EXV

4exv


解像度: 2.8→48.628 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 32.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1873 5.02 %
Rwork0.2141 35403 -
obs0.2168 37276 98.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 234.37 Å2 / Biso mean: 103.3867 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→48.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9868 0 0 4 9872
Biso mean---60.25 -
残基数----1304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29513653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071721
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.086071
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3751X-RAY DIFFRACTION18.455TORSIONAL
12B3751X-RAY DIFFRACTION18.455TORSIONAL
13C3751X-RAY DIFFRACTION18.455TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8001-2.87580.37971540.2921265498
2.8758-2.96040.37561170.2945271597
2.9604-3.05590.38981180.2907271797
3.0559-3.16510.38311560.2941269498
3.1651-3.29180.36371470.269269898
3.2918-3.44160.3321890.2548265098
3.4416-3.6230.29931450.2321270999
3.623-3.84990.28161420.2262275399
3.8499-4.1470.26841120.2117278199
4.147-4.56410.26021200.1733277499
4.5641-5.22380.18481460.1565272799
5.2238-6.57890.2551660.22062751100
6.5789-48.6280.23751610.2082780100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3789-2.21.25665.176-2.05694.6476-0.2644-1.3098-0.02940.54630.22270.8553-0.0768-0.8270.02770.582-0.0250.06481.0677-0.10960.7558-55.030523.24755.5721
26.4951-1.46841.20445.4755-0.25816.0159-0.2065-0.4314-0.31610.36020.35840.37080.5099-0.4813-0.18360.60030.15230.03620.82820.03340.555-40.966512.99513.8936
32.17820.95831.89155.66810.49715.3088-0.18540.31490.2031-0.0419-0.02690.0547-0.7065-0.36280.26530.71180.02940.01430.4878-0.06510.5081-33.572919.5321-4.1726
44.8039-1.58790.82383.9386-2.15313.25-0.06160.0049-0.0356-0.30210.1378-0.4722-0.11880.2574-0.06230.58880.0187-0.01860.4813-0.05250.408-34.228518.3635-10.2581
54.86261.50870.46732.33951.19974.4841-0.11110.28110.5625-0.3875-0.19280.2761-0.1037-0.06860.09660.58670.1226-0.07030.50490.0580.6242-34.944829.7818-15.27
64.7653-2.0919-3.50222.13980.14459.38870.2630.45160.6956-1.1089-0.6371-0.995-0.45350.50070.23230.5677-0.01490.07560.59570.17320.7265-43.698733.6991-18.7249
75.31590.68561.35072.56081.67255.9063-0.6479-0.40651.588-0.4972-0.5399-0.0867-0.8085-0.95411.42360.6392-0.0782-0.27760.9366-0.17931.4103-52.653537.5441-11.0351
84.32951.36083.56223.08294.20386.5212-0.49410.63521.5229-0.4881-0.75560.7666-1.1527-0.5771.43010.59460.0953-0.15680.6856-0.05221.1653-59.780136.5213-20.8288
99.1143-2.2438-4.02777.13142.91325.30361.00230.58151.4028-0.1455-0.4483-0.3656-0.7437-0.6798-0.64760.63020.1185-0.15170.6129-0.04570.9686-56.277638.2991-12.6194
105.7035-1.7466-0.66643.16060.56492.2191-0.1384-0.8368-0.09520.58260.2165-0.19550.13760.1546-0.10160.85680.0116-0.1180.6399-0.00270.3745-8.4850.305710.359
112.46633.8176-1.70356.3817-1.75933.86710.25010.09060.29820.2512-0.10230.3166-0.0880.2769-0.16010.67370.0754-0.08410.35310.010.4241-21.55933.4239-4.2972
123.0194-1.0224-0.05583.00730.98582.4080.20610.29710.0196-0.2852-0.11650.0094-0.161-0.0041-0.06940.56750.0338-0.04080.47750.00380.303-14.4546-0.4415-12.5749
135.41860.7122-0.2934.0849-0.0523.85280.15480.7837-0.5497-0.1023-0.1226-0.31060.20210.0818-0.02350.61330.1069-0.10210.6499-0.13690.45082.7179-11.7732-11.8496
140.3647-1.1782-0.36614.9397-0.35072.38370.06750.5141-1.74421.0606-0.3158-0.4057-0.031-1.1715-0.1030.76750.0523-0.36580.9747-0.21651.159114.105-35.33028.0462
154.08173.04312.90344.8242.00443.89910.7359-0.9003-1.32991.3766-0.7243-0.61810.1402-0.02330.13321.4086-0.0796-0.53520.77920.12881.395817.4301-38.078913.3821
167.3058-2.94090.00014.7862-2.6944.0085-0.1582-0.8763-0.61912.9442-0.32440.5488-0.6704-0.77570.59551.2034-0.0071-0.15841.0812-0.07760.99314.9342-33.234326.1034
178.436-3.06910.41063.90820.4754.52690.2634-1.59160.49681.0687-0.1758-0.81260.2134-0.3946-0.10321.3191-0.2015-0.5080.8813-0.03781.010324.7828-21.485622.2277
181.1271.0751-1.73316.0484-2.92337.07110.1867-0.56420.22310.8686-1.0108-0.7304-0.61880.27760.73291.2992-0.1506-0.55180.8801-0.05461.07429.3198-10.463316.6101
196.16411.62-0.53056.94161.21387.2095-0.6207-0.16461.5910.04840.2372-1.5208-0.60551.08370.59090.6953-0.0414-0.35210.8161-0.03041.21329.4681-12.71144.6453
203.09261.34180.92715.33031.7965.48580.0462-0.0814-0.5582-0.2270.1389-0.73060.36180.2881-0.22770.663-0.0047-0.19240.632-0.00180.864521.9185-26.9486-5.4079
216.62710.6239-2.84765.7710.93588.7885-0.96770.967-1.3937-0.1967-0.4196-1.33670.4119-0.62451.32680.78220.1774-0.10020.492-0.08651.095721.0756-33.7054-8.46
225.03543.14950.8086.96550.15163.5041-0.205-1.6492-0.17261.37440.08280.8074-1.5423-0.36870.18281.70310.32510.45671.02340.0450.820722.255458.75021.4863
232.4694-0.99951.96224.8862-3.43337.4699-0.1089-1.4461-0.14931.51930.19720.10630.1993-1.0568-0.03721.86460.20960.68561.65920.48410.969417.221353.69239.6008
240.7647-0.1332-0.02842.3171-1.70011.2513-0.3328-0.688-0.22931.11440.31530.46070.153-0.5896-0.27971.61220.65961.31021.58480.08550.847712.810451.684116.1643
252.57530.8260.34544.30571.38753.11950.4082-1.1311-0.60861.667-0.30171.66310.803-0.63290.10861.3151-0.26640.45431.65040.62431.71397.708338.36545.0476
264.3731.5172-0.30256.7195-0.77314.8253-0.0522-0.0546-0.64450.37920.27791.04140.0933-0.3469-0.20360.5382-0.01160.04960.6018-0.0190.812118.107647.2871-14.5532
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 90 )A5 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 128 )A91 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 224 )A129 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 225 through 264 )A225 - 264
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 265 through 298 )A265 - 298
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 299 through 416 )A299 - 416
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 417 through 438 )A417 - 438
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 439 through 471 )A439 - 471
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 472 through 499 )A472 - 499
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 5 through 128 )B5 - 128
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 129 through 224 )B129 - 224
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 225 through 318 )B225 - 318
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 319 through 498 )B319 - 498
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 24 )C1 - 24
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 25 through 63 )C25 - 63
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 64 through 94 )C64 - 94
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 95 through 146 )C95 - 146
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 147 through 244 )C147 - 244
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 245 through 285 )C245 - 285
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 286 through 481 )C286 - 481
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 482 through 499 )C482 - 499
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1 through 41 )D1 - 41
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 42 through 75 )D42 - 75
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 76 through 93 )D76 - 93
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 94 through 236 )D94 - 236
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 237 through 500 )D237 - 500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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