PDB-5ic7: Structure of the WD domain of UTP18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ic7

タイトル

Structure of the WD domain of UTP18

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / WD40 / nucleolus / rRNA processing

機能・相同性

機能・相同性情報

Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / small-subunit processome / rRNA processing
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.331 Å

データ登録者

Zhang, C. / Ye, K.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Integrative structural analysis of the UTPB complex, an early assembly factor for eukaryotic small ribosomal subunits
著者: Zhang, C. / Sun, Q. / Chen, R. / Chen, X. / Lin, J. / Ye, K.

履歴

登録	2016年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ic7.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ic7.ent.gz	61.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ic7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ic7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ic7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ic8C 5ic9C 5icaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kyb-3 4uz6-1 2vus-2 6kyb-2 6kyb-1 5oq2-2 4gq1-d 4uz5-d 5k19-2 5oq2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.712, 107.712, 83.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 分子量: 46872.977 Da / 分子数: 1 / 断片: WD domain, UNP residues 197-618 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0054250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0SBN9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium, 0.1 M sodium chloride, 1.75 M ammonium sulfate and 0.01 M calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 46392 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.4 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 42.5
反射シェル	解像度: 2.33→2.36 Å / 冗長度: 17.6 % / R_merge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 20.1 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.331→29.153 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.31
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	3830	8.26 %
R_work	0.195	-	-
obs	0.199	46374	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.331→29.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2667	0	30	97	2794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2749
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	3723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.943	1009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	405
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	473

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3305-2.36	0.2526	140	0.21	1518	X-RAY DIFFRACTION	97
2.36-2.391	0.2884	140	0.2156	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.391-2.4238	0.3143	140	0.2165	1535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4238-2.4584	0.265	150	0.2256	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4584-2.4951	0.2828	138	0.2102	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4951-2.534	0.3154	145	0.225	1580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.5756	0.3106	138	0.2228	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5756-2.6199	0.2706	147	0.2154	1620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6199-2.6675	0.2924	128	0.2203	1551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6675-2.7188	0.2874	144	0.2338	1570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7188-2.7743	0.3044	142	0.2436	1593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7743-2.8345	0.2904	144	0.2295	1586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8345-2.9004	0.3033	144	0.217	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9004-2.9729	0.2288	134	0.2082	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9729-3.0532	0.2456	140	0.221	1573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0532-3.1429	0.2516	138	0.2199	1582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1429-3.2442	0.2494	142	0.2029	1607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2442-3.36	0.2397	136	0.1971	1559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.4944	0.2454	150	0.2041	1584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4944-3.6531	0.2236	144	0.1772	1559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6531-3.8453	0.2521	142	0.1758	1591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8453-4.0856	0.2327	142	0.1764	1563	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0856-4.4001	0.2194	156	0.1584	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4001-4.8411	0.1908	135	0.1598	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8411-5.5374	0.1756	138	0.1665	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5374-6.9609	0.2409	146	0.1958	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9609-29.1556	0.2337	147	0.1992	1550	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)