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- PDB-6kxo: Crystal Structure Of VIM-2 Metallo-beta-lactamase In Complex With... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kxo
タイトルCrystal Structure Of VIM-2 Metallo-beta-lactamase In Complex With Inhibitor NO9
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 2,5-dimethyl-4-sulfamoyl-furan-3-carboxylic acid / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Wachino, J.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Sulfamoyl Heteroarylcarboxylic Acids as Promising Metallo-beta-Lactamase Inhibitors for Controlling Bacterial Carbapenem Resistance.
著者: Wachino, J.I. / Jin, W. / Kimura, K. / Kurosaki, H. / Sato, A. / Arakawa, Y.
履歴
登録2019年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,41019
ポリマ－51,0792
非ポリマー1,33117
水11,476637
1
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,31510
ポリマ－25,5391
非ポリマー7759
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9740 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0959
ポリマ－25,5391
非ポリマー5568
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.501, 79.210, 67.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Subclass B1 metallo-beta- ...BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 class B beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 25539.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM-2, blaVIM2, VIM-2, vim-2, IPC669_36195
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0

-
非ポリマー , 5種, 654分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-NO9 / 2,5-dimethyl-4-sulfamoyl-furan-3-carboxylic acid


分子量: 219.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9NO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate dihydrate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→55.43 Å / Num. obs: 66587 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.49→1.57 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Num. unique obs: 9647 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nq2

4nq2


解像度: 1.49→51.487 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.172 / WRfactor Rwork: 0.148 / SU B: 1.048 / SU ML: 0.04 / Average fsc free: 0.9586 / Average fsc work: 0.9643 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.067 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1691 3468 5.208 %
Rwork0.1456 63117 -
all0.147 --
obs-66585 99.73 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.416 Å20 Å20.025 Å2
2---0.476 Å20 Å2
3---0.007 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→51.487 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3492 0 64 637 4193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0173373
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5991.6595157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4281.5777808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4235493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.66821.895190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26415546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg2.073152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8981525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2750
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2020.23200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21541
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1140.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2140.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1780.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2581.061884
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2571.061885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8491.5892360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8481.5912361
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2731.2911879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2721.291880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2971.8512780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2971.8512781
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.94514.8774394
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.82714.4014306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.5290.242650.2114598X-RAY DIFFRACTION99.1639
1.529-1.5710.2032120.1794564X-RAY DIFFRACTION99.7285
1.571-1.6160.1832430.1624417X-RAY DIFFRACTION99.8714
1.616-1.6660.1642720.1524247X-RAY DIFFRACTION99.9337
1.666-1.720.1651940.1434197X-RAY DIFFRACTION99.9317
1.72-1.7810.1652220.1374038X-RAY DIFFRACTION99.9062
1.781-1.8480.1462160.1423866X-RAY DIFFRACTION99.8288
1.848-1.9230.2081910.1473747X-RAY DIFFRACTION99.7973
1.923-2.0090.1882540.1513547X-RAY DIFFRACTION99.8424
2.009-2.1060.1511940.1443409X-RAY DIFFRACTION99.7508
2.106-2.220.1681890.1433266X-RAY DIFFRACTION99.7978
2.22-2.3550.1571640.1363078X-RAY DIFFRACTION99.6618
2.355-2.5170.1581850.1362874X-RAY DIFFRACTION99.6417
2.517-2.7180.1441310.1362718X-RAY DIFFRACTION99.5458
2.718-2.9770.1741150.1442515X-RAY DIFFRACTION99.5458
2.977-3.3270.1791000.1452264X-RAY DIFFRACTION99.8311
3.327-3.8390.1661030.1342016X-RAY DIFFRACTION99.3436
3.839-4.6970.149860.1281693X-RAY DIFFRACTION100
4.697-6.6180.167620.1531343X-RAY DIFFRACTION100
6.618-100.173700.168720X-RAY DIFFRACTION99.1217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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