PDB-6lbl: Crystal structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lbl

タイトル

Crystal structure of IMP-1 metallo-beta-lactamase in complex with NO9 inhibitor

要素

Metallo-beta-lactamase type 2

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Wachino, J.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Sulfamoyl Heteroarylcarboxylic Acids as Promising Metallo-beta-Lactamase Inhibitors for Controlling Bacterial Carbapenem Resistance.
著者: Wachino, J.I. / Jin, W. / Kimura, K. / Kurosaki, H. / Sato, A. / Arakawa, Y.

履歴

登録	2019年11月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lbl.cif.gz	67.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lbl.ent.gz	45.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/6lbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kxiC 6kxoC 6kzlC 6kznC 5ev6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y5b-d 4xtm-d 6jed-d 4xtp-d 5u3e-d 4d69-7 2e6v-3 7d2o-d 2e6v-5 3v8e-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase type 2

ヘテロ分子

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.920, 56.610, 100.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase type 2 / IMP-1 metallo-beta-lactamase / B2 metallo-beta-lactamase / BLA-IMP / IMP-1 / Beta-lactamase type II ...IMP-1 metallo-beta-lactamase / B2 metallo-beta-lactamase / BLA-IMP / IMP-1 / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase type II 分子量: 25146.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52699, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-NO9 / 2,5-dimethyl-4-sulfamoyl-furan-3-carboxylic acid 分子量: 219.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉NO₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 1.12 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.12 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→56.61 Å / Num. obs: 24088 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.281 / Num. unique obs: 3462 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ev6

5ev6

解像度: 1.68→49.386 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.973 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	1187	4.938 %
R_work	0.1577	-	-
all	0.16	-	-
obs	-	24038	99.59 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.257 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.241 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.984 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→49.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1728	0	17	225	1970

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.528	1.65	2462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.338	1.585	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.739	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.428	24.521	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.929	15	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	6.705	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.678	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.199	0.2	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	729
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.111	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.188	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.639	2.367	889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.632	2.363	888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.569	3.545	1111
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.568	3.55	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.259	2.825	923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.259	2.825	924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.054	4.037	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.051	4.037	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.265	29.642	2097
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.268	29.647	2098

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.724	0.194	83	0.187	1679	X-RAY DIFFRACTION	99.8866
1.724-1.771	0.224	92	0.172	1604	X-RAY DIFFRACTION	99.9411
1.771-1.822	0.244	87	0.171	1560	X-RAY DIFFRACTION	99.9393
1.822-1.878	0.228	86	0.172	1529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.878-1.94	0.219	78	0.174	1487	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.008	0.245	76	0.169	1450	X-RAY DIFFRACTION	99.9345
2.008-2.083	0.264	70	0.177	1398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.083-2.168	0.229	69	0.156	1349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.168-2.264	0.23	67	0.162	1290	X-RAY DIFFRACTION	99.7794
2.264-2.375	0.179	60	0.145	1245	X-RAY DIFFRACTION	99.6944
2.375-2.503	0.222	55	0.151	1174	X-RAY DIFFRACTION	99.5948
2.503-2.654	0.187	49	0.157	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.2379
2.654-2.837	0.244	65	0.154	1043	X-RAY DIFFRACTION	98.5765
2.837-3.063	0.25	48	0.161	985	X-RAY DIFFRACTION	99.2315
3.063-3.355	0.193	41	0.16	917	X-RAY DIFFRACTION	98.2564
3.355-3.748	0.19	43	0.151	815	X-RAY DIFFRACTION	98.1693
3.748-4.324	0.191	41	0.132	734	X-RAY DIFFRACTION	98.852
4.324-5.286	0.15	38	0.143	642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.286-7.435	0.195	26	0.163	514	X-RAY DIFFRACTION	100
7.435-49.386	0.148	13	0.165	313	X-RAY DIFFRACTION	97.8979

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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