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- PDB-6sp7: Crystal Structure of the VIM-2 Acquired Metallo-beta-Lactamase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sp7
タイトルCrystal Structure of the VIM-2 Acquired Metallo-beta-Lactamase in Complex with Taniborbactam (VNRX-5133)
要素Metallo-beta-lactamase VIM-2
キーワードHYDROLASE / Metallo-carbapenemase / antibiotic resistance / metallo-beta-lactamase superfamily / zinc-hydrolase / taniborbactam / beta-lactamase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-K9B / Beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Docquier, J.D. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Taniborbactam (VNRX-5133): A Broad-Spectrum Serine- and Metallo-beta-lactamase Inhibitor for Carbapenem-Resistant Bacterial Infections.
著者: Liu, B. / Trout, R.E.L. / Chu, G.H. / McGarry, D. / Jackson, R.W. / Hamrick, J.C. / Daigle, D.M. / Cusick, S.M. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S. / Docquier, J.D. / ...著者: Liu, B. / Trout, R.E.L. / Chu, G.H. / McGarry, D. / Jackson, R.W. / Hamrick, J.C. / Daigle, D.M. / Cusick, S.M. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S. / Docquier, J.D. / Weiss, W.J. / Pevear, D.C. / Xerri, L. / Burns, C.J.
#1: ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: VNRX-5133 (Taniborbactam), a broad-spectrum inhibitor of serine- and metallo-beta-lactamases, restores activity of cefepime in Enterobacterales and Pseudomonas aeruginosa.
著者: Hamrick, J.C. / Docquier, J.D. / Uehara, T. / Myers, C.L. / Six, D.A. / Chatwin, C.L. / John, K.J. / Vernacchio, S.F. / Cusick, S.M. / Trout, R.E.L. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. ...著者: Hamrick, J.C. / Docquier, J.D. / Uehara, T. / Myers, C.L. / Six, D.A. / Chatwin, C.L. / John, K.J. / Vernacchio, S.F. / Cusick, S.M. / Trout, R.E.L. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S. / Liu, B. / Jackson, R.W. / Moeck, G. / Xerri, L. / Burns, C.J. / Pevear, D.C. / Daigle, D.M.
履歴
登録2019年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2
E: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,48614
ポリマ－49,0442
非ポリマー1,44112
水3,603200
1
A: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2437
ポリマ－24,5221
非ポリマー7216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Metallo-beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2437
ポリマ－24,5221
非ポリマー7216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.910, 79.040, 67.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase VIM-2


分子量: 24522.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET-9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S5M6K4, UniProt: Q9K2N0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-K9B / (4~{R})-4-[2-[4-(2-azanylethylamino)cyclohexyl]ethanoylamino]-3,3-bis(oxidanyl)-2-oxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene-10-carboxylic acid


分子量: 406.261 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H29BN3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M cacodilate (pH 6.5), 5 mM DTT , 0.2 M Na-acetate, 26% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→55.609 Å / Num. all: 36880 / Num. obs: 36880 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3 % / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.114 / Rsym value: 0.08 / Net I/av σ(I): 6.8 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 110379
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.930.3831.91573452920.3080.5460.3832.296
1.9-2.0130.2582.81486550340.2080.3690.2583.296
2.01-2.1530.18141446447630.140.2510.1814.796.6
2.15-2.3230.1355.41361144730.1070.1910.1355.896.9
2.32-2.5530.0967.41204640720.0790.1390.0967.397.1
2.55-2.8530.0798.71118637290.0620.110.0799.197.4
2.85-3.2930.0610.6984533010.0470.0840.0611.697.6
3.29-4.0230.04812.4856128210.0390.070.04814.798.3
4.02-5.6930.04911.6646121700.0370.0670.04915.697.8
5.69-28.9252.90.0449.5360612250.0380.0680.04414.998

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLM7.1.1データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KO3

1ko3


解像度: 1.8→28.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 3.815 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 1894 5.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.1919 34979 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.14 Å2 / Biso mean: 22.42 Å2 / Biso min: 4.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→28.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3466 0 80 200 3746
Biso mean--23.07 28.68 -
残基数----460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0671.9744978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11637782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8135462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.20124.026154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.89415518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6841520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02806
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 114 -
Rwork0.28 2574 -
all-2688 -
obs--95.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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