PDB-6kw1: The structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kw1

タイトル

The structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with a triazolylthioacetamide 1b

要素

Beta-lactamase class B VIM-2

キーワード

HYDROLASE / Antibiotic resistant / Metallo-beta-lactamase VIM-2 inhibitor / Trizolylthioacetamides / Crystallographic study

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77521201035 Å

データ登録者

Yang, K.W. / Xiang, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Kinetic, Thermodynamic, and Crystallographic Studies of 2-Triazolylthioacetamides as Verona Integron-Encoded Metallo-beta-Lactamase 2 (VIM-2) Inhibitor.
著者: Xiang, Y. / Zhang, Y.J. / Ge, Y. / Zhou, Y. / Chen, C. / Wahlgren, W.Y. / Tan, X. / Chen, X. / Yang, K.W.

履歴

登録	2019年9月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6kw1_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kw1_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6kw1_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	6kw1_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ko3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6tma-d 5mm9-d 2whg-d 6dd0-d 6tmb-d 6o5t-d 5n4t-d 5acw-d 4pvt-d 6v73-1 5fqc-d 5n4s-d 6ew3-d 5lsc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase class B VIM-2

B: Beta-lactamase class B VIM-2

ヘテロ分子

58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.759, 79.421, 67.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.938, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase class B VIM-2 / Beta-lactamase / BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Subclass B1 ...Beta-lactamase / BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase 分子量: 28352.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, VIM-2, vim-2, IPC669_36195 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0

#1: タンパク質

Beta-lactamase class B VIM-2 / Beta-lactamase / BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Subclass B1 ...

分子量: 28352.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, VIM-2, vim-2, IPC669_36195
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0

-
非ポリマー , 8種, 344分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-9RX / 2-[3-[2-(1H-benzimidazol-2-ylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl]benzoic acid 分子量: 394.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₄N₆O₃S
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.07 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 8000, 0.1M MES, pH 6.5, 0.1M magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 97 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.775→39.1907632483 Å / Num. obs: 39958 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 16.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 6.38
反射シェル	解像度: 1.775→1.839 Å / Num. unique obs: 39958 / R_rim(I) all: 0.14 / % possible all: 99.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
Blu-Ice		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ko3

1ko3

解像度: 1.77521201035→39.1907632483 Å / SU ML: 0.164202998798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38229043876 / 位相誤差: 21.0323134189

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206324845679	2019	5.05407029138 %
R_work	0.176544854667	-	-
obs	0.178080634821	39948	99.1388509741 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.9373964541 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77521201035→39.1907632483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3486	0	84	324	3894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0039252251841	3640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.685664233573	4976
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0495713551409	560
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00398587243297	654
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.3134654622	2098

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77521201035-1.8196	0.222115488854	130	0.191943148635	2457	X-RAY DIFFRACTION	90.1707912165
1.8196-1.8688	0.234537089151	149	0.186532967777	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.9654815326
1.8688-1.9238	0.242043113927	145	0.179771666145	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9238-1.9859	0.219130885241	138	0.182721374161	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.8599929996
1.9859-2.0569	0.225187703587	143	0.170963055505	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.4378074491
2.0569-2.1392	0.180931393352	143	0.173565434334	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1392-2.2366	0.193158787557	146	0.173346769879	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.9652415711
2.2366-2.3545	0.226045143973	133	0.185876913148	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.9300699301
2.3545-2.5019	0.235299465892	152	0.180489890745	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.7921718046
2.5019-2.6951	0.216936775797	152	0.181513446278	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.9305072967
2.6951-2.9662	0.239047671826	145	0.1740521802	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9662-3.3952	0.183815991795	147	0.169466715784	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.7911590672
3.3952-4.2768	0.1818353043	148	0.160203012543	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.8277643817
4.2768-39.1907	0.193833315905	148	0.18810097758	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.3201903467

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0427257676436	0.225593095603	0.407633206566	8.38049267399	0.480473078352	4.23889455835	-0.100551470516	-1.16694040784	-0.756319732841	1.25139829936	0.443977549563	0.634540902186	0.719325666951	0.336479928734	-0.261688134124	0.355722127916	0.0315297168051	-0.0592737687359	0.612007773006	0.329639074251	0.464562722839	-21.8652619332	2.4780796808	16.3286526741
2	5.18156514627	0.997983788706	-1.26249852775	3.77181047174	-0.405817084452	3.07895668072	0.249550929101	-0.733083587463	-0.368441057026	0.306003740031	-0.265310978797	-0.316628943308	0.278502683159	0.345581936526	0.024620019557	0.148228369865	-0.0246482797557	-0.0655192052083	0.227958915475	0.0847255240729	0.270155853814	-20.7280296717	6.69832778833	10.1674185624
3	1.05810111405	-0.733282850616	0.775414210642	1.59993427097	0.785324356965	2.18226226942	0.11675890248	-0.274768721672	-0.0174427673949	0.0758330380125	-0.134334833374	-0.230779596894	-0.0194903022273	0.130535385385	-0.0205637465798	0.0832409515775	-0.0282599091589	-0.0262372843732	0.176446218403	0.021555850954	0.159989930897	-20.7442396422	12.5582201051	6.65973633621
4	1.76571940934	0.311553037291	0.348071129258	3.13131814438	0.0533627227247	3.56808104329	0.125860728138	-0.492279589997	-0.206627823212	0.419480738528	-0.276599221818	-0.455216230365	0.198337065575	0.414735081386	-0.0605018246194	0.240920808432	-0.141538375619	-0.127257642478	0.477091163633	0.123447516509	0.145341449802	-18.2008683766	15.5747058026	15.9633557299
5	2.42984929868	1.5242678781	0.243600808651	2.90567285078	0.54904803754	2.0497827203	-0.0320029604073	-0.0447927575286	0.167808381529	-0.259694684617	-0.0155692910251	0.0554164523422	-0.262645845817	0.030154597687	0.0391301703087	0.125781187363	-0.0147089493772	-0.00580068414538	0.0858728657298	-0.000173440035271	0.10142736389	-27.7350873672	18.8799038579	-0.652495036008
6	1.86048484609	-0.319411079232	1.34278603664	2.42383637686	0.0328761617797	2.38131648052	0.0300453600294	-0.257378823818	-0.216004068697	-0.285587190833	0.018919046524	-0.0644989103622	0.101315098396	-0.0658953519727	-0.0471971811109	0.104483981681	0.0039738553398	0.023404390502	0.100252462392	-0.00937035658039	0.140898924845	-28.2274089792	3.89102129526	-1.14371240826
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33	1.9999981225	1.99999544596	-7.42381082922	1.99999627352	2.00000020633	1.99999310392	-1.71643560822	-4.17099838222	8.85301878558	-3.89409177703	-3.44806698071	-4.47165468256	-4.51823613376	0.738540372081	5.17780923135	0.510263327911	0.273295328683	-0.17059313408	0.553989673963	0.0215174728647	0.815021830755	-35.5194209675	-23.9342482138	34.4719583624
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36	1.96051453366	2.33576441912	-0.0299015612008	8.04703815551	3.93929379396	3.35099469981	51.6354988321	-77.3651297729	65.7300804908	15.5414702206	-9.58433793221	9.78994699137	-61.7939131308	71.2496966187	-42.0454051047	0.809381065411	-0.105147333856	0.156732498865	1.06960236447	-0.109891871086	1.10331875577	-49.3009605993	4.36206170056	1.33505058086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 88 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 89 through 103 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 104 through 201 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 202 through 238 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 239 through 252 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 253 through 279 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 280 through 296 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 30 through 42 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 43 through 63 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 64 through 88 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 89 through 200 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 201 through 238 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 239 through 279 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 280 through 296 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and resid 401
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and resid 402
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and resid 403
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and resid 404
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'A' and resid 405
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'A' and resid 406
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and resid 407
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and resid 408
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and resid 409
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'A' and resid 410
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'B' and resid 401
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'B' and resid 402n
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'A' and resid 411
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'B' and resid 403
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'A' and resid 412
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'B' and resid 404
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'B' and resid 405
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'B' and resid 406
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'B' and resid 407
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'B' and resid 408

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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