PDB-5lsc: The structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lsc

タイトル

The structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with a triazolylthioacetamide inhibitor

要素

Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein

キーワード

HYDROLASE / Antibiotic resistance / Carbapenemases / Verona integron-encoded metallo-beta-lactamase 2 / VIM-2

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.497 Å

データ登録者

Christopeit, T. / Yang, K.-W. / Yang, S.-K. / Leiros, H.-K.S.

資金援助

ノルウェー,

中国, 3件

組織	認可番号	国
Tromso Reserach Foundation		ノルウェー
Research Council of Norway	218539, SYNKNOYT 2011 and 213808, FRIMEDBIO 2011	ノルウェー
National Natural Science Foundation of China	21272186, 21572179 and 81361138018	中国

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: The structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with a triazolylthioacetamide inhibitor.
著者: Christopeit, T. / Yang, K.W. / Yang, S.K. / Leiros, H.K.

履歴

登録	2016年8月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5lsc.cif.gz	304.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5lsc.ent.gz	251.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5lsc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5lsc_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5lsc_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5lsc_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	5lsc_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/5lsc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1ko3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pvo-2 5ypk-7 5o7n-2 6o5t-2 5acw-1 6xbe-4 4fsb-2 5mxr-d 5k48-2 6tgi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein

B: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein

ヘテロ分子

52.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.624, 79.255, 67.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.50, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-576- HOH
2	1	B-550- HOH

#1: タンパク質	Metallo-beta-lactamase VIM-2-like protein 分子量: 25539.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8QIQ9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-752 / 2-[5-[2-(1,3-benzothiazol-2-ylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanyl-4~{H}-1,2,4-triazol-3-yl]benzoic acid 分子量: 411.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₃N₅O₃S₂
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.2 M magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.497→38.255 Å / Num. obs: 63893 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.497→1.52 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KO3

1ko3

解像度: 1.497→38.255 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1655	3161	4.95 %
R_work	0.1355	-	-
obs	0.137	63893	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.497→38.255 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3532	0	68	644	4244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4084
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.233	5641
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.507	1456
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	768

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4974-1.5198	0.2019	117	0.1899	2459	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5198-1.5435	0.2281	130	0.1845	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5435-1.5688	0.2242	134	0.1811	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5688-1.5959	0.2383	134	0.1719	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5959-1.6249	0.1849	133	0.1645	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6249-1.6561	0.1929	145	0.158	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6561-1.6899	0.1783	120	0.156	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6899-1.7267	0.1468	159	0.1444	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7267-1.7669	0.176	143	0.1451	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7669-1.811	0.1732	143	0.1417	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.811-1.86	0.1706	153	0.1452	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9147	0.1845	147	0.1416	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9147-1.9765	0.1691	130	0.138	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9765-2.0472	0.1472	132	0.1288	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0472-2.1291	0.159	126	0.1274	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1291-2.226	0.1681	151	0.1261	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.226-2.3434	0.1782	142	0.1285	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3434-2.4902	0.1315	112	0.1273	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4902-2.6824	0.1672	146	0.1315	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6824-2.9522	0.1757	128	0.1331	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9522-3.3792	0.1651	169	0.1273	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3792-4.2566	0.1422	144	0.1139	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2566-38.2672	0.1463	123	0.1333	2691	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1771	-0.5105	-0.3342	2.3793	0.5198	2.943	-0.0433	0.1898	0.1176	-0.0549	-0.0402	0.1081	-0.0298	-0.3395	0.0671	0.059	-0.0087	-0.0188	0.1051	0.0038	0.0967	-35.712	-7.4888	-4.3817
2	4.1427	0.1298	0.9351	3.5884	-0.1724	2.6312	-0.0321	0.1634	0.3611	-0.1171	-0.024	0.3288	-0.2813	-0.594	0.0809	0.0849	-0.003	-0.0311	0.1883	-0.0055	0.1595	-41.9575	-14.463	-6.1781
3	1.2749	0.2628	0.2605	1.7103	0.0622	1.2902	-0.0083	0.0266	-0.0402	-0.0355	-0.0105	-0.1486	0.0208	0.0594	0.0182	0.0568	-0.0017	0.007	0.0687	0.0027	0.077	-23.0372	-11.5182	1.3118
4	2.7136	0.3826	2.3449	2.1382	1.1128	3.1947	-0.0072	-0.1634	0.1537	0.114	0.0285	-0.1926	-0.3871	0.2227	-0.0228	0.1135	-0.0245	-0.0233	0.0918	-0.0077	0.1683	-19.4013	4.6162	8.3974
5	4.9009	-1.661	-0.3555	2.2072	1.7772	3.9	0.1227	0.6877	-0.6532	-0.433	0.1198	-0.0683	0.2655	-0.1351	-0.19	0.1926	-0.0264	-0.042	0.2637	-0.0808	0.1946	-51.8695	1.9958	9.3455
6	3.2799	-1.2741	-0.7006	3.374	1.3224	2.8548	0.0846	0.2291	0.0466	-0.113	-0.1331	0.0919	-0.0349	-0.1581	0.0366	0.1006	0.0113	-0.0214	0.0759	0.0003	0.0609	-52.2606	11.1999	16.3471
7	6.5059	1.1585	-0.6887	2.6999	-0.5798	2.7016	0.0304	0.6025	-0.1378	-0.6182	-0.1091	0.2304	-0.0368	-0.1997	0.056	0.3776	0.1031	-0.0626	0.2064	-0.0295	0.1203	-55.5443	16.3676	9.4328
8	3.3268	-0.7441	0.976	2.1243	-0.0931	2.0719	-0.0027	0.0568	0.1384	-0.1265	-0.0463	-0.0419	-0.2182	0.0104	0.057	0.1296	-0.0012	0.0097	0.0511	-0.0025	0.0687	-45.4131	21.8745	21.607
9	2.0516	-0.4686	0.3618	2.0606	-0.0101	0.8788	-0.0451	-0.1633	0.0533	0.2068	0.021	-0.0215	-0.165	-0.074	0.0139	0.1165	0.0123	-0.0044	0.0848	-0.0159	0.0567	-45.2304	17.9146	31.3824
10	1.4696	0.5377	0.8222	2.9454	0.2395	1.696	0.0276	0.0201	-0.1176	-0.0389	0.0622	-0.0996	0.0992	0.039	-0.0848	0.0902	-0.005	-0.0085	0.0487	0.0142	0.0602	-44.5077	4.7087	25.6721
11	2.489	0.3564	-0.1848	1.8413	0.003	2.4401	0.0667	-0.2435	-0.1511	0.1991	-0.0096	0.0903	0.1431	-0.2104	-0.0457	0.0971	-0.0016	0.0078	0.0654	0.0237	0.0806	-47.9674	3.1119	31.7706
12	7.1597	0.6449	-0.5894	2.3615	-0.3782	3.3054	-0.1009	-0.1931	-0.4729	0.2004	0.0383	-0.3302	0.2748	0.2637	0.0692	0.1446	0.0229	-0.0416	0.0736	0.0105	0.1317	-38.078	-3.7663	29.8571
13	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.1118	-0.011	-0.0003	0.1077	-0.0071	0.1306	-27.6759	-9.7272	9.228
14	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	-0	0	-0	-0	0	-0	0.1271	-0.0031	-0.005	0.13	-0.006	0.1376	-29.4921	-7.163	6.948
15	0	-0	-0	0	0	0	-9921.0482	-64408.3393	4495.475	131747.4538	27902.948	-535515.7159	39684.1927	257633.3573	-17981.8998	0.1858	0.031	-0.0104	0.105	-0.015	0.2169	-27.5069	-30.3446	-4.6487
16	0	0	0	0	0	0	0	-0	-1004.7161	0	-0	-4018.8643	1004.7161	4018.8643	-0	0.1464	-0.004	0.0241	0.1078	-0.0039	0.1385	-38.3294	11.1538	21.8538
17	-0	0	0	0	0	0	0	-0	-0	-0	0	-13912.3566	0	13912.3566	-0	0.1385	-0.0048	0.0051	0.1307	-0.0124	0.1349	-40.8054	8.683	20.0982
18	0	0	0	0	0	0	-11533.2185	219302.2591	381776.398	-361049.2348	-26662.817	38196.0355	-369747.1273	-26662.817	38196.0355	0.1422	0.0201	-0.0302	0.0927	-0.008	0.1566	-51.8771	31.6831	24.6351
19	0	0	-0	0	-0	0	22378.7825	34136.8009	49717.9239	40256.2496	-737.2162	1038534.164	-56866.7211	-340725.0642	-21641.5663	0.2669	0.0447	0.1036	0.1315	0.013	0.4221	-29.4821	-29.8175	-3.8531
20	0	0	-0	0	0	0	0	0	-0	0	0	0	-0	-0	-0	0.5579	0.042	-0.0276	0.1473	-0.0066	0.2089	-27.3169	-29.9843	-6.8007
21	0	0	-0	0	0	0	-25881.2856	23022.2465	-401322.0808	0	-0	0	964931.8158	38652.7663	25881.2856	0.3823	0.0351	0.0228	0.0778	-0.0185	0.1607	-51.3435	31.0972	22.5463
22	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.3164	0.0637	-0.1596	0.2073	-0.0452	0.5062	-53.9278	31.4295	24.8664
23	9.2968	0.595	3.5885	9.2115	-2.3753	5.3949	0.1661	-0.4196	0.1393	0.1066	0.1358	0.5487	0.2769	-0.7088	-0.2839	0.1512	-0.0074	0.04	0.1771	-0.0094	0.1299	-32.9912	-8.6336	9.9289
24	8.3241	4.9983	-3.0121	8.7773	-5.1026	2.9716	0.0439	0.5264	0.3501	-0.598	0.0632	0.0413	-0.3776	0.2623	-0.101	0.2171	-0.0106	0.0379	0.2174	-0.0197	0.1511	-38.1854	10.2693	16.412
25	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-5678.8476	-0	5678.8476	-0	0.2391	-0.0309	0.0666	0.2549	-0.0178	0.1617	-31.1068	-14.005	12.5782
26	0	0	-0	0	0	0	-48303.1033	-5456.5765	-313210.8844	0	-0	0	294732.9322	-2232.2358	48303.1033	0.2494	-0.0024	0.0773	0.2696	0.0104	0.2591	-35.3543	15.6826	18.2865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 88 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 103 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 280 through 298 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 28 through 41 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 42 through 88 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 103 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 104 through 149 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 150 through 200 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 201 through 238 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 239 through 279 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 280 through 298 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 1 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 2 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 3 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 2 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 3 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 401 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 402 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 401 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 402 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 404 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 404 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 403 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'B' and (resid 403 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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