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Yorodumi- PDB-6kw1: The structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kw1 | |||||||||
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Title | The structure of the metallo-beta-lactamase VIM-2 in complex with a triazolylthioacetamide 1b | |||||||||
Components | Beta-lactamase class B VIM-2 | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Antibiotic resistant / Metallo-beta-lactamase VIM-2 inhibitor / Trizolylthioacetamides / Crystallographic study | |||||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77521201035 Å | |||||||||
Authors | Yang, K.W. / Xiang, Y. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Biomolecules / Year: 2020 Title: Kinetic, Thermodynamic, and Crystallographic Studies of 2-Triazolylthioacetamides as Verona Integron-Encoded Metallo-beta-Lactamase 2 (VIM-2) Inhibitor. Authors: Xiang, Y. / Zhang, Y.J. / Ge, Y. / Zhou, Y. / Chen, C. / Wahlgren, W.Y. / Tan, X. / Chen, X. / Yang, K.W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kw1.cif.gz | 337.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6kw1.ent.gz | 227.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kw1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6kw1_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6kw1_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 6kw1_validation.xml.gz | 22.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6kw1_validation.cif.gz | 32.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/6kw1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1ko3S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28352.836 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, VIM-2, vim-2, IPC669_36195 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9K2N0 |
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-Non-polymers , 8 types, 344 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.87 Å3/Da / Density % sol: 34.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20% PEG 8000, 0.1M MES, pH 6.5, 0.1M magnesium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 97 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97852 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 25, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97852 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.775→39.1907632483 Å / Num. obs: 39958 / % possible obs: 99.13 % / Redundancy: 10 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 6.38 |
Reflection shell | Resolution: 1.775→1.839 Å / Num. unique obs: 39958 / Rrim(I) all: 0.14 / % possible all: 99.13 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1ko3 Resolution: 1.77521201035→39.1907632483 Å / SU ML: 0.164202998798 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38229043876 / Phase error: 21.0323134189
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.9373964541 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.77521201035→39.1907632483 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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