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- PDB-6ktr: Crystal structure of fibroblast growth factor 19 in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ktr
タイトルCrystal structure of fibroblast growth factor 19 in complex with Fab
要素
  • Fibroblast growth factor 19
  • G1A8-Fab-HC
  • G1A8-Fab-LC
キーワードIMMUNE SYSTEM/PROTEIN BINDING / complex / growth factor / antibody / CELL CYCLE / IMMUNE SYSTEM-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bile acid biosynthetic process / betaKlotho-mediated ligand binding / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / FRS-mediated FGFR4 signaling ...negative regulation of bile acid biosynthetic process / betaKlotho-mediated ligand binding / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / FRS-mediated FGFR4 signaling / regulation of cell migration / positive regulation of glucose import / animal organ morphogenesis / positive regulation of JNK cascade / Negative regulation of FGFR4 signaling / growth factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor 15/19/21 / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59775753879 Å
データ登録者Liu, H. / Zheng, S. / Hou, X. / Liu, X. / Lv, X. / Li, Y. / Li, W. / Sui, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China) 中国
引用ジャーナル: Cancer Sci. / 年: 2020
タイトル: Novel Abs targeting the N-terminus of fibroblast growth factor 19 inhibit hepatocellular carcinoma growth without bile-acid-related side-effects.
著者: Liu, H. / Zheng, S. / Hou, X. / Liu, X. / Du, K. / Lv, X. / Li, Y. / Yang, F. / Li, W. / Sui, J.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G1A8-Fab-HC
B: G1A8-Fab-LC
C: Fibroblast growth factor 19
D: Fibroblast growth factor 19
F: G1A8-Fab-HC
G: G1A8-Fab-LC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,32819
ポリマ－144,2996
非ポリマー1,03013
水4,774265
1
A: G1A8-Fab-HC
B: G1A8-Fab-LC
C: Fibroblast growth factor 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6308
ポリマ－72,1493
非ポリマー4805
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area24980 Å2
手法PISA
2
D: Fibroblast growth factor 19
F: G1A8-Fab-HC
G: G1A8-Fab-LC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,69911
ポリマ－72,1493
非ポリマー5498
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area25090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.968, 104.125, 165.365
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Fibroblast growth factor 19 / FGF-19


分子量: 24556.787 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF19, UNQ334/PRO533 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95750

-
抗体 , 2種, 4分子 AFBG

#1: 抗体 G1A8-Fab-HC


分子量: 24876.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 G1A8-Fab-LC


分子量: 22715.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 278分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 0.2M Lithium Sulfate monohydrate, 0.1M Bis-Tris pH6.9, 26% w/v Polyethylene Glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→48.73 Å / Num. obs: 45911 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 57.8977970902 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.017 / Rpim(I) all: 0.017 / Rsym value: 0.024 / Net I/σ(I): 3.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4486 / CC1/2: 0.952 / Rpim(I) all: 0.145 / Rrim(I) all: 0.205 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P23

2p23


解像度: 2.59775753879→48.7165078095 Å / SU ML: 0.415182139297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37685714956 / 位相誤差: 27.0492811013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253189839371 2000 4.36357289349 %
Rwork0.202012085943 --
obs0.204167575911 45834 99.6607958252 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.8763097796 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59775753879→48.7165078095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8422 0 53 265 8740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002576323609648674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58653627154911809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04423438881031307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004595290288361504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.296606668855105
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5978-2.66270.4097222238291390.3518931735933068X-RAY DIFFRACTION98.8289676425
2.6627-2.73470.3696232560551420.2937508511853084X-RAY DIFFRACTION99.5371798828
2.7347-2.81520.3344059842271400.268246149143083X-RAY DIFFRACTION99.3832870799
2.8152-2.9060.3157512594931400.2495173276373065X-RAY DIFFRACTION99.6269816599
2.906-3.00990.3150518007021410.2491253601323093X-RAY DIFFRACTION99.6610169492
3.0099-3.13040.3270493967521430.2589280195573108X-RAY DIFFRACTION99.6627835684
3.1304-3.27280.2782680533121410.2548714092323116X-RAY DIFFRACTION99.7549770291
3.2728-3.44530.3132318307921430.2328335148263124X-RAY DIFFRACTION99.9388192108
3.4453-3.66110.3071879174531420.2154790369153096X-RAY DIFFRACTION99.84582177
3.6611-3.94370.2628299200841420.1959731755083137X-RAY DIFFRACTION99.8477466504
3.9437-4.34030.2187462114951450.1651369364333173X-RAY DIFFRACTION100
4.3403-4.96780.1639225622191440.1452618498393159X-RAY DIFFRACTION99.9697336562
4.9678-6.25690.2117987938271450.1696131460043188X-RAY DIFFRACTION99.7307001795
6.2569-48.710.2195965742921530.1853753741133340X-RAY DIFFRACTION99.5156695157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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