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- PDB-6ksf: Crystal Structure of ALKBH1 bound to 21-mer DNA bulge -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ksf
タイトルCrystal Structure of ALKBH1 bound to 21-mer DNA bulge
要素
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 1
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DGP*DAP*DGP*DTP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DGP*DC)-3')
キーワードGENE REGULATION / DNA methylation / complex / demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA demethylase activity / tRNA wobble cytosine modification / oxidative RNA demethylation / regulation of mitochondrial translation / DNA oxidative demethylase ...regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA demethylase activity / tRNA wobble cytosine modification / oxidative RNA demethylation / regulation of mitochondrial translation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / regulation of translational initiation / chemoattractant activity / developmental growth / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / placenta development / neuron migration / euchromatin / ferrous iron binding / neuron projection development / regulation of gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / cell differentiation / tRNA binding / DNA repair / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / propane-1-thiol / DNA / DNA (> 10) / Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, H. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31725014 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2020
タイトル: Mammalian ALKBH1 serves as an N6-mA demethylase of unpairing DNA.
著者: Zhang, M. / Yang, S. / Nelakanti, R. / Zhao, W. / Liu, G. / Li, Z. / Liu, X. / Wu, T. / Xiao, A. / Li, H.
履歴
登録2019年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 1
B: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DGP*DAP*DGP*DTP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DC)-3')
C: DNA (5'-D(*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DGP*DC)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1097
ポリマ－51,8443
非ポリマー2654
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.482, 67.482, 263.641
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 1


分子量: 38087.344 Da / 分子数: 1 / 断片: BRD4-Bromo2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ALKBH1 / プラスミド: pRSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CB42*PLUS

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DTP*DGP*DAP*DGP*DTP*DGP*DCP*DCP*DCP*DGP*DCP*DGP*DTP*DGP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DC)-3')


分子量: 7378.727 Da / 分子数: 1 / 断片: histone H2A.Z peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DGP*DAP*DTP*DCP*DCP*DAP*DGP*DCP*DAP*DCP*DGP*DCP*DCP*DAP*DCP*DTP*DCP*DAP*DGP*DC)-3')


分子量: 6378.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 67分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#6: 化合物 ChemComp-XL3 / propane-1-thiol / 1-プロパンチオ-ル


分子量: 76.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M phosphate citrate, pH 4.2,10% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24642 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.779 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 202846
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.448.60.71611830.8960.2360.7560.43397.8
2.44-2.498.40.63811920.8750.2110.6740.4698.3
2.49-2.538.40.611880.9040.20.6350.43898.3
2.53-2.598.20.52612010.9090.1770.5570.4598.5
2.59-2.648.20.42112020.9420.1430.4470.46698.4
2.64-2.77.70.32612040.9590.1140.3460.47998.9
2.7-2.778.40.31411890.9690.1060.3320.48798.8
2.77-2.858.60.25511990.9740.0840.270.49697.6
2.85-2.938.40.20612310.980.0690.2180.5199.4
2.93-3.028.50.15711990.9880.0530.1660.57899.3
3.02-3.138.30.1312230.9910.0440.1380.61799.3
3.13-3.267.90.09312340.9960.0320.0990.77699.4
3.26-3.418.20.07612290.9970.0250.080.9498.8
3.41-3.588.50.07412320.9960.0250.0780.99899.5
3.58-3.818.50.06712350.9970.0230.0721.00599.3
3.81-4.180.06112460.9970.0220.0661.18999.3
4.1-4.528.30.05712770.9980.020.061.28999.4
4.52-5.178.30.05212730.9980.0180.0551.28999.3
5.17-6.5180.05212950.9980.0190.0561.19298.8
6.51-507.30.04714100.9980.0180.0511.497.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IMC

6imc


解像度: 2.4→32.888 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.03
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2717 1203 4.9 %0
Rwork0.2281 ---
obs0.2302 24541 98.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.33 Å2 / Biso mean: 57.3443 Å2 / Biso min: 24.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→32.888 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 912 14 63 3661
Biso mean--51.28 48.28 -
残基数----380
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4-2.4980.30841350.2885250598
2.498-2.61170.36791510.2882249698
2.6117-2.74930.30741340.2739252099
2.7493-2.92140.33651280.2949255699
2.9214-3.14680.31481280.2687256799
3.1468-3.46320.25991260.2373259499
3.4632-3.96360.26741380.2281263499
3.9636-4.99090.241090.1943267299
4.9909-32.8880.24431540.199279498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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