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- PDB-6imc: Crystal Structure of ALKBH1 in complex with Mn(II) and N-Oxalylglycine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6imc
タイトルCrystal Structure of ALKBH1 in complex with Mn(II) and N-Oxalylglycine
要素Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
キーワードGENE REGULATION / double-stranded beta helix
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA demethylase activity / oxidative RNA demethylation / tRNA wobble cytosine modification / DNA oxidative demethylase / regulation of mitochondrial translation ...regulation of translational initiation by tRNA modification / positive regulation of gene expression, epigenetic / DNA N6-methyladenine demethylase / DNA N6-methyladenine demethylase activity / regulation of translational elongation / tRNA demethylase activity / oxidative RNA demethylation / tRNA wobble cytosine modification / DNA oxidative demethylase / regulation of mitochondrial translation / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / RNA repair / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / regulation of translational initiation / chemoattractant activity / developmental growth / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / placenta development / euchromatin / ferrous iron binding / neuron migration / neuron projection development / regulation of gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / cell differentiation / tRNA binding / DNA repair / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Zhang, M. / Yang, S. / Zhao, W. / Li, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500700 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2020
タイトル: Mammalian ALKBH1 serves as an N6-mA demethylase of unpairing DNA.
著者: Zhang, M. / Yang, S. / Nelakanti, R. / Zhao, W. / Liu, G. / Li, Z. / Liu, X. / Wu, T. / Xiao, A. / Li, H.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
B: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
C: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
D: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,15812
ポリマ－162,3504
非ポリマー8088
水6,323351
1
A: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7893
ポリマ－40,5871
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
2
B: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7893
ポリマ－40,5871
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16570 Å2
手法PISA
3
C: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7893
ポリマ－40,5871
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area490 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
4
D: Nucleic acid dioxygenase ALKBH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7893
ポリマ－40,5871
非ポリマー2022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.898, 147.898, 178.044
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質
Nucleic acid dioxygenase ALKBH1 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 1 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH1 / DNA ...Alkylated DNA repair protein alkB homolog 1 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase ABH1 / DNA 6mA demethylase / DNA N6-methyl adenine demethylase / DNA lyase ABH1 / DNA oxidative demethylase ALKBH1 / tRNA N1-methyl adenine demethylase


分子量: 40587.375 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Alkbh1, Abh, Alkbh / プラスミド: pRSFDuet-P3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0CB42, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P0CB42, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む, DNA N6-methyladenine demethylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, DNA oxidative demethylase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.33 % / Mosaicity: 0.311 ° / Mosaicity esd: 0.003 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 10% PEG6000, 0.1 M Bicine-HCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 64730 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.532 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 388280
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.5460.77632290.8740.3390.8490.4299.9
2.54-2.5960.67132280.8920.2930.7340.42799.9
2.59-2.6460.59732310.920.2610.6530.42999.9
2.64-2.6960.51232130.9320.2240.560.43799.9
2.69-2.755.90.43632200.9520.1930.4780.43999.8
2.75-2.825.90.36432320.9590.1610.3990.43999.7
2.82-2.895.80.28632380.9750.1280.3150.4499.9
2.89-2.965.60.24632810.9810.1120.2710.44499.9
2.96-3.0550.20131440.9810.0970.2240.46299.5
3.05-3.155.70.18532590.9880.0840.2040.47199.5
3.15-3.266.30.15632390.9910.0670.170.48799.8
3.26-3.396.40.11632160.9950.050.1260.50599.9
3.39-3.556.40.09432220.9960.0410.1030.55599.8
3.55-3.736.40.07632460.9970.0330.0830.58799.9
3.73-3.976.30.06532530.9970.0280.0710.62999.8
3.97-4.276.30.05532440.9980.0240.060.67699.9
4.27-4.76.10.04632620.9990.020.0510.71599.8
4.7-5.385.80.04532200.9980.020.050.699100
5.38-6.785.50.04532710.9970.0210.0490.64699.5
6.78-506.30.03832820.9990.0160.0410.69699.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.683
最高解像度最低解像度
Rotation44.17 Å2.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14rc3_3206精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IMA

6ima


解像度: 2.51→35.164 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 3323 5.15 %
Rwork0.1797 --
obs0.182 64478 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.77 Å2 / Biso mean: 46.2396 Å2 / Biso min: 18.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.51→35.164 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10843 0 44 351 11238
Biso mean--34.8 43.71 -
残基数----1357
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5099-2.54580.3052990.24442295239488
2.5458-2.58380.32761450.248825602705100
2.5838-2.62410.28851310.243425302661100
2.6241-2.66710.29341280.232225812709100
2.6671-2.71310.31461230.229425702693100
2.7131-2.76240.28471510.217125592710100
2.7624-2.81550.30551470.217225672714100
2.8155-2.8730.2871530.207625462699100
2.873-2.93540.24461320.200325862718100
2.9354-3.00370.25311750.200424942669100
3.0037-3.07870.28821440.21122591273599
3.0787-3.16190.28681360.21472536267299
3.1619-3.25490.281330.206125742707100
3.2549-3.35990.241210.193825872708100
3.3599-3.47990.22381200.192425582678100
3.4799-3.61910.21261510.18882562271399
3.6191-3.78360.24561320.183925842716100
3.7836-3.98280.2161320.1625572689100
3.9828-4.2320.21031440.157925792723100
4.232-4.55810.16971620.14125532715100
4.5581-5.01560.15781480.140625562704100
5.0156-5.73870.2061630.157725632726100
5.7387-7.21980.1951380.16512583272199
7.2198-35.16740.13851150.13862484259994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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