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万見
- PDB-3mmy: Structural and functional analysis of the interaction between the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mmy
タイトルStructural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1
要素
  • Nuclear pore complex protein Nup98
  • mRNA export factor
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Nuclear Pore Complex / mRNA export
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body ...: / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / SUMOylation of SUMOylation proteins / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / mitotic spindle pole / Vpr-mediated nuclear import of PICs / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / serine-type peptidase activity / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / nuclear periphery / regulation of mitotic spindle organization / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / ubiquitin binding / Transcriptional regulation by small RNAs / promoter-specific chromatin binding / RHO GTPases Activate Formins / molecular condensate scaffold activity / ISG15 antiviral mechanism / fibrillar center / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / snRNP Assembly / microtubule binding / nuclear membrane / transcription coactivator activity / nuclear body / ribonucleoprotein complex / cell division / mRNA binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2360 / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2360 / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Arc Repressor Mutant, subunit A / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / mRNA export factor RAE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hoelz, A. / Ren, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural and functional analysis of the interaction between the nucleoporin Nup98 and the mRNA export factor Rae1.
著者: Ren, Y. / Seo, H.S. / Blobel, G. / Hoelz, A.
履歴
登録2010年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA export factor
B: Nuclear pore complex protein Nup98
C: mRNA export factor
D: Nuclear pore complex protein Nup98
E: mRNA export factor
F: Nuclear pore complex protein Nup98
G: mRNA export factor
H: Nuclear pore complex protein Nup98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,94212
ポリマ－189,1618
非ポリマー7814
水14,376798
1
A: mRNA export factor
B: Nuclear pore complex protein Nup98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4853
ポリマ－47,2902
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
2
C: mRNA export factor
D: Nuclear pore complex protein Nup98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4853
ポリマ－47,2902
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
3
E: mRNA export factor
F: Nuclear pore complex protein Nup98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4853
ポリマ－47,2902
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
4
G: mRNA export factor
H: Nuclear pore complex protein Nup98
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4853
ポリマ－47,2902
非ポリマー1951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.396, 79.298, 93.407
Angle α, β, γ (deg.)76.63, 89.96, 89.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12A
22C
32E
42G
13B
23D
33F
43H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A30 - 260
2112C30 - 260
3112E30 - 260
4112G30 - 260
1122A270 - 368
2122C270 - 368
3122E270 - 368
4122G270 - 368
1132B1 - 300
2132D1 - 300
3132F1 - 300
4132H1 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質
mRNA export factor / mRNA-associated protein mrnp 41 / Rae1 protein homolog


分子量: 41017.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAE1, MRNP41 / Cell (発現宿主): Sf9 cells
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P78406
#2: タンパク質
Nuclear pore complex protein Nup98 / Nuclear pore complex protein Nup98 / Nucleoporin Nup98 / 98 kDa nucleoporin


分子量: 6273.065 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 158-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUP98, ADAR2 / Cell (発現宿主): Sf9 cells
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52948
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.14014 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14014 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 188056

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.65→19.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.494 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23742 9058 5 %RANDOM
Rwork0.20612 ---
obs0.20769 170317 94.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.54 Å20.19 Å2-0.07 Å2
2---2.78 Å2-0.83 Å2
3---4.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12765 0 48 798 13611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02213281
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.261.93618054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.18551649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.35424.444612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.415152187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7841562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.25697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.29039
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2881
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3432.58340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3083.513275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5962.55600
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7243.54755
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A923tight positional0.030.05
12C923tight positional0.030.05
13E923tight positional0.030.05
14G923tight positional0.030.05
21A385tight positional0.020.05
22C385tight positional0.020.05
23E385tight positional0.020.05
24G385tight positional0.020.05
31B200tight positional0.030.05
32D200tight positional0.020.05
33F200tight positional0.020.05
34H200tight positional0.030.05
11A881medium positional0.260.5
12C881medium positional0.280.5
13E881medium positional0.220.5
14G881medium positional0.240.5
21A395medium positional0.30.5
22C395medium positional0.250.5
23E395medium positional0.220.5
24G395medium positional0.220.5
31B198medium positional0.410.5
32D198medium positional0.390.5
33F198medium positional0.370.5
34H198medium positional0.360.5
11A923tight thermal0.110.5
12C923tight thermal0.110.5
13E923tight thermal0.110.5
14G923tight thermal0.110.5
21A385tight thermal0.120.5
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23E385tight thermal0.130.5
24G385tight thermal0.120.5
31B200tight thermal0.080.5
32D200tight thermal0.080.5
33F200tight thermal0.080.5
34H200tight thermal0.070.5
11A881medium thermal0.732
12C881medium thermal0.712
13E881medium thermal0.662
14G881medium thermal0.682
21A395medium thermal0.762
22C395medium thermal0.672
23E395medium thermal0.752
24G395medium thermal0.742
31B198medium thermal0.552
32D198medium thermal0.532
33F198medium thermal0.572
34H198medium thermal0.592
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 561 -
Rwork0.37 10274 -
obs--78.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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