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- PDB-6kqi: Structure of an allosteric modulator bound to the CB1 cannabinoid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kqi
タイトルStructure of an allosteric modulator bound to the CB1 cannabinoid receptor
要素Cannabinoid receptor 1,GlgA glycogen synthase,Cannabinoid receptor 1
キーワードCELL CYCLE / helix
機能・相同性
機能・相同性情報


cannabinoid signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / axonal fasciculation / regulation of metabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G protein-coupled receptor activity ...cannabinoid signaling pathway / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / cannabinoid receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / axonal fasciculation / regulation of metabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G protein-coupled receptor activity / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / glucose homeostasis / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / growth cone / G alpha (i) signalling events / mitochondrial outer membrane / membrane raft / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 1 / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cannabinoid receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Cannabinoid receptor type 1 / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Cannabinoid receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9GF / Chem-9GL / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cannabinoid receptor 1 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.245 Å
データ登録者Shao, Z.H. / Yan, W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure of an allosteric modulator bound to the CB1 cannabinoid receptor.
著者: Shao, Z. / Yan, W. / Chapman, K. / Ramesh, K. / Ferrell, A.J. / Yin, J. / Wang, X. / Xu, Q. / Rosenbaum, D.M.
履歴
登録2019年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年10月28日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cannabinoid receptor 1,GlgA glycogen synthase,Cannabinoid receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,38711
ポリマ－55,5461
非ポリマー2,84210
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area23580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.342, 167.940, 41.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cannabinoid receptor 1,GlgA glycogen synthase,Cannabinoid receptor 1 / CB1 / CANN6 / Glycogen synthase


分子量: 55545.547 Da / 分子数: 1 / 断片: C1 / 変異: S203K,T210A,E273K,T283V,R340E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of UNP residues 94-301 (Cannabinoid receptor 1), UNP residues 218-413 (GlgA glycogen synthase), and UNP residues 333-413 (Cannabinoid receptor 1)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: CNR1, CNR, PAB2292 / プラスミド: PFASTbac / 株: GE5 / Orsay / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21554, UniProt: Q9V2J8

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非ポリマー , 5種, 10分子

#2: 化合物 ChemComp-9GF / 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol


分子量: 376.573 Da / 分子数: 1 / 断片: Tar / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-9GL / 5-chloro-3-ethyl-N-{2-[4-(piperidin-1-yl)phenyl]ethyl}-1H-indole-2-carboxamide


分子量: 409.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28ClN3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 33% PEG 400, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.0, 100mM Sodium Malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.245→50 Å / Num. obs: 8201 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 72.36 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.222 / Χ2: 0.824 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.25-3.373.21.1558300.4370.6771.350.83494.7
3.37-3.53.50.9668070.5240.5441.1180.81893.1
3.5-3.663.40.5868440.7020.3410.6830.82594.2
3.66-3.853.50.4098560.8450.2370.4760.83896.2
3.85-4.093.60.3028320.8750.1660.3470.96593.7
4.09-4.413.50.2138150.9430.1190.2460.91894.1
4.41-4.853.30.178130.9490.0970.1970.95891.2
4.85-5.563.40.1448270.9710.080.1660.76994.4
5.56-73.60.1498460.9380.0820.1710.66893.2
7-503.50.0877310.9740.0480.1010.64580.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U09

5u09


解像度: 3.245→33.345 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 34.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 763 9.88 %
Rwork0.2291 --
obs0.2376 7721 86.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 138.79 Å2 / Biso mean: 62.1596 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.245→33.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3683 0 145 0 3828
Biso mean--60.91 --
残基数----473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6035243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.542333
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2454-3.49570.38071200.295113370
3.4957-3.8470.36481670.2587140388
3.847-4.40260.31951550.2316149593
4.4026-5.54270.31041680.208149392
5.5427-33.3450.26031530.212143487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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