PDB-4d0p: Crystal structure of human CSN4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d0p

タイトル

Crystal structure of human CSN4

要素

COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PCI

機能・相同性

機能・相同性情報

deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / COP9 signalosome / protein neddylation / RHOBTB1 GTPase cycle / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / cell junction / synaptic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bunker, R.D. / Lingaraju, G.M. / Thoma, N.H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the Cop9 Signalosome
著者: Lingaraju, G.M. / Bunker, R.D. / Cavadini, S. / Hess, D. / Hassiepen, U. / Renatus, M. / Fischer, E.S. / Thoma, N.H.

履歴

登録	2014年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d0p.cif.gz	313.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d0p.ent.gz	257.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/4d0p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d10C 4d18C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kqi-d 5tzy-d 3rbn-d 1ftj-5 6upb-d 4jhj-1 5fog-2 6upd-d 6ixy-3 1d2p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.660, 63.530, 75.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	COP9 SIGNALOSOME COMPLEX SUBUNIT 4 / SGN4 / SIGNALOSOME SUBUNIT 4 / JAB1-CONTAINING SIGNALOSOME SUBUNIT 4 分子量: 44187.148 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BT78
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CRYSTALLIZED WITH AN N-TERMINAL STREP(II) FUSION TAG

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.59 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 16 MG/ML PROTEIN IN 50 MM HEPES PH 7.4, 200 MM NACL, 2 MM DTT WAS MIXED EQUALLY WITH 100 MM HEPES PH 7.5, 4.3 M NACL. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月25日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→32 Å / Num. obs: 69613 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.61 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
XDS	AIMLESS	データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.6→31.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9601 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9583 / SU R Cruickshank DPI: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.069 / SU R_free Blow DPI: 0.067 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.067
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=6343. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1929	3564	5.12 %	RANDOM
R_work	0.1789	-	-	-
obs	0.1796	69593	99.98 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.7237 Å²	0 Å²	1.488 Å²
2-	-	-0.7194 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.4431 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.237 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→31.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2949	0	14	336	3299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6061	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	10962	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1391	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		88	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		915	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6061	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		2	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.05
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	13.32
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		404	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		8	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6677	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	218	4.24 %
R_work	0.2143	4920	-
all	0.2145	5138	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.1499	2.1574	-3.1244	0.5517	-1.692	-1.7275	-0.3696	0.621	0.0978	-0.007	0.506	-0.1589	0.1507	0.308	-0.1364	-0.2772	-0.1327	-0.0523	0.4966	-0.3254	-0.1892	-19.9205	6.4234	55.5244
2	7.8993	-0.7512	-1.0346	2.082	0.9422	5.7616	-0.2441	1.208	-0.0727	-0.1704	-0.3541	0.2295	0.0893	-1.3656	0.5981	-0.3057	-0.0474	-0.0585	0.2819	-0.2091	-0.1775	-10.2168	11.2808	57.2824
3	2.7754	-1.2874	-1.8168	1.5331	2.5145	6.7653	-0.1717	0.2992	-0.1017	-0.0606	-0.2517	0.2075	-0.1157	-0.695	0.4233	-0.1225	-0.0047	-0.0157	0.0156	-0.061	-0.0705	-6.0354	14.2962	69.1575
4	4.8186	-1.3322	-1.1315	2.8657	3.3876	6.9981	-0.0337	0.0542	-0.2172	0.0033	-0.0538	0.1256	0.2389	-0.1083	0.0875	-0.0435	0.034	-0.0052	-0.0652	-0.0264	-0.0866	-0.3907	16.323	81.1286
5	1.3508	0.2096	-0.0518	2.2145	0.9737	3.3501	0.0164	0.093	-0.125	-0.0846	0.0556	-0.1368	-0.1355	0.1727	-0.072	-0.0154	0.0006	-0.0038	-0.0249	-0.0323	-0.0407	5.6218	21.9538	87.4059
6	2.4531	1.7227	-1.4634	2.1249	-1.0469	2.5632	-0.1103	0.2045	-0.1444	-0.1398	0.0612	-0.1371	0.2448	0.0217	0.0491	-0.0193	0.0081	0.0103	-0.0748	-0.007	-0.0559	9.9626	32.6874	93.8427
7	1.6344	0.0823	-0.8913	1.0566	0.644	4.7554	0.1409	-0.0739	0.1772	-0.0118	-0.0001	-0.0233	-0.3908	0.2084	-0.1408	0.013	-0.0194	0.0119	-0.0659	-0.0012	-0.0357	9.9873	43.8118	103.8637
8	1.3748	0.7866	0.9275	1.8822	1.0998	5.5047	0.1845	-0.1614	0.1904	0.3097	-0.1561	0.2566	0.0143	-0.4681	-0.0285	-0.0661	0.0084	0.0562	-0.0726	-0.0192	-0.0485	-0.6564	40.9426	112.3003
9	4.0016	1.294	0.7251	0.6455	0.196	2.232	0.1003	-0.1042	0.2241	0.6169	-0.2138	0.177	0.6493	-0.3649	0.1136	0.0987	-0.0928	0.0592	-0.0632	-0.0533	-0.0404	0.1034	36.5604	126.8592
10	2.897	0.8354	2.7073	6.8727	3.5662	2.2841	0.166	-0.5213	-0.248	0.8264	0.0053	-0.2823	0.3164	0.0152	-0.1713	0.2597	-0.0404	-0.0046	-0.0989	0.0157	-0.069	6.0786	31.717	130.1022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|-8 - 18}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|19 - 58}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|59 - 116}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|117 - 140}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|141 - 180}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|181 - 218}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|219 - 268}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|269 - 315}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|316 - 344}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|345 - 362}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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