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- PDB-5mwj: Structure Enabled Discovery of a Stapled Peptide Inhibitor to Tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mwj
タイトルStructure Enabled Discovery of a Stapled Peptide Inhibitor to Target the Oncogenic Transcriptional Repressor TLE1
要素Transducin-like enhancer protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transducin-like / Constrained peptide inhibitor / Transcriptional corepressor
機能・相同性
機能・相同性情報


Repression of WNT target genes / beta-catenin-TCF complex / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of anoikis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / animal organ morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription ...Repression of WNT target genes / beta-catenin-TCF complex / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of anoikis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / animal organ morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Wnt signaling pathway / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Groucho/TLE, N-terminal Q-rich domain / Groucho/TLE N-terminal Q-rich domain / Groucho/transducin-like enhancer / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Groucho/TLE, N-terminal Q-rich domain / Groucho/TLE N-terminal Q-rich domain / Groucho/transducin-like enhancer / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pepide inhibtor / Transducin-like enhancer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者McGrath, S. / Tortorici, M. / Vidler, L. / Drouin, L. / Westwood, I. / Gimeson, P. / Van Montfort, R. / Hoelder, S.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2017
タイトル: Structure-Enabled Discovery of a Stapled Peptide Inhibitor to Target the Oncogenic Transcriptional Repressor TLE1.
著者: McGrath, S. / Tortorici, M. / Drouin, L. / Solanki, S. / Vidler, L. / Westwood, I. / Gimeson, P. / Van Montfort, R. / Hoelder, S.
履歴
登録2017年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / reflns_shell / Item: _entity.formula_weight
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transducin-like enhancer protein 1
B: Transducin-like enhancer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4755
ポリマ－73,7072
非ポリマー1,7683
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.940, 57.000, 104.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transducin-like enhancer protein 1 / E(Sp1) homolog / Enhancer of split groucho-like protein 1 / ESG1


分子量: 36853.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLE1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04724
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EBU / pepide inhibtor


分子量: 845.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H56N10O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: PEG 8000 (22%), 100mM sodium cacodylate, 100 mM Ca(OAc)2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→57 Å / Num. obs: 41686 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 33.33 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GXR

1gxr


解像度: 2.04→43.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Blow DPI: 0.154 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.157
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 2024 4.86 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.19 41673 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.8349 Å20 Å2-1.0564 Å2
2--0.5882 Å20 Å2
3---4.2468 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.04→43.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4764 0 122 172 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015010HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.26848HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1593SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes97HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes804HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5010HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion666SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5511SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 128 5.03 %
Rwork0.26 2417 -
all0.26 2545 -
obs--81.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0895-0.91750.32342.0317-1.05665.7292-0.16150.002-0.2570.1599-0.0592-0.1013-0.1711-0.01910.2208-0.021-0.03620.1587-0.304-0.02560.021669.7395-3.922144.668
23.6307-1.5258-1.96262.47440.87673.8925-0.1696-0.6225-0.06570.52430.23740.009-0.35820.2766-0.06780.16820.03140.2262-0.20230.0767-0.065560.18421.031263.8251
35.4295-0.2419-1.70580.63510.79790.1492-0.0276-0.19020.02880.09940.0293-0.0247-0.0227-0.2165-0.00170.18390.15130.21970.00350.0205-0.023246.7515.989657.0691
42.8591-0.0896-0.75792.0745-0.16064.2648-0.0030.128-0.2670.0909-0.01010.1214-0.2958-0.37360.0130.03480.00930.1789-0.2192-0.0373-0.005260.6414-0.762742.4756
51.7780.60560.46042.31072.30874.5446-0.0611-0.15890.0387-0.5289-0.033-0.0658-0.34140.05240.09410.23970.01670.1876-0.3040.0191-0.116366.0184-4.21929.2543
63.99631.3449-1.1791.4031-0.48214.4086-0.13770.49220.2006-0.40160.03430.11810.22080.28730.10340.23760.02550.2062-0.30170.0108-0.237671.1051-6.4644-14.4384
72.25-0.408-0.94072.21810.66352.89940.1056-0.00380.1872-0.48290.0341-0.3116-0.19510.4612-0.13970.2074-0.03440.2659-0.2754-0.0013-0.188977.3881-2.0164.9419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|435 - 532}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|533 - 635}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|636 - 652}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|653 - 770}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|435 - 511}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|512 - 612}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|613 - 770}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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