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- PDB-5nnl: Inactive dihydroorotase-like domain of Chaetomium thermophilum CA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnl
タイトルInactive dihydroorotase-like domain of Chaetomium thermophilum CAD-like multifunctional protein
要素Inactive dihydroorotase-like domain
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM-barrel / de novo pyrimidine biosynthesis / CAD / URA2
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamoyl-phosphate synthase complex / carbamoyl-phosphate synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / aspartate carbamoyltransferase activity / L-arginine biosynthetic process / glutamine metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain ...Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase large subunit, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthase, small subunit / Carbamoyl-phosphate synthase, large subunit / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, GATase1 domain / Carbamoyl-phosphate synthase small subunit, N-terminal domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthetase, large subunit oligomerisation domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large chain, oligomerisation domain / Carbamoyl-phosphate synthase small chain, CPSase domain / Methylglyoxal synthase-like domain / Methylglyoxal synthase-like domain superfamily / MGS-like domain / MGS-like domain profile. / MGS-like domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Metal-dependent hydrolases / Class I glutamine amidotransferase-like / Metal-dependent hydrolase / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Ramon-Maiques, S. / Moreno-Morcillo, M. / Grande-Garcia, A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2013-48365-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-80570-R スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into the Core of CAD, the Multifunctional Protein Leading De Novo Pyrimidine Biosynthesis.
著者: Moreno-Morcillo, M. / Grande-Garcia, A. / Ruiz-Ramos, A. / Del Cano-Ochoa, F. / Boskovic, J. / Ramon-Maiques, S.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inactive dihydroorotase-like domain
B: Inactive dihydroorotase-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7562
ポリマ－74,7562
非ポリマー00
水3,585199
1
A: Inactive dihydroorotase-like domain


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Dimer validated by size-exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering. Dimerization surface identified by usage of site-specific mutants. Mutaion ...根拠: assay for oligomerization, Dimer validated by size-exclusion chromatography coupled to multi-angle light scattering. Dimerization surface identified by usage of site-specific mutants. Mutaion L1660C converts the dimer into monomers.
  • 37.4 kDa, 1 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3781
ポリマ－37,3781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Inactive dihydroorotase-like domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3781
ポリマ－37,3781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.771, 109.177, 58.314
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1994-

HOH

21A-2012-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Inactive dihydroorotase-like domain


分子量: 37377.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0032600 / プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: G0S583
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / Density meas: 2.18 Mg/m3 / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: A construct spanning the DHO-like and ATC domains of C. thermophilum CAD-like protein was used for crystallization at 5 mg/ml. Crystals appear after 2-3 weeks in conditions with 20% PEG ...詳細: A construct spanning the DHO-like and ATC domains of C. thermophilum CAD-like protein was used for crystallization at 5 mg/ml. Crystals appear after 2-3 weeks in conditions with 20% PEG 20,000 and 0.1 M citric acid pH 4.5. The crystals only contained the DHO-like domain of the construct that was cleaved off during crystallization.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.93927 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→48 Å / Num. obs: 36234 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.13→2.25 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5197 / CC1/2: 0.702 / Rpim(I) all: 0.411 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4C6M

4c6m


解像度: 2.13→45.814 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1736 4.8 %
Rwork0.1989 --
obs0.2004 36184 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→45.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5197 0 0 199 5396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6067304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1853258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004941
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.19270.32521550.28362814X-RAY DIFFRACTION98
2.1927-2.26350.32771720.26962757X-RAY DIFFRACTION98
2.2635-2.34440.27021400.24882845X-RAY DIFFRACTION98
2.3444-2.43820.28271310.2332841X-RAY DIFFRACTION98
2.4382-2.54920.23181570.22532824X-RAY DIFFRACTION99
2.5492-2.68360.24881440.21332836X-RAY DIFFRACTION99
2.6836-2.85170.26141290.22132910X-RAY DIFFRACTION99
2.8517-3.07180.26391370.22122875X-RAY DIFFRACTION99
3.0718-3.38080.22891410.19822892X-RAY DIFFRACTION99
3.3808-3.86980.21361250.18422944X-RAY DIFFRACTION99
3.8698-4.87470.19681630.16212894X-RAY DIFFRACTION98
4.8747-45.82420.2031420.18013016X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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