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- PDB-6kgf: Crystal structure of CaDoc0917(R16D)-CaCohA2 complex at pH 8.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kgf
タイトルCrystal structure of CaDoc0917(R16D)-CaCohA2 complex at pH 8.2
要素
  • And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
  • Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain
キーワードHYDROLASE / cohesin / dockerin / cellulosome / calcium-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / polysaccharide catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding X2 domain / Carbohydrate binding domain X2 / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. ...Carbohydrate binding X2 domain / Carbohydrate binding domain X2 / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain / And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Feng, Y. / Yao, X.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31270784 中国
National Natural Science Foundation of China31670735 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Discovery and mechanism of a pH-dependent dual-binding-site switch in the interaction of a pair of protein modules.
著者: Yao, X. / Chen, C. / Wang, Y. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Li, Y. / Cui, Z. / Gong, W. / Perrett, S. / Yao, L. / Lamed, R. / Bayer, E.A. / Cui, Q. / Feng, Y.
履歴
登録2019年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain
D: And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
A: Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain
B: And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5788
ポリマ－44,4184
非ポリマー1604
水3,549197
1
C: Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain
D: And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2894
ポリマ－22,2092
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
2
A: Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain
B: And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2894
ポリマ－22,2092
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.650, 75.970, 120.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain


分子量: 15624.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
株: ATCC 824 / 遺伝子: CA_C0910 / プラスミド: pET28a-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q977Y4
#2: タンパク質 And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain


分子量: 6584.346 Da / 分子数: 2 / Mutation: R16D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
株: ATCC 824 / 遺伝子: CA_C0917 / プラスミド: pET28a-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q97KK2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: crystals were obtained with 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate, and 25% (w/v) PEG 3350 at pH 5.5, and soaked into 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, and 30% (w/v) PEG 4000 at pH 8.2 for 10 minutes.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.165 Å / Num. obs: 32350 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.271 % / Biso Wilson estimate: 32.92 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 7.31 / Num. measured all: 105812 / Scaling rejects: 56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.363.3960.4892.548207242524170.8630.58299.7
2.36-2.423.360.4762.657873235923430.8680.56899.3
2.42-2.493.3940.442.917762229322870.8880.52399.7
2.49-2.573.3290.3373.527428224022310.9350.40399.6
2.57-2.663.30.347086217221470.9410.35998.8
2.66-2.753.0590.2554.446385210920870.940.30999
2.75-2.852.9430.2174.85772198819610.9640.26498.6
2.85-2.973.4490.1826.316774198119640.9720.21599.1
2.97-3.13.4250.1557.246189182218070.9770.18499.2
3.1-3.253.3960.1278.546014178417710.9810.15199.3
3.25-3.433.260.1069.985509171916900.9830.12798.3
3.43-3.643.2770.09511.155125159415640.9850.11498.1
3.64-3.893.0910.08811.554476149714480.9860.10796.7
3.89-4.22.770.07711.683681141313290.9840.09594.1
4.2-4.63.4090.07414.074336129312720.9880.08998.4
4.6-5.143.3360.0714.133850116611540.990.08499
5.14-5.943.370.06714.073421102110150.9920.0899.4
5.94-7.273.1360.06513.4626288548380.990.07898.1
7.27-10.293.0920.06414.5920596786660.9870.07698.2
10.29-47.1653.4460.07116.112373613590.9890.08499.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OHZ

1ohz


解像度: 2.3→47.165 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 3234 10 %
Rwork0.2005 --
obs0.2054 32327 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.37 Å2 / Biso mean: 49.5384 Å2 / Biso min: 19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3032 0 4 197 3233
Biso mean--32.81 37.75 -
残基数----413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.33430.34281470.2611128599
2.3343-2.37070.26211370.26211260100
2.3707-2.40960.35051440.2703128099
2.4096-2.45120.36411450.2746130299
2.4512-2.49570.34851360.2613123199
2.4957-2.54370.27731450.2619128599
2.5437-2.59560.3281410.25841272100
2.5956-2.65210.37421420.2756126598
2.6521-2.71380.32931410.2701128299
2.7138-2.78160.32241410.251126199
2.7816-2.85680.25811370.2495125099
2.8568-2.94090.35461380.2348130199
2.9409-3.03580.32821410.2542127099
3.0358-3.14430.29231390.2345125199
3.1443-3.27010.29471420.2123127899
3.2701-3.41890.26831390.2019125598
3.4189-3.59910.20341430.1818126498
3.5991-3.82450.24261360.1722124097
3.8245-4.11960.20061360.1598122694
4.1196-4.53390.21431310.1485123598
4.5339-5.18930.1531440.1465127299
5.1893-6.53520.21761410.159126499
6.5352-47.1650.17341480.1672126499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2769-5.06080.48535.24950.60082.6030.1351-0.4482-0.1036-0.4046-0.30830.3186-1.7952-0.59140.13150.552-0.00670.04310.3994-0.04460.4877-20.10145.9949-5.9272
22.0053-0.00270.92185.59161.20250.89290.00710.1138-0.0292-0.5986-0.16150.4703-0.0075-0.11010.14160.3607-0.0088-0.04130.22820.03690.2125-11.3596-0.5765-21.1738
38.7254-3.39720.83438.28931.2344.15210.18260.36730.542-1.2372-0.247-0.111-0.3979-0.21090.08780.5031-0.01740.02840.2458-0.0110.2235-7.641510.3218-20.236
40.4401-0.06450.47343.92772.18362.23960.0654-0.0135-0.0021-0.4352-0.2920.5311-0.2682-0.36140.29710.50130.0731-0.08560.29580.02370.3555-14.436610.1277-19.6226
50.91960.18880.39544.66552.20523.16280.0209-0.0314-0.0203-0.0242-0.0194-0.245-0.01530.2868-0.02490.26930.05870.06240.27160.06340.1741-9.51590.0494-13.1362
65.7458-3.6507-3.04985.83383.09042.97460.4686-0.01730.20410.4947-0.07880.2681-0.0113-0.2112-0.10210.648-0.14550.02810.2150.02780.2864-14.4672-7.1457-16.7006
76.69492.88780.1917.72293.76882.5099-0.303-0.06540.5023-0.24570.3488-0.1166-0.55240.7342-0.05080.4748-0.0161-0.0640.3066-0.0150.30739.249924.739-8.149
87.51343.58141.28446.64784.69167.8739-0.19720.70570.2934-0.79810.16190.4099-0.1860.32920.19270.381-0.01930.01860.2410.02170.24413.138618.2641-16.274
96.55542.88980.03476.61674.97364.6291-0.3163-0.2605-0.4228-0.34840.181-0.6455-0.16230.58350.21050.35160.0716-0.02490.22550.0630.3446.494613.2653-10.4825
105.999-1.02360.14658.71793.70175.6003-0.4919-0.14270.25760.0027-0.13220.6725-0.7922-0.04280.580.41970.0425-0.13220.3149-0.02960.3032-3.511321.5318-7.3787
113.8165-2.47160.0914.5170.10462.32370.26310.2788-0.265-0.5746-0.17960.11040.0484-0.1202-0.07410.4369-0.0501-0.08030.2701-0.01990.22686.429711.0673-48.5361
124.5761-6.31642.56459.5104-3.36976.1710.06081.0041-0.7861-0.6657-0.38190.02720.00140.50080.43740.4423-0.13310.00630.3253-0.03410.554114.632314.0243-49.6589
135.9724-2.3159-1.42568.31820.83421.67810.3224-0.4113-0.75960.29450.18180.43340.6072-0.2746-0.42930.4431-0.114-0.12470.28580.07820.349312.4967-5.096-29.1806
140.4533-0.3241-0.38972.7759-1.34751.37190.4568-0.0870.10070.4313-0.33260.4879-0.1190.0829-0.09460.469-0.03340.03330.27540.01510.52458.03171.6482-26.9156
157.30444.63573.54417.30695.90097.79380.31260.3267-0.29110.308-0.1855-0.63360.29110.36320.01240.3835-0.0114-0.12710.37160.06160.368419.2475-1.3365-35.7865
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 0 through 10 )C0 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 11 through 55 )C11 - 55
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 56 through 83 )C56 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 84 through 105 )C84 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 106 through 133 )C106 - 133
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 134 through 146 )C134 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 0 through 14 )D0 - 14
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 15 through 25 )D15 - 25
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 26 through 47 )D26 - 47
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 48 through 61 )D48 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 4 through 126 )A4 - 126
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 127 through 146 )A127 - 146
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 25 )B1 - 25
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 26 through 37 )B26 - 37
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 38 through 61 )B38 - 61

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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