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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kge | |||||||||
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Title | Crystal structure of CaDoc0917(R16D)-CaCohA2 complex at pH 5.5 | |||||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / cohesin / dockerin / cellulosome / calcium-binding | |||||||||
Function / homology | ![]() cellulose binding / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Feng, Y. / Yao, X. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Discovery and mechanism of a pH-dependent dual-binding-site switch in the interaction of a pair of protein modules. Authors: Yao, X. / Chen, C. / Wang, Y. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Li, Y. / Cui, Z. / Gong, W. / Perrett, S. / Yao, L. / Lamed, R. / Bayer, E.A. / Cui, Q. / Feng, Y. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 236.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 193.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.4 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kg8C ![]() 6kg9C ![]() 6kgcC ![]() 6kgdC ![]() 6kgfC ![]() 1ohzS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 15624.421 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 824 / Gene: CA_C0910 / Plasmid: pET28a-SMT3 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 6584.346 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: R16D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 824 / Gene: CA_C0917 / Plasmid: pET28a-SMT3 / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate, and 25% (w/v) PEG 3350 at pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 1, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→35.751 Å / Num. obs: 51345 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.725 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 6.47 / Num. measured all: 191254 / Scaling rejects: 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1OHZ Resolution: 2→35.751 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.95 Details: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 150.99 Å2 / Biso mean: 34.2468 Å2 / Biso min: 11.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→35.751 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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