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万見
- PDB-6jk0: Crystal Structure of YAP1 and Dendrin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jk0
タイトルCrystal Structure of YAP1 and Dendrin complex
要素Transcriptional coactivator YAP1,Dendrin
キーワードSIGNALING PROTEIN / WW tandem / PY tandem / KIBRA / PTPN14
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear signaling by ERBB4 / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / intestinal epithelial cell differentiation / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation ...Nuclear signaling by ERBB4 / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / intestinal epithelial cell differentiation / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / bud elongation involved in lung branching / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / heart process / positive regulation of organ growth / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / regulation of stem cell proliferation / hippo signaling / tissue homeostasis / intestinal epithelial cell development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / dendritic spine membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway / proline-rich region binding / negative regulation of epithelial cell differentiation / organ growth / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / blastocyst development / regulation of neurogenesis / signal transduction in response to DNA damage / canonical Wnt signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / response to progesterone / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / wound healing / cell morphogenesis / cellular response to gamma radiation / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cell-cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / postsynaptic membrane / perikaryon / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / chromatin binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dendrin / Nephrin and CD2AP-binding protein, Dendrin / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional coactivator YAP1 / Dendrin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lin, Z. / Yang, Z. / Ji, Z. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Decoding WW domain tandem-mediated target recognitions in tissue growth and cell polarity.
著者: Lin, Z. / Yang, Z. / Xie, R. / Ji, Z. / Guan, K. / Zhang, M.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional coactivator YAP1,Dendrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7693
ポリマ－14,6891
非ポリマー802
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.606, 94.606, 174.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional coactivator YAP1,Dendrin / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes-associated protein YAP65 homolog


分子量: 14689.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: YAP1 (residues 156-247 from Uniprot P46938) linked Dendrin (residues 222-241 from Uniprot Q80TS7)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Yap1, Yap, Yap65, Ddn, Gm748, Kiaa0749 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46938, UniProt: Q80TS7
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25-30% w/v PEG400, 200mM CaCl2, 100mM HEPS (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 8993 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 34.6 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 444 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4REX

4rex


解像度: 3.1→32.059 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2428 848 10.09 %
Rwork0.2131 --
obs0.216 8406 93.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→32.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数879 0 2 5 886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2651249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.62328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006168
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0974-3.29120.39621210.33641089X-RAY DIFFRACTION84
3.2912-3.54510.32571370.27731204X-RAY DIFFRACTION93
3.5451-3.90130.25271450.21591274X-RAY DIFFRACTION97
3.9013-4.46450.20141430.18351278X-RAY DIFFRACTION97
4.4645-5.61980.22481480.1781329X-RAY DIFFRACTION98
5.6198-32.06050.21381540.20551384X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.2232 Å / Origin y: 49.3012 Å / Origin z: 68.9995 Å
111213212223313233
T0.5504 Å2-0.0207 Å2-0.028 Å2-0.565 Å2-0.0414 Å2--0.5316 Å2
L0.8666 °2-0.5003 °20.6677 °2-0.8026 °20.3712 °2--2.7994 °2
S0.0505 Å °0.028 Å °-0.1549 Å °-0.0074 Å °0.0706 Å °0.0003 Å °-0.0282 Å °0.3168 Å °-0.1051 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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