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- PDB-6jk1: Crystal Structure of YAP1 and Dendrin complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jk1
タイトルCrystal Structure of YAP1 and Dendrin complex 2
要素Dendrin,Transcriptional coactivator YAP1
キーワードSIGNALING PROTEIN / WW tandem / PY tandem / YAP1 / Dendrin
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear signaling by ERBB4 / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / intestinal epithelial cell differentiation / glandular epithelial cell differentiation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration ...Nuclear signaling by ERBB4 / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / intestinal epithelial cell differentiation / glandular epithelial cell differentiation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / bud elongation involved in lung branching / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of organ growth / heart process / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / tissue homeostasis / intestinal epithelial cell development / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / proline-rich region binding / dendritic spine membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway / organ growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / blastocyst development / somatic stem cell population maintenance / signal transduction in response to DNA damage / regulation of neurogenesis / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / epithelial cell differentiation / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / wound healing / cellular response to gamma radiation / cell morphogenesis / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell junction / presynapse / regulation of cell population proliferation / regulation of gene expression / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / perikaryon / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / cell population proliferation / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / chromatin binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dendrin / Nephrin and CD2AP-binding protein, Dendrin / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional coactivator YAP1 / Dendrin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lin, Z. / Yang, Z. / Ji, Z. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Decoding WW domain tandem-mediated target recognitions in tissue growth and cell polarity.
著者: Lin, Z. / Yang, Z. / Xie, R. / Ji, Z. / Guan, K. / Zhang, M.
履歴
登録2019年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dendrin,Transcriptional coactivator YAP1
B: Dendrin,Transcriptional coactivator YAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5362
ポリマ－25,5362
非ポリマー00
水3,567198
1
A: Dendrin,Transcriptional coactivator YAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7681
ポリマ－12,7681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dendrin,Transcriptional coactivator YAP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7681
ポリマ－12,7681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.376, 77.376, 116.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Dendrin,Transcriptional coactivator YAP1 / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes-associated protein YAP65 homolog


分子量: 12768.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Dendrin (residues 222-241 from Uniprot Q80TS7) linked YAP1 (residues 156-247 from Uniprot P46938)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ddn, Gm748, Kiaa0749, Yap1, Yap, Yap65 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q80TS7, UniProt: P46938
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28-35% w/v pentaerythritol propoxylat 426 (5/4 PO/OH), 100mM HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 24702 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.698 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1210 / % possible all: 100
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JK0

6jk0


解像度: 2→29.191 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2111 1941 8.11 %
Rwork0.1853 --
obs0.1874 23948 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1433 0 0 198 1631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1032043
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.548537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005273
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.05020.25241290.21711435X-RAY DIFFRACTION91
2.0502-2.10570.22621290.19351467X-RAY DIFFRACTION93
2.1057-2.16760.21791270.18841500X-RAY DIFFRACTION94
2.1676-2.23750.2241370.17911509X-RAY DIFFRACTION95
2.2375-2.31750.21931340.18421540X-RAY DIFFRACTION97
2.3175-2.41020.19561360.18571545X-RAY DIFFRACTION97
2.4102-2.51990.20651400.18661554X-RAY DIFFRACTION97
2.5199-2.65260.20821380.18841580X-RAY DIFFRACTION98
2.6526-2.81870.19931400.19741585X-RAY DIFFRACTION99
2.8187-3.03610.26051400.20561616X-RAY DIFFRACTION99
3.0361-3.34130.25371450.19931622X-RAY DIFFRACTION100
3.3413-3.82380.20791440.17381631X-RAY DIFFRACTION100
3.8238-4.81410.17821480.16031665X-RAY DIFFRACTION100
4.8141-29.19380.19211540.18871758X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.8898 Å / Origin y: 63.1532 Å / Origin z: 41.9106 Å
111213212223313233
T0.1619 Å20.0098 Å2-0.0395 Å2-0.1858 Å2-0.0048 Å2--0.1833 Å2
L1.5255 °2-0.7502 °20.3194 °2-0.9231 °20.2065 °2--1.7521 °2
S0.0118 Å °0.1826 Å °0.0339 Å °-0.1718 Å °-0.1726 Å °0.0405 Å °-0.2528 Å °0.0057 Å °0.1386 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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