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- PDB-6jji: Crystal structure of a two-quartet RNA parallel G-quadruplex comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jji
タイトルCrystal structure of a two-quartet RNA parallel G-quadruplex complexed with the porphyrin TMPyP4 (1:1)
要素RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')
キーワードRNA / G-quadruplex / two-quartet / complex
機能・相同性: / Chem-POH / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Pseudorabies virus Ea (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, Y.S. / Parkinson, G.N. / Wei, D.G.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31672558 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Native de novo structural determinations of non-canonical nucleic acid motifs by X-ray crystallography at long wavelengths.
著者: Zhang, Y. / El Omari, K. / Duman, R. / Liu, S. / Haider, S. / Wagner, A. / Parkinson, G.N. / Wei, D.
履歴
登録2019年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / refine_ls_shell / reflns_shell / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_ls_shell.d_res_low / _reflns_shell.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3695
ポリマ－4,5731
非ポリマー7964
水00
1
B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子

B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,73810
ポリマ－9,1462
非ポリマー1,5928
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area900 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area5440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.509, 29.244, 57.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

K

21B-102-

K

31B-103-

K

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A)-3')


分子量: 4572.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudorabies virus Ea (ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-POH / (1Z,4Z,9Z,15Z)-5,10,15,20-tetrakis(1-methylpyridin-1-ium-4-yl)-21,23-dihydroporphyrin / TMPyP4 / 5,10,15,20-テトラキス(1-メチルピリジニウム-4-イル)-21H,23H-ポルフィリン


分子量: 678.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H38N8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Potassium cacodylate, Sodium cacodylate, Potassium chloride, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→16.042 Å / Num. obs: 825 / % possible obs: 96.57 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.403 / Num. unique obs: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JJH

6jjh


解像度: 3.1→16.042 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.17 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: LS_WUNIT_K1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 36 4.41 %
Rwork0.1927 781 -
obs0.195 817 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.81 Å2 / Biso mean: 71.0763 Å2 / Biso min: 34.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→16.042 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 303 55 0 358
Biso mean--70.59 --
残基数----14
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2497 36 -
Rwork0.1927 781 -
obs--97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.0762 Å / Origin y: 2.9584 Å / Origin z: 4.4843 Å
111213212223313233
T0.4487 Å20.1394 Å20.0071 Å2-0.5065 Å20.085 Å2--0.5806 Å2
L3.742 °20.3343 °20.0303 °2-9.3281 °2-0.9756 °2--2.832 °2
S0.1476 Å °-0.0432 Å °0.3778 Å °1.56 Å °-0.2791 Å °0.2917 Å °-0.3647 Å °-0.1161 Å °0.2184 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 3
3X-RAY DIFFRACTION1allT1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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