PDB-4ikg: Crystal structure of cell death-inducing DFFA-like effector c

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ikg

タイトル

Crystal structure of cell death-inducing DFFA-like effector c

要素

Cell death activator CIDE-3

キーワード

APOPTOSIS / Fsp27 / cell death

機能・相同性

機能・相同性情報

Lipid particle organization / lipid droplet fusion / lipid transfer activity / negative regulation of triglyceride metabolic process / phosphatidic acid binding / lipid storage / execution phase of apoptosis / phosphatidylserine binding / negative regulation of lipid catabolic process / lipid droplet ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9318 Å

データ登録者

Yang, M. / Gao, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Perilipin1 promotes unilocular lipid droplet formation through the activation of Fsp27 in adipocytes.
著者: Sun, Z. / Gong, J. / Wu, H. / Xu, W. / Wu, L. / Xu, D. / Gao, J. / Wu, J.W. / Yang, H. / Yang, M. / Li, P.

履歴

登録	2012年12月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ikg.cif.gz	48.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ikg.ent.gz	35.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ikg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4ikg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/4ikg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pdz-d 2eht-d 2qb1-2 6d8i-d 3vke-3 4eif-d 5a7l-d 1prl-d 6lcb-d 2k94-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Cell death activator CIDE-3

ヘテロ分子

9.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.615, 61.615, 44.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Cell death activator CIDE-3 / Cell death-inducing DFFA-like effector protein C / Fat-specific protein FSP27 分子量: 9174.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cidec, Fsp27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56198
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.51 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1M TRIS hydrochloride pH8.5, 28% polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9318→53.51 Å / Num. all: 13577 / Num. obs: 12963

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
直接法		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9318→26.68 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 46.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3056	595	4.74 %
R_work	0.2924	-	-
obs	0.2931	12552	87.63 %
all	-	13147	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.938 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.938 Å²	-0 Å²
3-	-	-	15.876 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9318→26.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	623	0	5	28	656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	666
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.182	264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	101
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	114

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9318-2.1261	0.3881	96	0.3691	1793	X-RAY DIFFRACTION	53
2.1261-2.4336	0.3814	146	0.3827	3355	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4336-3.0653	0.3156	155	0.3405	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0653-26.6826	0.2883	198	0.255	3375	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6339	0.9074	0.5527	5.6531	1.4742	0.6081	1.0407	-0.2328	-0.3195	0.2607	-0.5129	0.7873	0.1307	-0.0857	-0.0287	0.4518	0.0415	-0.1459	0.4597	-0.1091	0.5025	-9.3261	13.8139	-0.6235
2	0.6639	-1.1043	1.5281	2.7556	-4.3552	8.3161	-0.5217	0.6815	0.9491	-0.9523	-0.363	0.5682	-0.9588	0.6208	0.6409	0.8092	-0.067	-0.3682	0.3514	0.19	0.4867	-5.7269	19.6357	-16.8318
3	9.9042	4.2687	2.1262	4.2839	0.2757	9.0515	-1.4302	-0.585	3.0795	0.3032	-0.4939	1.6657	-2.07	-0.7106	1.7477	0.553	0.1033	-0.555	0.246	-0.1554	0.8298	-10.1397	22.2153	-8.0259
4	0.8178	-0.0955	-0.0855	6.1331	-2.1163	0.9491	0.1732	1.0063	0.5344	-0.9354	-0.1831	-2.2715	-0.1126	0.3689	0.0775	1.3229	-0.0036	-1.0477	0.2391	-0.0469	1.6299	-10.8821	30.2099	-13.3677
5	8.8161	1.1901	-0.778	0.4444	-0.1496	4.4993	-0.5236	-0.0966	3.2443	-0.893	0.3528	0.1487	-1.1323	-0.604	0.4212	0.5761	0.1068	-0.3916	0.3036	-0.0149	0.7893	-15.0254	15.63	-16.269
6	2.4404	0.861	1.3587	1.2323	0.1838	1.4528	-0.6403	-0.2655	0.9794	-0.3163	0.0423	0.4307	-0.4264	-0.2692	0.4473	0.3146	0.0521	-0.0634	0.398	-0.0866	0.4318	-13.868	10.0897	-7.7474
7	2.038	-2.6297	7.5672	2.2388	-2.2194	5.453	-1.0297	-0.6923	2.1116	-0.9476	0.0083	-0.0273	-1.5073	-0.644	0.6223	1.0368	0.0198	-0.4849	0.1958	0.2816	0.6624	-13.1305	18.4869	-20.4629

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 41:45)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 46:52)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 53:72)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 73:78)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 79:91)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 92:106)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 107:118)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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