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- PDB-6jqy: Crystal structure of N-terminal domain of VapB46 antitoxin from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jqy
タイトルCrystal structure of N-terminal domain of VapB46 antitoxin from Mycobacterium tuberculosis
要素Antitoxin VapB46
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Phd/YefM fold / DNA binding / Virulence associated protein / antitoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


: / YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Antitoxin VapB46
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.643 Å
データ登録者Roy, M. / Singh, B.K. / Bhattacharyya, S. / Das, A.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India)BT/PR12404/BRB/10/1362/ 2014 インド
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2025
タイトル: Crystal structure of N-terminal VapB46 antitoxin and interaction analysis of its cognate partners from molecular dynamics simulation.
著者: Roy, M. / Saha, R. / Singh, B. / Yadav, V.K. / Bhattacharyya, S. / De, S. / Das, A.K.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年10月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin VapB46
B: Antitoxin VapB46
C: Antitoxin VapB46
D: Antitoxin VapB46
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4086
ポリマ－19,2904
非ポリマー1182
水1,856103
1
A: Antitoxin VapB46
B: Antitoxin VapB46
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7043
ポリマ－9,6452
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area5300 Å2
手法PISA
2
C: Antitoxin VapB46
D: Antitoxin VapB46
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7043
ポリマ－9,6452
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area5390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.043, 50.548, 42.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Antitoxin VapB46


分子量: 4822.547 Da / 分子数: 4 / 変異: R23Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: vapB46, MT3493 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(pREP4) / 参照: UniProt: P9WF12
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.5 % / 解説: Dagger shaped
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2M NaCl, 0.1M NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.643→38.267 Å / Num. obs: 17661 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.045 / Net I/av σ(I): 13.6 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9093 / CC1/2: 0.849 / Rpim(I) all: 0.353 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZLX

4zlx


解像度: 1.643→21.253 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 901 5.11 %
Rwork0.1952 --
obs0.197 17617 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.643→21.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1285 0 8 103 1396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091305
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2251770
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.754906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6427-1.74560.29731520.27392644X-RAY DIFFRACTION95
1.7456-1.88030.32571420.23192792X-RAY DIFFRACTION100
1.8803-2.06940.23621560.18912812X-RAY DIFFRACTION100
2.0694-2.36850.22161710.18622796X-RAY DIFFRACTION100
2.3685-2.98270.22431210.2072829X-RAY DIFFRACTION100
2.9827-21.25470.21851590.17972843X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2776-0.90240.08334.5957-0.28555.15950.101-0.1772-0.20170.3808-0.08330.02820.062-0.00640.01870.229-0.0158-0.03970.129-0.01390.1716-9.4974-1.848815.5443
21.7830.52580.14132.86950.58335.1029-0.06370.0828-0.10770.11990.1551-0.3557-0.37010.7383-0.03250.2148-0.016-0.05960.2278-0.02840.1654-2.13496.472115.4475
33.03170.37431.62153.51610.08192.0138-0.02960.6057-0.03-0.40560.1581-0.1195-0.07040.51640.02660.2169-0.0471-0.00410.25290.00620.1416-11.64396.3178-3.7265
43.4099-0.78421.00913.5232-1.47493.3883-0.0128-0.0231-0.00460.0602-0.01190.1966-0.2769-0.0290.06060.17840.0008-0.03770.1053-0.02320.1464-16.76314.62661.825
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 11:54)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 12:54)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 11:54)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 11:53)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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