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万見
- PDB-1sv4: Crystal Structure of Yan-SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sv4
タイトルCrystal Structure of Yan-SAM
要素Ets DNA-binding protein pokkuri
キーワードTRANSCRIPTION / alpha-helix / 3(10)-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of terminal cell fate specification, open tracheal system / negative regulation of R7 cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor cell differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / negative regulation of fusion cell fate specification / oenocyte delamination / R3/R4 cell fate commitment / regulation of establishment of planar polarity / dorsal closure / sevenless signaling pathway ...negative regulation of terminal cell fate specification, open tracheal system / negative regulation of R7 cell differentiation / negative regulation of compound eye photoreceptor cell differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / negative regulation of fusion cell fate specification / oenocyte delamination / R3/R4 cell fate commitment / regulation of establishment of planar polarity / dorsal closure / sevenless signaling pathway / border follicle cell migration / positive regulation of border follicle cell migration / gonad development / cell fate determination / muscle cell development / regulation of neurogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / determination of adult lifespan / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / epidermal growth factor receptor signaling pathway / endocytosis / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ets DNA-binding protein pokkuri
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Qiao, F. / Song, H. / Kim, C.A. / Sawaya, M.R. / Hunter, J.B. / Gingery, M. / Rebay, I. / Courey, A.J. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Derepression by depolymerization; structural insights into the regulation of yan by mae.
著者: Qiao, F. / Song, H. / Kim, C.A. / Sawaya, M.R. / Hunter, J.B. / Gingery, M. / Rebay, I. / Courey, A.J. / Bowie, J.U.
履歴
登録2004年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ets DNA-binding protein pokkuri
B: Ets DNA-binding protein pokkuri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0392
ポリマ－20,0392
非ポリマー00
水1,24369
1
A: Ets DNA-binding protein pokkuri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0201
ポリマ－10,0201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ets DNA-binding protein pokkuri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0201
ポリマ－10,0201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.510, 45.410, 55.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ets DNA-binding protein pokkuri / Protein yan / Protein anterior open


分子量: 10019.589 Da / 分子数: 2 / 断片: SAM domain of transcription repressor Yan / 変異: A86R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: AOP, POK, YAN, CG3166 / プラスミド: Modified pET-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q01842
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, MPD , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→80 Å / Num. all: 9998 / Num. obs: 9998 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.25 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.25 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JI7

1ji7


解像度: 2.15→19.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1216458.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 529 5.3 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 9986 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.2776 Å2 / ksol: 0.34914 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6 Å20 Å22.65 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3---5.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1277 0 0 69 1346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 74 4.5 %
Rwork0.28 1563 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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