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万見
- PDB-6jch: Crystal structure of SpaE basal pilin from Lactobacillus rhamnosu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jch
タイトルCrystal structure of SpaE basal pilin from Lactobacillus rhamnosus GG - Orthorhombic form
要素Pilus assembly protein
キーワードCELL ADHESION / basal pilins / SpaFED pilus / isopeptide bonds / pilus anchoring / surface proteins / probiotic / sortase
機能・相同性Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Immunoglobulin-like fold / : / Pilus assembly protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.536 Å
データ登録者Megta, A.K. / Mishra, A.K. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India)BT/PR5891/BRB/10/1098/2012 インド
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of basal pilin SpaE reveals the molecular basis of its incorporation in the lactobacillar SpaFED pilus.
著者: Megta, A.K. / Mishra, A.K. / Palva, A. / von Ossowski, I. / Krishnan, V.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pilus assembly protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9034
ポリマ－44,8341
非ポリマー693
水6,936385
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.382, 63.523, 130.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pilus assembly protein / SpaE


分子量: 44833.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus GG (バクテリア)
遺伝子: DU507_12320 / Variant: ATCC 53103 / GG / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A345U425, UniProt: A0A5H1ZR38*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.37 % / 解説: Three dimensional plate shaped crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M bis-tris propane pH 8.5, 0.25 M sodium formate, 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium iodide, 0.02 M L-proline

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.536→57.094 Å / Num. obs: 52018 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.536→1.562 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2453 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.261 / Rrim(I) all: 0.568 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JBV

6jbv


解像度: 1.536→23.736 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.37
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2183 2504 4.82 %RANDOM
Rwork0.1797 ---
obs0.1816 51994 99.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.536→23.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2509 0 3 385 2897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8473479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5291552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006465
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5358-1.56530.24971460.23652576X-RAY DIFFRACTION97
1.5653-1.59730.2451190.22652746X-RAY DIFFRACTION99
1.5973-1.6320.24871260.20492722X-RAY DIFFRACTION100
1.632-1.670.23281490.18632714X-RAY DIFFRACTION100
1.67-1.71170.22561470.18562716X-RAY DIFFRACTION100
1.7117-1.7580.20941480.18562700X-RAY DIFFRACTION100
1.758-1.80970.21421350.182751X-RAY DIFFRACTION100
1.8097-1.86810.24851600.19292694X-RAY DIFFRACTION100
1.8681-1.93480.22821310.19672724X-RAY DIFFRACTION100
1.9348-2.01220.25481190.17972751X-RAY DIFFRACTION100
2.0122-2.10380.19891450.1792735X-RAY DIFFRACTION100
2.1038-2.21460.21821450.17322748X-RAY DIFFRACTION100
2.2146-2.35320.22851330.18142763X-RAY DIFFRACTION100
2.3532-2.53480.22961430.18792770X-RAY DIFFRACTION100
2.5348-2.78950.21441430.18332782X-RAY DIFFRACTION100
2.7895-3.19230.22781270.18152807X-RAY DIFFRACTION100
3.1923-4.01880.18081500.16622817X-RAY DIFFRACTION100
4.0188-23.73870.22941380.17082974X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.37720.02010.51081.67340.08692.0635-0.1532-0.12540.37150.20240.014-0.1265-0.46260.09580.08580.2155-0.0174-0.05740.1195-0.02970.234835.15824.89412.694
21.1727-0.1256-0.3710.86180.43251.8274-0.02830.0819-0.1487-0.0223-0.0177-0.01480.15270.00750.02580.1398-0.00390.00340.1408-0.0080.209542.17086.339651.8667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 375 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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