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- PDB-1upk: Crystal structure of MO25 in complex with a C-terminal peptide of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upk
タイトルCrystal structure of MO25 in complex with a C-terminal peptide of STRAD
要素
  • MO25 PROTEIN
  • STE-20 RELATED ADAPTOR
キーワードTRANSFERASE / MO25 / STRAD / STE-20 RELATED ADAPTOR / ARMADILLO
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein-containing complex / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / cellular hypotonic response / activation of protein kinase activity / response to thyroid hormone / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / serine/threonine protein kinase complex / G1 to G0 transition / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation ...intracellular protein-containing complex / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / cellular hypotonic response / activation of protein kinase activity / response to thyroid hormone / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / serine/threonine protein kinase complex / G1 to G0 transition / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / protein kinase activator activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / protein export from nucleus / protein serine/threonine kinase activator activity / response to activity / Z disc / kinase binding / peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / intracellular signal transduction / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mo25-like / Mo25-like / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. ...: / Mo25-like / Mo25-like / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
STE20-related kinase adapter protein alpha / Calcium-binding protein 39
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Milburn, C.C. / Boudeau, J. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Mo25 Alpha in Complex with the C-Terminus of the Pseudo Kinase Ste-20 Related Adaptor (Strad)
著者: Milburn, C.C. / Boudeau, J. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2003年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MO25 PROTEIN
B: STE-20 RELATED ADAPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0783
ポリマ－41,8832
非ポリマー1951
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)77.650, 134.033, 40.224
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2120-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MO25 PROTEIN / MO25 ALPHA / CGI 66


分子量: 40344.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX6T-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9Y376
#2: タンパク質・ペプチド STE-20 RELATED ADAPTOR / STRAD ALPHA


分子量: 1537.579 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL 12 AMINO ACIDS, RESIDUES 1-12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTN6*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化pH: 5
詳細: 15% PEG 20000, 0.1 M MES PH 5.0, 3.3% W/V D-GLUCOSE MONOHYDRATE.
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114.5 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG200001reservoir
30.1 MMES1reservoirpH5.0
430 %(w/v)D-glucose monohydrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979355,0.979333
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9793551
20.9793331
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 36794 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 41.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 8.8 % / Num. measured all: 324698 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 4.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.85→24.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1411659.32 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 744 2 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 36515 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.314326 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å20 Å20 Å2
2---7.92 Å20 Å2
3---9.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2670 0 7 307 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.62.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 112 1.9 %
Rwork0.291 5843 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMPROTEIN_BREAK.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MES.PARPROTEIN.LINK
X-RAY DIFFRACTION4WATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. reflection Rfree: 745 / Rfactor Rfree: 0.231 / Rfactor Rwork: 0.203
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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