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- PDB-3wb8: Crystal Structure of MyoVa-GTD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wb8
タイトルCrystal Structure of MyoVa-GTD
要素Unconventional myosin-Va
キーワードMOTOR PROTEIN / Helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of endoplasmic reticulum localization to postsynapse / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / melanosome localization / endoplasmic reticulum localization / locomotion involved in locomotory behavior / melanin metabolic process / vesicle transport along actin filament / unconventional myosin complex / insulin-responsive compartment / developmental pigmentation ...establishment of endoplasmic reticulum localization to postsynapse / regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / melanosome localization / endoplasmic reticulum localization / locomotion involved in locomotory behavior / melanin metabolic process / vesicle transport along actin filament / unconventional myosin complex / insulin-responsive compartment / developmental pigmentation / secretory granule localization / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / hair follicle maturation / actin filament-based movement / melanin biosynthetic process / melanocyte differentiation / actomyosin / melanosome transport / myosin complex / intermediate filament / odontogenesis / insulin secretion / long-chain fatty acid biosynthetic process / microfilament motor activity / pigmentation / exocytosis / smooth endoplasmic reticulum / cytoskeletal motor activity / photoreceptor outer segment / vesicle-mediated transport / myelination / visual perception / secretory granule / protein localization to plasma membrane / synapse organization / small GTPase binding / cellular response to insulin stimulus / disordered domain specific binding / melanosome / actin binding / chemical synaptic transmission / calmodulin binding / postsynapse / neuronal cell body / calcium ion binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myosin 5a, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. ...Myosin 5a, cargo-binding domain / Class V myosin, motor domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Unconventional myosin-Va
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Wei, Z. / Liu, X. / Yu, C. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis of cargo recognitions for class V myosins
著者: Wei, Z. / Liu, X. / Yu, C. / Zhang, M.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Unconventional myosin-Va
B: Unconventional myosin-Va
C: Unconventional myosin-Va
D: Unconventional myosin-Va
E: Unconventional myosin-Va
F: Unconventional myosin-Va
G: Unconventional myosin-Va
H: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)370,34430
ポリマ－368,9798
非ポリマー1,36522
水6,413356
1
A: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3715
ポリマ－46,1221
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2463
ポリマ－46,1221
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3094
ポリマ－46,1221
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3094
ポリマ－46,1221
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2463
ポリマ－46,1221
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3094
ポリマ－46,1221
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3094
ポリマ－46,1221
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Unconventional myosin-Va
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2463
ポリマ－46,1221
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.984, 165.355, 173.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Unconventional myosin-Va / Dilute myosin heavy chain / non-muscle


分子量: 46122.316 Da / 分子数: 8 / 断片: Globular Tail Domain (GTD), UNP residues 1469-1853 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Myo5a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99104
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20-30%(w/v) ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器日付: 2011年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.499→50 Å / Num. all: 131888 / Num. obs: 131888 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 50.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 22.64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.499→41.793 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8356 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 6651 5.05 %
Rwork0.1731 --
obs0.1756 131807 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 249.63 Å2 / Biso mean: 63.0533 Å2 / Biso min: 20.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.499→41.793 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22825 0 88 356 23269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06431402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0733659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2358803
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4989-2.52730.32061510.25553303345478
2.5273-2.5570.31912100.23253967417792
2.557-2.58820.30812190.22883964418395
2.5882-2.6210.28652230.22554139436298
2.621-2.65550.2742360.213142514487100
2.6555-2.69180.27792510.208641034354100
2.6918-2.73030.26462340.203342704504100
2.7303-2.7710.29062410.203442064447100
2.771-2.81430.24992230.203441894412100
2.8143-2.86050.29412280.200742314459100
2.8605-2.90980.29912100.201342694479100
2.9098-2.96270.26772000.198142264426100
2.9627-3.01960.28762290.203542204449100
3.0196-3.08120.27282540.209142024456100
3.0812-3.14820.26782180.208342644482100
3.1482-3.22140.26182130.205641904403100
3.2214-3.3020.27312120.199942864498100
3.302-3.39120.26612200.198142254445100
3.3912-3.49090.22392410.191641854426100
3.4909-3.60360.23012250.175142694494100
3.6036-3.73230.2212390.1742094448100
3.7323-3.88160.23182430.166642374480100
3.8816-4.05810.20422350.156142454480100
4.0581-4.27190.18732010.145642304431100
4.2719-4.53920.1962270.13742274454100
4.5392-4.88920.17762210.13864213443499
4.8892-5.38030.19682040.15534140434497
5.3803-6.15670.21832030.17894175437897
6.1567-7.74880.18332410.170942624503100
7.7488-41.79920.17041990.14014259445898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4351-2.121-1.11387.9439-2.91088.22010.37921.2709-0.0454-0.9137-0.19140.24720.1334-0.2114-0.15240.4353-0.0225-0.06810.5045-0.02990.25953.84-8.8417-32.826
23.83411.255-0.97485.5922-1.37932.84290.0010.2555-0.2532-0.28230.0697-0.22060.32540.0239-0.08190.25090.0297-0.04310.2765-0.04560.2147.7442-11.4152-21.0947
35.15984.3728-4.92185.2083-5.92197.31540.1250.53080.13730.53670.49320.3578-0.3194-0.8304-0.61790.31420.0445-0.06240.3523-0.00930.3522-2.8354-16.6499-4.8451
41.12910.0098-2.32032.3274-0.81917.1102-0.133-0.0268-0.34950.1592-0.05690.13620.69150.01820.16320.3646-0.02-0.07140.26910.02740.4352-0.4968-31.90999.3606
54.9833-0.9985-0.67355.6730.71175.8211-0.0832-0.3385-0.97380.957-0.03290.77360.9397-0.62360.09680.6087-0.03460.1160.33040.04810.559-7.5942-31.969826.7785
65.48872.3169-1.43922.183-1.30036.18080.2514-0.96480.07861.1034-0.43520.1945-0.3519-0.1723-0.06310.679-0.00240.03220.3839-0.00670.4281-2.6245-20.826631.2943
71.3420.1221-1.54331.4806-1.78941.74940.05910.2466-0.2231-0.0936-0.0123-0.17560.3701-0.17730.02820.3148-0.0229-0.08650.4264-0.14480.51317.0113-16.8271-16.8364
82.142-0.148-3.03683.65751.30915.24770.17371.64530.7116-0.8193-0.2736-0.208-0.3146-0.60820.00460.48190.14230.05290.84310.14490.47854.7238-5.7797-119.272
95.89651.3083-2.3083.9001-1.3564.53280.10350.34150.0798-0.22180.0983-0.16530.1043-0.158-0.2040.26410.0375-0.00450.381-0.04440.25158.0797-7.6265-107.247
106.56884.6624-5.79846.8264-5.52657.18790.2530.62710.19560.80330.39150.3904-0.5282-1.1156-0.68810.33820.0311-0.05210.5433-0.0460.3498-2.4833-12.2041-90.8283
114.1465-0.306-0.68474.044-0.83688.6156-0.18710.0884-0.64260.13130.14130.54371.3422-0.85260.17570.5018-0.0987-0.01390.4544-0.09450.5722-2.8319-29.0112-88.19
122.9453-0.0782-1.11146.4979-1.28347.17460.2848-0.5514-0.54341.6496-0.36970.41160.3521-0.22040.0550.7507-0.1793-0.00280.46330.02680.4606-1.4472-26.8696-76.7459
130.3414-0.00240.39762.2531-3.14165.4610.1513-0.6105-0.33442.4389-0.2461-0.52310.32290.52970.21741.5672-0.2751-0.04890.67850.06580.38943.5803-25.1651-68.2516
144.11060.3164-4.98820.0072-0.29995.9432-0.0057-1.5865-0.371.88240.21080.1205-0.2978-0.26140.27233.0529-0.53180.67021.27140.08270.177-7.2332-22.2084-55.5688
152.10120.93790.65082.8985-1.39881.18580.1261-0.0822-0.19190.5432-0.1262-0.2167-0.09840.13420.05640.35480.0115-0.01360.4018-0.03680.44785.8103-12.7969-95.1287
164.1413-1.80160.99614.0968-1.20324.6682-0.1191-0.4059-0.16640.60420.22270.7348-0.1703-0.5334-0.11580.42710.01410.19210.369-0.05990.4836-14.5150.370821.6594
171.4261-0.86810.51784.1294-4.67168.33340.09010.03980.15230.2455-0.05270.1373-0.4334-0.0714-0.03910.26330.01280.08120.2715-0.08150.4033-4.86319.8648.4603
181.5171-0.2648-1.91592.74790.42487.56990.16520.06380.5029-0.165-0.0421-0.1883-0.69880.0752-0.13640.29550.05630.04880.28770.02690.48565.57521.5306-13.8691
191.70470.4355-1.68551.99211.54935.16390.27550.54750.4349-0.7357-0.0955-0.5597-1.1008-0.2073-0.10140.62430.09660.23490.51060.12050.628312.534519.806-32.1212
200.06290.3322-0.09570.5753-0.49321.68420.05590.03370.10380.1785-0.0732-0.0004-0.3494-0.3296-0.06560.44020.10650.0370.4509-0.02470.4758-3.45167.6159.8143
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28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN E AND (RESSEQ 1471 : 1489 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN E AND (RESSEQ 1490 : 1568 )
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33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN E AND (RESSEQ 1825 : 1853 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN F AND (RESSEQ 1471 : 1523 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN F AND (RESSEQ 1524 : 1593 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN F AND (RESSEQ 1594 : 1627 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN F AND (RESSEQ 1628 : 1679 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN F AND (RESSEQ 1680 : 1751 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN F AND (RESSEQ 1752 : 1828 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN F AND (RESSEQ 1829 : 1853 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN G AND (RESSEQ 1470 : 1593 )
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN G AND (RESSEQ 1594 : 1627 )
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN G AND (RESSEQ 1628 : 1679 )
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN G AND (RESSEQ 1680 : 1730 )
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51X-RAY DIFFRACTION51CHAIN H AND (RESSEQ 1628 : 1808 )
52X-RAY DIFFRACTION52CHAIN H AND (RESSEQ 1809 : 1853 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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