[日本語] English
万見
- PDB-6j21: Crystal structure of the human NK1 substance P receptor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j21
タイトルCrystal structure of the human NK1 substance P receptor
要素Substance-P receptor,Endolysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Complex / Antagonist / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / positive regulation of flagellated sperm motility / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / detection of abiotic stimulus / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of lymphocyte proliferation ...substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / positive regulation of flagellated sperm motility / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / detection of abiotic stimulus / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of lymphocyte proliferation / operant conditioning / sperm head / response to ozone / sperm ejaculation / positive regulation of action potential / response to auditory stimulus / smooth muscle contraction involved in micturition / regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of hormone secretion / positive regulation of blood pressure / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of ossification / regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of leukocyte migration / eating behavior / positive regulation of epithelial cell migration / behavioral response to pain / associative learning / angiotensin-mediated drinking behavior / sperm flagellum / long-term memory / response to electrical stimulus / viral release from host cell by cytolysis / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / positive regulation of stress fiber assembly / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of epithelial cell proliferation / response to progesterone / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to nicotine / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lysozyme / response to estradiol / Clathrin-mediated endocytosis / lysozyme activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell body / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / response to ethanol / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / inflammatory response / dendrite / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GBQ / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Endolysin / Substance-P receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen, S. / Lu, M. / Zhang, H. / Wu, B. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC054 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Human substance P receptor binding mode of the antagonist drug aprepitant by NMR and crystallography.
著者: Chen, S. / Lu, M. / Liu, D. / Yang, L. / Yi, C. / Ma, L. / Zhang, H. / Liu, Q. / Frimurer, T.M. / Wang, M.W. / Schwartz, T.W. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Wuthrich, K. / Zhao, Q.
履歴
登録2018年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Substance-P receptor,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3203
ポリマ－50,4291
非ポリマー8912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20630 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)103.110, 103.110, 158.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質 Substance-P receptor,Endolysin / SPR / NK-1 receptor / NK-1R / Tachykinin receptor 1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 50428.781 Da / 分子数: 1 / 変異: E78N,Y121W,Q165A,T222R,C97A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Substance-P receptor NK1R (residues 2-226), mini-T4L (residues 1001-1010, 1017-1117), LINKER GGGSGG (residues 1011-1016), and NK1R (residues 237-335)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: TACR1, NK1R, TAC1R, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25103, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-GBQ / 5-[[(2~{R},3~{S})-2-[(1~{R})-1-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]ethoxy]-3-(4-fluorophenyl)morpholin-4-yl]methyl]-1,2-dihydro-1,2,4-triazol-3-one / アプレピタント


分子量: 534.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21F7N4O3 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1M MES, pH 6.0-6.6, 25-35% PEG 400, 200-350mM ammonium tartrate dibasic
PH範囲: 6.0-6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 13746 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 132.25 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.46 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 2038 / CC1/2: 0.77 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U15

4u15


解像度: 3.2→29.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.217 / SU Rfree Blow DPI: 0.394 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.398
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 647 4.71 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 13746 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 122.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2805 Å20 Å20 Å2
2---7.2805 Å20 Å2
3---14.5611 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3082 0 56 0 3138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.034424HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1010SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes46HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes481HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3229HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion439SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3605SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 123 4.25 %
Rwork0.24 2774 -
all0.242 2897 -
obs--97.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.1682 Å / Origin y: 138.876 Å / Origin z: 188.105 Å
111213212223313233
T-0.1467 Å2-0.0468 Å20.1356 Å2--0.4257 Å2-0.0143 Å2---0.4339 Å2
L1.454 °2-0.3404 °21.7043 °2-0.1835 °2-0.5571 °2--5.2346 °2
S-0.2091 Å °0.0858 Å °-0.1492 Å °-0.0484 Å °0.0684 Å °-0.0398 Å °0.7568 Å °0.5351 Å °0.1407 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る