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- PDB-6j20: Crystal structure of the human NK1 substance P receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j20
タイトルCrystal structure of the human NK1 substance P receptor
要素Substance-P receptor,Endolysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Complex / Antagonist / signalling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / operant conditioning ...substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / operant conditioning / positive regulation of lymphocyte proliferation / tachykinin receptor signaling pathway / response to ozone / sperm head / response to auditory stimulus / positive regulation of action potential / positive regulation of hormone secretion / smooth muscle contraction involved in micturition / regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of blood pressure / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of ossification / regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of leukocyte migration / eating behavior / behavioral response to pain / associative learning / angiotensin-mediated drinking behavior / sperm flagellum / positive regulation of epithelial cell migration / response to electrical stimulus / long-term memory / positive regulation of vasoconstriction / viral release from host cell by cytolysis / positive regulation of stress fiber assembly / sperm midpiece / peptidoglycan catabolic process / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to nicotine / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / response to estradiol / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell body / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / inflammatory response / dendrite / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily ...Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GBQ / Endolysin / Substance-P receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, S. / Lu, M. / Zhang, H. / Wu, B. / Zhao, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC054 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Human substance P receptor binding mode of the antagonist drug aprepitant by NMR and crystallography.
著者: Chen, S. / Lu, M. / Liu, D. / Yang, L. / Yi, C. / Ma, L. / Zhang, H. / Liu, Q. / Frimurer, T.M. / Wang, M.W. / Schwartz, T.W. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Wuthrich, K. / Zhao, Q.
履歴
登録2018年12月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Substance-P receptor,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0192
ポリマ－50,4851
非ポリマー5341
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area20800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.512, 102.512, 156.962
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Substance-P receptor,Endolysin / SPR / NK-1 receptor / NK-1R / Tachykinin receptor 1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 50484.844 Da / 分子数: 1 / 変異: E78N,Y121W,T222R,C97A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Substance-P receptor NK1R (residues 2-226), mini-T4L (residues 1001-1010, 1017-1117), LINKER GGGSGG (residues 1011-1016), and NK1R (residues 237-335)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: TACR1, NK1R, TAC1R, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25103, UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-GBQ / 5-[[(2~{R},3~{S})-2-[(1~{R})-1-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]ethoxy]-3-(4-fluorophenyl)morpholin-4-yl]methyl]-1,2-dihydro-1,2,4-triazol-3-one / アプレピタント


分子量: 534.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21F7N4O3 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM MES, pH 6.0-6.6, 25-35% PEG 400, 200-350mM ammonium tartrate dibasic
PH範囲: 6.0-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 26005 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 101.91 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 2240 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 60

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GRV, 4U15

4grv

4u15


解像度: 2.7→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.334 / SU Rfree Blow DPI: 0.253 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.257
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1201 5.08 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.234 23622 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 114.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.1286 Å20 Å20 Å2
2---9.1286 Å20 Å2
3---18.2572 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 37 0 3184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093277HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14490HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1041SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes481HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3277HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion442SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3746SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 126 4.54 %
Rwork0.209 2648 -
all0.21 2774 -
obs--98.68 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -86.8273 Å / Origin y: 55.3825 Å / Origin z: 343.906 Å
111213212223313233
T-0.4676 Å20.0604 Å2-0.0147 Å2--0.222 Å20.1099 Å2---0.4724 Å2
L0.0307 °20.4222 °20.5839 °2-1.4075 °21.7571 °2--4.8976 °2
S0.036 Å °0.0534 Å °0.0278 Å °-0.0904 Å °-0.1728 Å °-0.1261 Å °-0.5015 Å °0.7599 Å °0.1368 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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