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- PDB-6iu3: Crystal structure of iron transporter VIT1 with zinc ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iu3
タイトルCrystal structure of iron transporter VIT1 with zinc ions
要素VIT1
キーワードMETAL TRANSPORT / membrane protein
機能・相同性(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
機能・相同性情報
生物種Eucalyptus grandis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kato, T. / Nishizawa, T. / Yamashita, K. / Taniguchi, R. / Kumazaki, K. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of plant vacuolar iron transporter VIT1.
著者: Kato, T. / Kumazaki, K. / Wada, M. / Taniguchi, R. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Ishitani, R. / Ito, K. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5135
ポリマ－24,9601
非ポリマー5534
水00
1
A: VIT1
ヘテロ分子

A: VIT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,02610
ポリマ－49,9202
非ポリマー1,1068
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4310 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area22530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.900, 290.240, 45.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 VIT1


分子量: 24960.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eucalyptus grandis (植物) / プラスミド: modified pYES2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): modified BY4742
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 %
解説: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 24-26% PEG 500DME, 0.1 M HEPES pH7.0, 0.25-30 M ammonium sulfate, 0.0004 M zinc cloride, 0.2 M sodium fluoride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7001→48.375 Å / Num. obs: 16510 / % possible obs: 99.6154 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.782 % / Biso Wilson estimate: 74.36 Å2 / CC1/2: 0.9975 / Rmerge(I) obs: 0.1134 / Net I/σ(I): 14.5139 / Num. measured all: 115869
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs
5.8142-48.382799.101813.08660.0575129959930.996441.4791
4.616-5.814299.678113.9290.0689129409290.999332.112
4.0329-4.61697.837813.67180.106123739050.997926.4377
3.6643-4.032910012.17560.1496109589000.994515.0151
3.4017-3.664310011.82510.2436107499090.98739.2944
3.2012-3.401710011.27390.3875101248980.97515.6743
3.0409-3.201210012.42920.5424109758830.97313.9096
2.9086-3.040910012.83770.7088113108810.96373.0327
2.7966-2.908699.665613.10180.9458117138940.93132.2529
2.7001-2.796610013.43871.3778117328730.89771.6334

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.373 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.13 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 1643 9.95 %
Rwork0.2768 14867 -
obs0.2796 16510 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 425.4 Å2 / Biso mean: 114.0346 Å2 / Biso min: 43.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1531 0 25 0 1556
Biso mean--141.48 --
残基数----224
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.77950.41731310.32471210134199
2.7795-2.86920.3831400.34141247138799
2.8692-2.97170.38911330.33621220135399
2.9717-3.09070.45321330.327512791412100
3.0907-3.23130.38971330.33551219135299
3.2313-3.40160.36931380.326312451383100
3.4016-3.61470.33661440.342312481392100
3.6147-3.89370.37671370.302412471384100
3.8937-4.28530.37411410.26812481389100
4.2853-4.90490.23771330.24361196132997
4.9049-6.17760.31291420.292712531395100
6.1776-48.38110.21281380.220512551393100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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