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万見
- PDB-6iqj: crystal structure of Arabidopsis thaliana Profilin 2 complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iqj
タイトルcrystal structure of Arabidopsis thaliana Profilin 2 complex with formin1
要素
  • Formin-like protein 1
  • Profilin-2
キーワードPLANT PROTEIN / actin binding / regulate actin network
機能・相同性
機能・相同性情報


inflorescence development / lateral root development / actin nucleation / leaf development / actin polymerization or depolymerization / barbed-end actin filament capping / chloroplast / defense response / actin filament binding / actin binding ...inflorescence development / lateral root development / actin nucleation / leaf development / actin polymerization or depolymerization / barbed-end actin filament capping / chloroplast / defense response / actin filament binding / actin binding / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Formin-like family, plant / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin ...Formin-like family, plant / Formin, FH2 domain / Formin, FH2 domain superfamily / Formin Homology 2 Domain / Formin homology-2 (FH2) domain profile. / Formin Homology 2 Domain / Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Profilin-2 / Formin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.922 Å
データ登録者Qiao, Z. / Gao, Y.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
シンガポール
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural and computational examination of theArabidopsisprofilin-Poly-P complex reveals mechanistic details in profilin-regulated actin assembly.
著者: Qiao, Z. / Sun, H. / Ng, J.T.Y. / Ma, Q. / Koh, S.H. / Mu, Y. / Miao, Y. / Gao, Y.G.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Profilin 3 dynamictly regulate fomrin binding by its N terminal tail
著者: Qiao, Z. / Gao, Y.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Profilin-2
A: Profilin-2
C: Formin-like protein 1
D: Formin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7394
ポリマ－30,7394
非ポリマー00
水4,288238
1
B: Profilin-2
D: Formin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3692
ポリマ－15,3692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6600 Å2
手法PISA
2
A: Profilin-2
C: Formin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3692
ポリマ－15,3692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.523, 65.156, 73.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Profilin-2 / PRF2


分子量: 14010.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PFN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42418
#2: タンパク質・ペプチド Formin-like protein 1 / AtFORMIN-8


分子量: 1358.646 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 524-536 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q9SE97
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M Bis-tris (pH 7.0), 2.0M ammonium phosphate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→40.414 Å / Num. obs: 18928 / % possible obs: 97.37 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.923→1.991 Å / Num. unique obs: 759 / CC1/2: 0.793

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NUL

3nul


解像度: 1.922→40.414 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 929 4.91 %
Rwork0.1834 --
obs0.1851 18916 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.922→40.414 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 0 238 2352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032173
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5812956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8551285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044315
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005393
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9218-2.02310.31771050.22372252X-RAY DIFFRACTION87
2.0231-2.14990.21891420.20452502X-RAY DIFFRACTION97
2.1499-2.31590.21811240.18512582X-RAY DIFFRACTION99
2.3159-2.54890.23651410.19162611X-RAY DIFFRACTION100
2.5489-2.91760.24891190.18342645X-RAY DIFFRACTION100
2.9176-3.67550.18231410.16732633X-RAY DIFFRACTION98
3.6755-40.42310.20311570.17312762X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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