PDB-5em0: Crystal structure of mugwort allergen Art v 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5em0

タイトル

Crystal structure of mugwort allergen Art v 4

要素

Pollen allergen Art v 4.01

キーワード

ALLERGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptide binding / actin binding / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Artemisia vulgaris (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / Perdue, M.L. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural, Functional, and Immunological Characterization of Profilin Panallergens Amb a 8, Art v 4, and Bet v 2.
著者: Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Perdue, M.L. / Majorek, K.A. / He, J.Z. / Booth, W.T. / Garrett, J. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2015年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5em0.cif.gz	71.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5em0.ent.gz	50.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5em0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5em0_validation.pdf.gz	429.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5em0_full_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示
XML形式データ	5em0_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	5em0_validation.cif.gz	14.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/5em0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/5em0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5em1C 5ev0C 5eveC 1cqaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3noh-d 3s0d-d 2qgv-9 6iqj-1 4n0p-8 3s0g-2 5oc7-2 3vg3-d 2oc6-2 1p28-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Pollen allergen Art v 4.01

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.107, 59.180, 32.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-477- HOH
2	1	A-479- HOH

#1: タンパク質	Pollen allergen Art v 4.01 / Profilin-1 分子量: 14365.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artemisia vulgaris (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H2C9
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 8.5, 1.3 M Sodium Citrate / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→50 Å / Num. all: 44768 / Num. obs: 44768 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 36.78
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.724 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CQA

1cqa

解像度: 1.1→26.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.251 / SU ML: 0.028 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1902	2276	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1654	-	-	-
obs	0.1667	42383	96.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.07 Å² / B_iso mean: 17.37 Å² / B_iso min: 9.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.2 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.1→26.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	16	213	1230
B_iso mean	-	-	28.41	30.46	-
残基数	-	-	-	-	134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.064	1.978	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3.002	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.743	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.884	25.814	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.48	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	40.689	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.129 Å /

	反射数	%反射
R_free	167	-
R_work	2886	-
obs	-	89.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4242	-0.8841	-0.1079	3.2871	0.4551	0.0645	-0.0491	-0.0212	-0.0013	0.149	0.0416	0.0431	0.0192	0.0087	0.0076	0.0366	0.0064	0.0004	0.0495	0.0018	0.005	11.5547	-6.6108	10.026
2	0.5712	-0.0759	-0.2634	2.5264	1.2016	1.7344	-0.0043	-0.0222	0.0082	0.1136	0.0134	0.0101	-0.0039	-0.0718	-0.0091	0.0256	0.0085	0.0045	0.0632	0.002	0.001	2.9762	5.7764	12.8556
3	0.8153	-0.4369	-0.0267	0.3861	-0.0115	0.106	0.0002	0.0196	-0.0304	0.0023	0.0022	0.0043	-0.0066	-0.0004	-0.0024	0.0203	-0.0002	0.0005	0.0469	0.0004	0.0174	10.933	-3.2738	0.6333
4	0.2091	0.217	0.0277	0.356	0.2702	0.5765	0.0052	0.0278	-0.0388	-0.0207	0.0122	-0.0515	-0.0026	0.0214	-0.0174	0.0297	0.0042	0.007	0.0563	-0.0074	0.0147	18.2741	1.2982	-8.7437
5	0.5029	-0.1311	0.1955	0.5446	0.0373	0.0929	-0.0038	0.0447	0.0022	-0.049	0.0065	-0.0107	-0.0145	0.0142	-0.0027	0.0358	-0.002	0.0036	0.0498	0.0049	0.0077	14.6746	10.1772	-9.6465
6	1.297	-0.0511	0.3715	0.4139	0.1176	0.2448	-0.0063	-0.0071	-0.0123	0.0251	0.009	-0.0245	-0.0448	-0.0107	-0.0026	0.031	-0.0035	-0.0069	0.047	0.0076	0.0172	16.8107	12.2593	-0.7194
7	0.523	-0.1512	0.0758	0.0444	-0.0162	0.2155	-0.0208	-0.015	0.029	0.0069	0.01	-0.0085	-0.0183	0.0174	0.0108	0.0241	0.0001	-0.0028	0.0457	0.0021	0.0181	14.5429	4.8369	6.0328

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	43 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	59 - 77
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	78 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	90 - 133

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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