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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5eve | ||||||
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Title | Crystal structure of Amb a 8 in complex with poly-Pro10 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ALLERGEN | ||||||
Function / homology | ![]() sequestering of actin monomers / actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Garrett, J. / Chruszcz, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural, Functional, and Immunological Characterization of Profilin Panallergens Amb a 8, Art v 4, and Bet v 2. Authors: Offermann, L.R. / Schlachter, C.R. / Perdue, M.L. / Majorek, K.A. / He, J.Z. / Booth, W.T. / Garrett, J. / Kowal, K. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 68.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 48.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 417 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5em0SC ![]() 5em1C ![]() 5ev0C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14126.067 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Plasmid: pJExpress411 / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein/peptide | Mass: 989.163 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 1 M Sodium Citrate, pH 6.5, 100 mM sodium cacodylate PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.55→50 Å / Num. all: 3959 / Num. obs: 3959 / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.875 / Net I/av σ(I): 23.333 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 13348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5EM0 Resolution: 2.55→41.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2128 / WRfactor Rwork: 0.1878 / FOM work R set: 0.7858 / SU B: 30.298 / SU ML: 0.27 / SU R Cruickshank DPI: 0.2849 / SU Rfree: 0.3283 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.328 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 129.37 Å2 / Biso mean: 59.397 Å2 / Biso min: 35.98 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.55→41.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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