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- PDB-6iqk: crystal structure of Arabidopsis thaliana Profilin 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iqk
タイトルcrystal structure of Arabidopsis thaliana Profilin 3
要素
  • AtPRF3
  • Profilin-5
キーワードPLANT PROTEIN / actin binding / regulate actin network
機能・相同性
機能・相同性情報


actin monomer binding / defense response / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Qiao, Z. / Gao, Y.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural and computational examination of theArabidopsisprofilin-Poly-P complex reveals mechanistic details in profilin-regulated actin assembly.
著者: Qiao, Z. / Sun, H. / Ng, J.T.Y. / Ma, Q. / Koh, S.H. / Mu, Y. / Miao, Y. / Gao, Y.G.
履歴
登録2018年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Profilin-5
B: Profilin-5
C: Profilin-5
D: Profilin-5
E: Profilin-5
F: Profilin-5
I: Profilin-5
J: Profilin-5
G: Profilin-5
H: Profilin-5
K: AtPRF3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,06611
ポリマ－172,06611
非ポリマー00
水00
1
A: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
I: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
J: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
G: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
H: Profilin-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9581
ポリマ－14,9581
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
K: AtPRF3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4861
ポリマ－22,4861
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.900, 153.370, 196.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Profilin-5


分子量: 14958.007 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PRO5, PRF3, At5g56600, MIK19.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FE63
#2: タンパク質 AtPRF3


分子量: 22485.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
配列の詳細Authors state that more than 10 copies present in the ASU because the resolution is low, only 3.6. ...Authors state that more than 10 copies present in the ASU because the resolution is low, only 3.6. The K chain consisted of unidentified residues which present in the Fo-Fc map. They were difficult to be modelled as target protein because of the low resolution. Therefore, the residue numbers are meaningless for the K chain.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1M Tris HCl (pH 7.8), 0.9M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.24 Å / Num. obs: 48279 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 115.08 Å2 / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 3.6→3.729 Å / Num. unique obs: 48279 / CC1/2: 0.275

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→49.24 Å / SU ML: 0.5867 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.0637
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3465 4822 10 %
Rwork0.309 --
obs0.3128 48230 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 123.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11558 0 0 0 11558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.549415916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04071866
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00352088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.28856948
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.640.45651570.44991416X-RAY DIFFRACTION99.75
3.64-3.680.47621600.41141437X-RAY DIFFRACTION99.87
3.68-3.730.38921600.38711433X-RAY DIFFRACTION99.75
3.73-3.780.32471560.37091412X-RAY DIFFRACTION99.87
3.78-3.830.41861570.37811415X-RAY DIFFRACTION100
3.83-3.880.32441600.35211438X-RAY DIFFRACTION99.81
3.88-3.930.37231590.36871437X-RAY DIFFRACTION99.56
3.93-3.990.3521580.33071424X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.050.36171590.31891428X-RAY DIFFRACTION99.62
4.05-4.120.35031590.30421427X-RAY DIFFRACTION99.87
4.12-4.190.32681610.30451447X-RAY DIFFRACTION99.88
4.19-4.270.36971580.32411422X-RAY DIFFRACTION100
4.27-4.350.3591590.30921431X-RAY DIFFRACTION99.87
4.35-4.440.32811580.29971429X-RAY DIFFRACTION100
4.44-4.540.35561620.31111455X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.640.2751590.30031428X-RAY DIFFRACTION99.81
4.64-4.760.33521570.30021415X-RAY DIFFRACTION99.94
4.76-4.880.34071640.30151473X-RAY DIFFRACTION100
4.88-5.030.38661590.32391436X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.190.35111590.32261441X-RAY DIFFRACTION99.94
5.19-5.380.36091600.31061439X-RAY DIFFRACTION99.94
5.38-5.590.37641620.29741456X-RAY DIFFRACTION100
5.59-5.850.3361620.29861453X-RAY DIFFRACTION100
5.85-6.150.37971630.30741467X-RAY DIFFRACTION100
6.15-6.540.36891600.31091440X-RAY DIFFRACTION99.88
6.54-7.040.40071650.29141483X-RAY DIFFRACTION100
7.04-7.750.30651630.28451469X-RAY DIFFRACTION100
7.75-8.860.32261660.24671496X-RAY DIFFRACTION100
8.86-11.140.3071660.25491493X-RAY DIFFRACTION99.64
11.14-49.240.32111740.33171568X-RAY DIFFRACTION98.92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.0444146369 Å / Origin y: 41.7104655935 Å / Origin z: -44.2406648976 Å
111213212223313233
T0.698703648828 Å20.00896440696883 Å2-0.054764204691 Å2-0.688819741083 Å2-0.0635668074947 Å2--0.646033475811 Å2
L0.08933399709 °20.0924606651324 °2-0.0566836463306 °2-0.238612418982 °2-0.131179919336 °2--0.224348287097 °2
S-0.0318834879131 Å °0.0676675173102 Å °0.0374148229726 Å °-0.00722634833439 Å °0.0335590624313 Å °0.00730855320645 Å °-0.015311239481 Å °-0.0608524473367 Å °0.033984790287 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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