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- PDB-1iul: The structure of cell-free ID.343 from Thermus thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iul
タイトルThe structure of cell-free ID.343 from Thermus thermophilus
要素hypothetical protein TT1466
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / CoA-binding domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wada, T. / Shirouzu, M. / Park, S.-Y. / Tame, J.R. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of a conserved CoA-binding protein synthesized by a cell-free system.
著者: Wada, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Ishizuka, Y. / Matsuda, T. / Kigawa, T. / Kuramitsu, S. / Park, S.Y. / Tame, J.R. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TT1466


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8891
ポリマ－15,8891
非ポリマー00
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.098, 64.890, 34.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.48, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TT1466


分子量: 15889.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
解説: CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS SYSTEM / プラスミド: pET11b / 参照: UniProt: Q8GHJ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化詳細: SODIUM ACETATE, AMMONIUM SULFATE, PEG MME 2000
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 4.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19.2 mg/mlprotein1drop
250 mMsodium acetate1reservoirpH4.9
3100 mMammonium sulfate1reservoir
415 %PEG2000 MME1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9747, 0.9800, 0.9804, 0.9824
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月13日 / 詳細: SI 111
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97471
20.981
30.98041
40.98241
反射解像度: 2→13 Å / Num. obs: 8037 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.097 / % possible all: 91.5
反射
*PLUS
最低解像度: 13 Å / Num. measured all: 31394
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
X-PLOR3.851精密化
HKL-2000データ削減
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→13 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 428 5.3 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.199 8008 98.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1074 0 0 121 1195
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.321.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.362
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.692
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.612.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 61 4.9 %
Rwork0.287 1178 -
obs--92.2 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 13 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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