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- PDB-4wj7: CCM2 PTB domain in complex with KRIT1 NPxY/F3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wj7
タイトルCCM2 PTB domain in complex with KRIT1 NPxY/F3
要素
  • KRIT1 NPxY/F3
  • Malcavernin
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / PTB domain / NPxY motif
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / inner ear development / regulation of angiogenesis / vasculogenesis ...endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / inner ear development / regulation of angiogenesis / vasculogenesis / stress-activated MAPK cascade / integrin-mediated signaling pathway / multicellular organism growth / heart development / in utero embryonic development / protein-containing complex / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cerebral cavernous malformations 2 / Cerebral cavernous malformations 2, harmonin-homology domain / Cerebral cavernous malformation protein, harmonin-homology / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / PTB/PI domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cerebral cavernous malformations 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.753 Å
データ登録者Fisher, O.S. / Liu, W. / Zhang, R. / Stiegler, A.L. / Boggon, T.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS085078 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Disruption of the Cerebral Cavernous Malformations 2 (CCM2) Interaction with Krev Interaction Trapped 1 (KRIT1) by Disease-associated Mutations.
著者: Fisher, O.S. / Liu, W. / Zhang, R. / Stiegler, A.L. / Ghedia, S. / Weber, J.L. / Boggon, T.J.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.pdbx_ordinal / _struct_keywords.text
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Malcavernin
B: Malcavernin
C: Malcavernin
D: Malcavernin
W: KRIT1 NPxY/F3
X: KRIT1 NPxY/F3
Y: KRIT1 NPxY/F3
Z: KRIT1 NPxY/F3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7798
ポリマ－83,7798
非ポリマー00
水18010
1
A: Malcavernin
W: KRIT1 NPxY/F3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9452
ポリマ－20,9452
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area7880 Å2
手法PISA
2
B: Malcavernin
X: KRIT1 NPxY/F3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9452
ポリマ－20,9452
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
3
C: Malcavernin
Y: KRIT1 NPxY/F3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9452
ポリマ－20,9452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7710 Å2
手法PISA
4
D: Malcavernin
Z: KRIT1 NPxY/F3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9452
ポリマ－20,9452
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.938, 110.938, 315.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質
Malcavernin / Cerebral cavernous malformations 2 protein


分子量: 19523.039 Da / 分子数: 4 / 断片: PTB domain (UNP residues 51-228) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCM2, C7orf22, PP10187 / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9BSQ5
#2: タンパク質・ペプチド
KRIT1 NPxY/F3


分子量: 1421.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 30768 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 93.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 19 % / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble search model of PDB IDs: 4JIF, 3SO6, 3G9W, 3HQC, 3DXE, 2EJ8, 2V76, 1J0W, 1WVH, 2CY4, 2DYQ, 1QQG, 1X11, and 1AQC

4jif

3so6

3g9w

3hqc

3dxe

2ej8

2v76

1j0w

1wvh

2cy4

2dyq

1qqg

1x11

1aqc


解像度: 2.753→29.669 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 1809 6.51 %Random
Rwork0.2198 25967 --
obs0.2218 27776 90.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 244.97 Å2 / Biso mean: 102.7045 Å2 / Biso min: 45.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.753→29.669 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4418 0 0 10 4428
Biso mean---69.16 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8686110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046731
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6921617
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.753-2.82690.44511060.36061424153066
2.8269-2.91010.35661010.34731552165371
2.9101-3.00390.36881110.34711651176277
3.0039-3.11120.37041210.31591729185081
3.1112-3.23560.31851440.28121983212792
3.2356-3.38260.27181460.25012083222996
3.3826-3.56070.25281520.22792171232399
3.5607-3.78340.25031480.22052156230499
3.7834-4.07480.2511500.20512132228296
4.0748-4.48360.20471500.16612166231698
4.4836-5.12950.181520.16132224237699
5.1295-6.45170.25911590.23122772436100
6.4517-29.67090.24011690.21582419258899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.09231.25062.75336.02550.30943.75380.4224-0.0169-0.2614-0.32630.1301-0.037-0.06970.2918-0.41610.62090.09280.09080.8026-0.09510.443831.625663.1281178.856
24.7571.35761.6338.69121.9376.47470.0852-0.80430.6590.4704-0.1899-0.338-1.05490.49150.14250.8506-0.04680.06170.7624-0.17090.555932.459375.3627190.798
39.16012.52842.00187.57334.20016.81460.62340.61.26060.0678-0.4233-0.894-1.4742-0.04480.13541.1511-0.00280.20960.87160.06990.62230.143373.5944172.9655
47.95272.16290.49493.26742.85696.947-0.97813.07970.9231-2.27260.5612-0.0075-0.6339-0.6319-0.21680.9416-0.05930.21261.1611-0.20180.429935.039867.9983169.4008
53.86660.773-0.53544.9123-1.99435.8703-0.0812-0.4666-0.00420.1461-0.04580.1397-0.29220.29390.01630.4957-0.0140.05330.7319-0.21490.367931.093465.0053182.0305
67.57080.118-0.84814.97030.17865.5788-0.2141-0.4395-0.4018-0.132-0.0473-0.12160.3139-0.37530.290.5542-0.03960.1060.7437-0.1150.392129.374560.6244180.1096
76.59833.40271.54558.88484.61013.27070.07820.853-0.1189-1.3322-0.3692-0.2747-0.2424-0.5340.02360.80020.14740.11910.93160.0740.430148.158758.8475147.0628
85.52520.0146-2.41658.15520.78677.84720.1972-0.61580.59120.2521-0.00020.2172-0.9449-0.0868-0.05790.5328-0.08440.14880.7827-0.02540.488748.796163.1208160.1507
95.6688-1.46562.23052.9427-2.33191.9595-0.69312.34780.5368-0.7372-0.0540.9945-2.5814-1.03810.77471.49540.0720.03781.23110.14020.615750.39164.7634143.0079
106.4065-1.4417-1.62334.9080.68455.65510.1966-0.17020.043-0.1403-0.31650.00490.00880.2620.17140.488-0.01880.13670.7986-0.03330.378450.373854.7718154.6196
114.98910.11261.82122.1803-1.35376.2797-0.28930.52990.2764-0.76660.2586-0.1442-0.57740.39270.24390.82620.0217-0.03840.91220.12650.665316.08274.0318147.5862
120.685-0.1020.45231.2874-0.05890.4980.2393-0.6477-0.83610.57970.27540.9394-0.5784-1.3846-0.62021.0056-0.164-0.08931.0916-0.00150.7185.620761.3654160.3661
132.8938-1.53221.66119.5506-1.69066.48350.44830.295-0.1972-1.1615-0.6865-0.00590.1390.70990.00370.67420.0745-0.04290.90890.01240.494416.465260.4304149.216
146.9407-3.3085-1.92965.18240.830.5337-0.34690.5064-0.1704-0.6662-0.56220.1092-1.693-1.18681.04121.29090.2449-0.10780.7430.10180.589110.187177.877146.6882
156.0364-6.4963-5.89477.01076.32035.75091.96452.69490.3009-2.0857-0.5175-0.8196-1.46840.00190.68371.5421-0.0105-0.01951.50910.40710.990517.202674.8149136.1138
167.28550.52120.09424.8657-3.13755.36630.4961-0.15060.5740.2275-0.4159-0.012-0.9067-0.3351-0.07610.68870.1245-0.12930.7173-0.08120.5879.973571.7336153.4695
172.32813.0966-1.62539.10040.53168.05040.3453-0.3759-0.45310.0722-0.2543-0.1243-0.3054-0.28450.21650.68970.1315-0.0360.67390.0790.397412.221164.5958155.4741
188.2997-5.80131.2546.833-0.40617.3169-0.0018-0.05361.3340.612-0.1592-1.2099-1.73740.0927-0.0310.9204-0.1264-0.04640.5661-0.0260.622216.42174.4726157.0206
192.1032-1.10310.05285.25393.0646.0025-1.0928-1.8016-0.97590.30230.967-0.2880.40230.40810.1041.6030.5532-0.07511.21720.18811.154526.676150.7119132.3023
206.7392-2.2501-4.99983.63210.0989.3771-0.18430.7109-0.70960.896-0.10221.85260.5839-1.80770.19571.67660.1139-0.061.16220.16141.029110.908753.6001124.0002
213.0954-3.09520.39354.45372.64726.588-0.109-1.5214-0.01971.36850.07590.7944-0.4502-1.6699-0.75331.62930.18220.16681.22290.05140.887119.752562.7836132.4585
226.8825-0.4134-3.21753.84690.57354.1952-0.6181-1.8733-0.6527-0.3330.3-0.03131.52072.1340.04452.26030.5874-0.29681.870.29321.431129.109348.4859137.3298
234.6287-0.96090.00927.8374-2.15074.38740.3802-0.1366-0.8092-0.0291-0.1809-0.15681.71750.6691-0.32861.79870.49450.02441.05280.10741.083322.854446.5772126.4942
249.7468-2.72222.05262.44520.46167.74791.09951.9741-0.5115-0.2182-1.10640.1084-0.2913-0.3385-0.07880.6211-0.0170.14950.53180.00480.403929.4255.02185.4908
255.1171-6.0408-4.53248.15595.05634.36730.07820.9435-0.8001-0.0256-0.30430.25050.3435-0.29650.0620.5650.09690.08370.72190.18060.429654.46347.7003158.3362
266.57222.27293.11645.27781.79089.1420.8939-0.20872.1657-0.0224-1.196-0.5119-1.97950.52490.73971.0505-0.19990.16230.98450.01040.48339.544972.603163.5324
272.19772.7342-0.26847.6641-1.01795.53710.16460.2005-3.87210.1037-1.7821-1.68691.60730.97450.40521.98630.0718-0.1110.905-0.15271.485718.313139.4499121.1728
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 55 through 84 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 106 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 115 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 116 through 129 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 130 through 157 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 158 through 221 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 60 through 73 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 74 through 118 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 119 through 129 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 130 through 221 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 61 through 73 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 74 through 84 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 85 through 115 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 116 through 124 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 125 through 129 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 130 through 146 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 147 through 193 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 194 through 220 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 63 through 73 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 74 through 97 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 98 through 106 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 107 through 129 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 130 through 217 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'W' and (resid 244 through 254 )W0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'X' and (resid 244 through 255 )X0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'Y' and (resid 244 through 254 )Y0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'Z' and (resid 244 through 254 )Z0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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