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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wj7 | ||||||
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Title | CCM2 PTB domain in complex with KRIT1 NPxY/F3 | ||||||
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![]() | PROTEIN BINDING / Complex / PTB domain / NPxY motif | ||||||
Function / homology | ![]() endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / inner ear development / vasculogenesis / regulation of angiogenesis ...endothelial cell development / venous blood vessel morphogenesis / blood vessel endothelial cell differentiation / pericardium development / endothelium development / endothelial tube morphogenesis / cell-cell junction organization / inner ear development / vasculogenesis / regulation of angiogenesis / stress-activated MAPK cascade / integrin-mediated signaling pathway / multicellular organism growth / heart development / in utero embryonic development / protein-containing complex / mitochondrion / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fisher, O.S. / Liu, W. / Zhang, R. / Stiegler, A.L. / Boggon, T.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Disruption of the Cerebral Cavernous Malformations 2 (CCM2) Interaction with Krev Interaction Trapped 1 (KRIT1) by Disease-associated Mutations. Authors: Fisher, O.S. / Liu, W. / Zhang, R. / Stiegler, A.L. / Ghedia, S. / Weber, J.L. / Boggon, T.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 199.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 496.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1aqcS ![]() 1j0wS ![]() 1qqgS ![]() 1wvhS ![]() 1x11S ![]() 2cy4S ![]() 2dyqS ![]() 2ej8S ![]() 2v76S ![]() 3dxeS ![]() 3g9wS ![]() 3hqcS ![]() 3so6S ![]() 4jifS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 19523.039 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: PTB domain (UNP residues 51-228) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 1421.660 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 20% (w/v) PEG 6000, 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Apr 15, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→30 Å / Num. obs: 30768 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 93.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 23 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.85 Å / Redundancy: 19 % / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Ensemble search model of PDB IDs: 4JIF, 3SO6, 3G9W, 3HQC, 3DXE, 2EJ8, 2V76, 1J0W, 1WVH, 2CY4, 2DYQ, 1QQG, 1X11, and 1AQC Resolution: 2.753→29.669 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 28.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 244.97 Å2 / Biso mean: 102.7045 Å2 / Biso min: 45.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.753→29.669 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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