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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ipo | ||||||
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タイトル | Ferritin mutant C90A/C102A/C130A/D144C | ||||||
要素 | Ferritin heavy chain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Ferritin / Disulfide bond / 48-mer nanocage | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / autolysosome / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.998 Å | ||||||
データ登録者 | Zang, J. / Chen, H. / Zhang, X. / Zhao, G. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Disulfide-mediated conversion of 8-mer bowl-like protein architecture into three different nanocages. 著者: Zang, J. / Chen, H. / Zhang, X. / Zhang, C. / Guo, J. / Du, M. / Zhao, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ipo.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ipo.ent.gz | 58.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ipo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ipo_validation.pdf.gz | 439.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ipo_full_validation.pdf.gz | 442.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ipo_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ipo_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/6ipo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/6ipo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20345.584 Da / 分子数: 2 / 変異: C90A/C102A/C130A/D144C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.49 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: magnesium chloride, PEG 400, TRIS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9779 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.699→48.05 Å / Num. obs: 11867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1914 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.796→2.998 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2FHA 解像度: 2.998→48.05 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.998→48.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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