PDB-5gn8: Structure of a 48-mer protein nanocage fabricated from its 24-mer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gn8

タイトル

Structure of a 48-mer protein nanocage fabricated from its 24-mer analogue by subunit interface redesign

要素

(Ferritin heavy chain) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ferritin / nanocage / subunit interface redesign

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferritin complex / Scavenging by Class A Receptors / negative regulation of ferroptosis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / autolysosome / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.805 Å

データ登録者

Zhang, S. / Zang, J. / Zhao, G. / Mikami, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Nano / 年: 2016
タイトル: "Silent" Amino Acid Residues at Key Subunit Interfaces Regulate the Geometry of Protein Nanocages
著者: Zhang, S. / Zang, J. / Zhang, X. / Chen, H. / Mikami, B. / Zhao, G.

履歴

登録	2016年7月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gn8.cif.gz	141.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gn8.ent.gz	114.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gn8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gn8_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gn8_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	5gn8_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	5gn8_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fhaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ipp-1 6ipo-1 10097 2vtu-1 5cw0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (14) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

37.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferritin heavy chain

B: Ferritin heavy chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
905 kDa, 48 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_656	-x+1,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_566	x,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_566	z,-x+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	7_665	-z+1,-x+1,y	1
crystal symmetry operation	8_656	-z+1,x,-y+1	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_656	-y+1,z,-x+1	1
crystal symmetry operation	11_566	y,-z+1,-x+1	1
crystal symmetry operation	12_665	-y+1,-z+1,x	1
crystal symmetry operation	13_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	14_666	-y+1,-x+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	15_565	y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	16_655	-y+1,x,z	1
crystal symmetry operation	17_556	x,z,-y+1	1
crystal symmetry operation	18_655	-x+1,z,y	1
crystal symmetry operation	19_666	-x+1,-z+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	20_565	x,-z+1,y	1
crystal symmetry operation	21_556	z,y,-x+1	1
crystal symmetry operation	22_565	z,-y+1,x	1
crystal symmetry operation	23_655	-z+1,y,x	1
crystal symmetry operation	24_666	-z+1,-y+1,-x+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	236.120, 236.120, 236.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- HOH

#1: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 20453.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#2: タンパク質	Ferritin heavy chain / Ferritin H subunit / Cell proliferation-inducing gene 15 protein 分子量: 17171.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.25 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M imidazol-HCl at pH 7.5, 10% reagent alcohol (15%) and 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 13673 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.2 % / Net I/σ(I): 19.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FHA

1fha

解像度: 2.805→41.741 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.65

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2512	725	5.04 %
R_work	0.2134	-	-
obs	0.2153	13659	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.805→41.741 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2521	0	2	2	2525

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2576
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895	3471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.608	967
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	457

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8054-3.0219	0.4151	152	0.331	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0219-3.3259	0.329	151	0.2822	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3259-3.8069	0.2836	119	0.2412	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8069-4.7952	0.2187	157	0.1901	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7952-41.7451	0.2205	146	0.1861	2923	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7026	0.201	-0.0743	0.6639	-1.4785	2.7942	-0.2097	0.107	-0.5345	-0.4236	0.3489	0.433	0.954	0.0795	0.0004	0.8019	-0.0541	-0.1612	0.8913	-0.1126	0.9108	53.8804	97.6292	86.5868
2	0.5882	1.2596	0.1313	1.1495	0.4018	2.2844	-0.047	-0.3466	-0.1939	-0.1759	0.473	-0.3483	0.2496	0.2609	-0.0002	0.6079	-0.0047	-0.176	0.9357	-0.0554	0.8271	57.5454	105.838	93.5085
3	-0.1986	-0.1987	-0.0732	0.0592	-0.0124	-0.133	-0.4799	1.0031	0.052	-0.3471	-0.3162	-0.858	0.5796	-0.1123	0.0008	1.1147	0.0739	-0.093	0.9533	0.0447	0.9748	59.0557	93.8782	77.6723
4	2.081	2.0197	0.4257	1.0523	-0.6996	3.128	0.0589	0.3204	-0.1428	-0.6532	-0.1149	0.1811	0.5183	-0.2163	-0.0001	0.7758	-0.1034	-0.1874	1.0347	0.0114	0.9267	46.8459	98.5969	93.6131
5	0.0595	0.0443	0.0377	0.0131	0.012	0.0597	1.1751	-0.8494	0.1386	-0.1558	0.8659	-0.3199	0.3561	-0.9519	-0.0001	2.7559	-0.1806	0.0662	2.7427	0.0515	1.8921	65.8285	80.3946	91.9861
6	1.1399	0.551	1.647	2.935	-3.5141	5.284	-0.0346	0.9293	-0.9736	0.1698	-0.7255	0.3334	0.8395	-0.1433	0.0031	0.5402	-0.0939	-0.1492	0.9308	-0.1039	1.1462	50.0864	99.5447	104.684
7	0.1418	0.2562	-0.1014	0.1599	-0.0479	0.3931	0.6493	0.7459	0.3679	-0.7598	-0.4371	0.6335	0.0145	0.4209	0.0007	0.4754	-0.0143	-0.0538	0.9891	0.0256	0.8918	49.0312	114.7614	110.1741
8	1.5385	0.94	0.2464	1.1313	-0.4453	2.0385	-0.0684	0.1213	-0.0993	-0.4199	-0.0397	0.4909	0.1119	-0.0295	0.0008	0.6425	0.0349	-0.219	0.9639	0.0176	0.7131	54.613	116.5871	80.5188
9	0.464	-0.0818	1.0349	2.2987	-0.805	1.1325	-0.2355	-0.1469	0.2151	-0.4825	0.2944	-0.7786	0.1601	0.1552	-0.0008	0.7217	0.0343	-0.0974	0.9335	-0.0413	0.9495	65.2256	110.7284	82.727
10	1.1785	1.2897	-0.2313	1.5619	-1.6876	3.303	0.033	0.7282	-0.0666	-0.7959	-0.0137	0.2326	0.1655	-0.0374	0.0002	0.8193	0.0433	-0.1916	1.1775	-0.0585	0.7396	58.8116	114.1776	72.4701
11	1.0768	1.4871	-0.7478	1.4151	-1.3435	1.0982	-0.134	-0.474	0.0431	0.079	-0.0935	-0.427	-0.4139	0.1511	-0.0006	0.8438	0.0573	-0.1451	1.0907	-0.0568	0.9217	63.7473	127.7781	80.1499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 75 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 76 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 121 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 122 through 126 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 127 through 157 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 158 through 171 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 4 through 42 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 76 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 77 through 123 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 146 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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