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- PDB-4eld: Crystal Structure of an Activated Variant of Small Heat Shock Pro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4eld | ||||||
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Title | Crystal Structure of an Activated Variant of Small Heat Shock Protein Hsp16.5 | ||||||
![]() | Small heat shock protein HSP16.5 | ||||||
![]() | CHAPERONE | ||||||
Function / homology | ![]() protein folding chaperone / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / : / unfolded protein binding / protein folding / protein complex oligomerization / response to heat / protein stabilization / protein-containing complex ...protein folding chaperone / response to salt stress / response to hydrogen peroxide / : / unfolded protein binding / protein folding / protein complex oligomerization / response to heat / protein stabilization / protein-containing complex / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Spiller, B.W. / Mchaourab, H.S. / Lin, Y.-L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of an activated variant of small heat shock protein hsp16.5. Authors: McHaourab, H.S. / Lin, Y.L. / Spiller, B.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 442.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1shsS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| x 24|||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 17755.477 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 Gene: MJ0285 / Plasmid: pET20b-derived / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.69 Å3/Da / Density % sol: 66.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1.8 M ammonium sulfate, 20 mM Tris, pH 8.0, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 30, 2006 |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97945 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 15068 / Num. obs: 14902 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 80 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.9 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1SHS Resolution: 2.701→49.332 Å / SU ML: 0.75 / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.621 Å2 / ksol: 0.362 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.75 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.701→49.332 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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