[日本語] English
万見
- PDB-6im9: MDM2 bound CueO-PM2 sensor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6im9
タイトルMDM2 bound CueO-PM2 sensor
要素
  • Blue copper oxidase CueO,PM2 peptide,Blue copper oxidase CueO
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Multicopper oxidase / Laccase (ラッカーゼ) / MDM2 (Mdm2)
機能・相同性
機能・相同性情報


cuproxidase / oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / oxidoreductase activity, acting on metal ions / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator ...cuproxidase / oxidoreductase activity, acting on metal ions, oxygen as acceptor / cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / oxidoreductase activity, acting on metal ions / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / detoxification of copper ion / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / peroxisome proliferator activated receptor binding / response to iron ion / negative regulation of protein processing / response to copper ion / SUMO transferase activity / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / AKT phosphorylates targets in the cytosol / atrioventricular valve morphogenesis / cellular response to peptide hormone stimulus / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / blood vessel development / regulation of protein catabolic process / cardiac septum morphogenesis / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / ligase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to magnesium ion / protein sumoylation / SUMOylation of transcription factors / protein localization to nucleus / ferroxidase activity / cellular response to UV-C / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein autoubiquitination / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / regulation of heart rate / positive regulation of mitotic cell cycle / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of protein export from nucleus / response to cocaine / ubiquitin binding / Stabilization of p53 / Regulation of RUNX3 expression and activity / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / establishment of protein localization / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to gamma radiation / response to toxic substance / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / disordered domain specific binding / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / p53 binding / negative regulation of neuron projection development / 5S rRNA binding / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 遺伝子発現の調節 / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / ペリプラズム / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Mdm2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. ...Mdm2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Multicopper oxidase / Zn-finger in Ran binding protein and others / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Multicopper oxidase / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multicopper oxidase CueO / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wongsantichon, J. / Robinson, R. / Ghadessy, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Development and structural characterization of an engineered multi-copper oxidase reporter of protein-protein interactions.
著者: Sana, B. / Chee, S.M.Q. / Wongsantichon, J. / Raghavan, S. / Robinson, R.C. / Ghadessy, F.J.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Blue copper oxidase CueO,PM2 peptide,Blue copper oxidase CueO
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5962
ポリマ－69,5962
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 1:1 ratio
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.636, 83.636, 240.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

-
要素

#1: タンパク質 Blue copper oxidase CueO,PM2 peptide,Blue copper oxidase CueO / Copper efflux oxidase


分子量: 55846.766 Da / 分子数: 1 / 変異: M358I / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimera protein CueO-PM2 multicopper oxidase
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) synthetic construct (人工物)
株: K12 / 遺伝子: cueO, yacK, b0123, JW0119 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36649
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53- ...Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 13749.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4M sodium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 15209 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 66.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 77012
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.383.40.2828500.9610.1590.3260.80185.8
3.38-3.463.80.2639750.9670.1460.3030.80296.3
3.46-3.554.50.2369900.9880.1230.2670.84299.7
3.55-3.6650.23110110.9820.1140.2580.876100
3.66-3.785.40.16310020.9920.0780.1810.904100
3.78-3.915.50.12110040.9940.0570.1340.86699.9
3.91-4.075.50.08410030.9970.040.0930.835100
4.07-4.255.60.06510340.9990.0310.0720.88100
4.25-4.485.60.05210050.9970.0250.0580.86599.9
4.48-4.765.40.04310190.9980.020.0470.815100
4.76-5.125.50.04310420.9970.0210.0480.917100
5.12-5.635.40.04910410.9960.0230.0541.207100
5.63-6.445.30.0510410.9970.0240.0561.33100
6.44-8.0950.03210630.9980.0160.0360.94899.7
8.09-304.80.01911290.9990.0090.0210.51798.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KV7 and 5WTS

1kv7

5wts


解像度: 3.3→28.92 Å / SU ML: 0.4473 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.483 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 707 4.99 %
Rwork0.1766 13454 -
obs0.1801 14161 92.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→28.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4493 0 0 0 4493
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01084604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21516248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0606690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.80042756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.550.37791010.24951727X-RAY DIFFRACTION60.87
3.55-3.910.28851440.2062837X-RAY DIFFRACTION99.14
3.91-4.470.22551560.15812877X-RAY DIFFRACTION100
4.47-5.630.19431520.15452956X-RAY DIFFRACTION100
5.63-28.920.26671540.17543057X-RAY DIFFRACTION99.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.093918576830.4416060782870.4333151018541.84619797511-0.3052404393111.14745516404-0.0283460089867-0.162185608399-0.1438537218650.5016300745090.1163196111950.1887384080820.207626663914-0.49974947726-0.09057059220520.803100673073-0.5692626181580.204927734870.355622486410.004884387551830.44099518477425.4481357921-24.24174386029.71564666953
21.801552933440.182241482591.737046618351.12752286111-0.2722661716811.903909846260.16773333422-0.14975834701-0.1982746187730.420968939024-0.02467435723650.02792229579990.243541584444-0.16417673413-0.1053142095421.21743263837-0.1554584993620.1356134426820.509037468689-0.1344580628680.54436170665538.6144980754-8.7026143653128.0426319
31.021685770460.1091385812550.639971405741.81680465942-0.6134822195291.90065100728-0.139912957703-0.3548384353120.1248898206440.4912505881730.0713565906140.413632684916-0.19815875196-0.4551467759650.05061080903190.873931210523-0.1977648727380.1568876282830.488655509194-0.07894376854730.36983210469526.2805753166-6.5649900513116.9785628177
47.74904561558-4.58367903434-1.01240315235.951460334250.02243695400530.235007850499-0.0183114440587-0.005302248550920.4909651010650.146196733589-0.05997001660130.018089676559-0.150717538310.06829245567210.05560190651830.8936718235030.1376521691440.04037938824430.356096308143-0.07972179962860.37499603669549.939101518-3.4940867031559.0886231526
56.338482414971.289197205122.453819057142.10595354507-1.070995340182.3239302520.00534923783782-0.0559465155283-0.06941208602170.046618844511-0.0939900994312-0.5511658329460.001720124662930.6101454297290.08002080447630.7383634897270.0739619215063-0.07086893964190.482262587947-0.04089952561260.48944923333762.3223693002-3.1987293406456.8046707341
64.55162649245-1.83958006923-1.957268691131.123855073540.4766535384971.102813890750.128301644458-0.310472976170.5745881099440.282134698558-0.0412255888233-0.327444060429-0.7002197691050.475865642718-0.08082144793410.9285822055780.106647663183-0.05925502568220.545980534449-0.1630348917940.54883774728857.00623814053.1418994545756.1176597163
77.84587119266-0.583608794337-2.09212988692.966093382710.3610757828883.55335184172-0.0186828035042-0.1327170384740.198622418993-0.009197190088180.0015678738269-0.207142219085-0.1567442983890.223190789355-0.03653745207260.9670751187570.0731230074371-0.03707766566310.433975809168-0.04472020805260.32137582915356.4482410991-1.6956530225747.3182724537
80.273121196173-0.295686701266-1.012225506110.3245369089341.104365436963.7598657025-0.06983595974580.47440215271-0.35564341134-0.3762706331250.180366252183-0.3998233637580.09411176436130.498019958798-0.1451293882221.002909896750.1373877548590.2185313194360.8044406828160.0009533347661260.88557061552963.7334654326-9.7490388774836.0439525207
93.213175878171.372004553513.801192014790.6030040978741.496338445135.42335118025-0.002486072301380.194175148989-0.345579875281-0.1288182490960.0948684124316-0.642854834310.3191353251370.979533355196-0.1061899431921.087127387150.3667007123270.05882839979080.708255352204-0.1408422272760.7543728621465.3427458817-12.57039757747.6957197394
104.62505140215-1.707258917942.740733411452.73433147017-1.027973483753.06588345394-0.133688953557-0.0898113976896-0.3811216956850.3204203988380.0970612197799-0.1047982303090.4397271511190.1228466474180.02727955971130.980222230290.3308630138830.1966276900070.453261828371-0.2927721143770.79603266014858.5549158892-16.34905379343.7589622711
110.344904695775-0.01732662974340.1494860805510.447939219311-0.095928397492.49811910107-0.04561784898540.117894900433-0.336663420578-0.170535429794-0.03351901233290.1201974715860.2788159092370.07761706269520.07196425069471.039382148820.282478100861-0.06139671922520.280601187602-0.1221276929620.52875388072851.0685401485-12.158121129853.7486831712
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 342 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 343 through 444 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 445 through 520 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 25 through 31 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 32 through 39 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 40 through 49 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 50 through 63 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 64 through 73 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 74 through 86 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 87 through 95 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 96 through 111 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る