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- PDB-6ibq: Structure of a nonameric RNA duplex at room temperature in ChipX ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ibq
タイトルStructure of a nonameric RNA duplex at room temperature in ChipX microfluidic device
要素DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*G)-D(P*C)-3')
キーワードRNA / RNA duplex / GoU pair / chipx
機能・相同性DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
生物種Rattus (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者de Wijn, R. / Olieric, V. / Lorber, B. / Sauter, C.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-LABX-0057_MITOCROSS フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0036_NETRNA フランス
フランス
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: A simple and versatile microfluidic device for efficient biomacromolecule crystallization and structural analysis by serial crystallography.
著者: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / ...著者: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / Olieric, V. / Gavira, J.A. / Lorber, B. / Sauter, C.
#1: ジャーナル: RNA / 年: 1999
タイトル: A sulfate pocket formed by three GoU pairs in the 0.97 A resolution X-ray structure of a nonameric RNA.
著者: Masquida, B. / Sauter, C. / Westhof, E.
履歴
登録2018年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*G)-D(P*C)-3')
B: DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*G)-D(P*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7603
ポリマ－5,6632
非ポリマー961
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area3360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.000, 40.000, 69.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

SO4

21A-102-

HOH

31A-107-

HOH

41B-211-

HOH

51B-220-

HOH

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(*CP*GP*UP*GP*AP*UP*CP*G)-D(P*C)-3')


分子量: 2831.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus (ネズミ)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 %
結晶化温度: 300 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6
詳細: RNA solution: 10 mg/mL in 10 mM Na-cacodylate pH 6.0, 5 mM MgCl2. Reservoir solution: 2.6 M ammonium sulfate, 50 mM Na-cacodylate pH 6.0, 5 mM MgSO4, 1 mM spermine. Crystallization and ...詳細: RNA solution: 10 mg/mL in 10 mM Na-cacodylate pH 6.0, 5 mM MgCl2. Reservoir solution: 2.6 M ammonium sulfate, 50 mM Na-cacodylate pH 6.0, 5 mM MgSO4, 1 mM spermine. Crystallization and crystallographic analysis were performed using the ChipX microfluidic device.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: in situ / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月31日
放射モノクロメーター: Bartel monochromator with dual channel cut crystals (DCCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→24 Å / Num. obs: 5485 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 304 / CC1/2: 0.755 / Rrim(I) all: 0.455 / % possible all: 69.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDS20180808データ削減
XSCALE20180808データスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 485D

485d


解像度: 1.55→23.037 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.55 / 位相誤差: 25.79
詳細: The structure was refined using data collected on four crystals at room temperature. The first nucleotide of each chain was not visible in the electron density and is not included in the model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 382 6.97 %Random selection
Rwork0.1924 ---
obs0.2073 5484 91.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→23.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 342 5 43 390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.74182
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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