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- PDB-344d: DETERMINATION BY MAD-DM OF THE STRUCTURE OF THE DNA DUPLEX D(ACGT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 344d
タイトルDETERMINATION BY MAD-DM OF THE STRUCTURE OF THE DNA DUPLEX D(ACGTACG(5-BRU))2 AT 1.46A AND 100K
要素DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*(BRU))-3')
キーワードDNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Todd, A.R. / Adams, A. / Powell, H.R. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Determination by MAD-DM of the structure of the DNA duplex d[ACGTACG(5-BrU)]2 at 1.46 A and 100 K.
著者: Todd, A.K. / Adams, A. / Powell, H.R. / Wilcock, D.J. / Thorpe, J.H. / Lausi, A. / Zanini, F. / Wakelin, L.P. / Cardin, C.J.
履歴
登録1997年8月4日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*(BRU))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4911
ポリマ－2,4911
非ポリマー00
水1,58588
1
A: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*(BRU))-3')

A: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*(BRU))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9832
ポリマ－4,9832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.597, 43.597, 26.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-54-

HOH

21A-74-

HOH

31A-92-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*(BRU))-3')


分子量: 2491.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.5 mMDNA1drop
250 mMcacodylate1drop
32.0 mMmagnesium acetate1drop
43.0 mMsperine-4HCl1drop
55 %MPD1drop
630 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月14日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→15 Å / Num. obs: 8062 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.35 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 0.137
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / % possible all: 60.1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.35 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.45 Å / % possible obs: 60.1 % / 冗長度: 1.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
直接法(CCP4 VERSIONS)モデル構築
SHELXL-96精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NDB ENTRY ADH070 (PDB ENTRY 243D)

243d


最高解像度: 1.46 Å / Num. parameters: 2232 / Num. restraintsaints: 2730 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT /
Rfactor反射数%反射
obs0.1115 4555 96.5 %
all-4555 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER,J.MOL.BIOL.91(1973)201
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 245
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 161 0 88 249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 4312 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.1115 / Rfactor obs: 0.109 / Rfactor Rfree: 0.2003
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.059
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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