PDB-6i9z: urate oxidase under 65 bar of argon

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i9z

タイトル

urate oxidase under 65 bar of argon

要素

Uricase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aspergillus flavus / homotetramer / purine metabolism / argon / high pressure

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus flavus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Prange, T. / Colloc'h, N. / Carpentier, P.

引用

ジャーナル: Acta Cryst. D / 年: 2022
タイトル: Comparative study of the effects of high hydrostatic pressure per se and high argon pressure on urate oxidase ligand stabilization
著者: Prange, T. / Carpentier, P. / Dhaussy, A.C. / Girard, E. / Colloc'h, N.

履歴

登録	2018年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i9z.cif.gz	80.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i9z.ent.gz	58.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i9z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i9z_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i9z_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	6i9z_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6i9z_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/6i9z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i9xC 6ia1C 6ia3C 6ia9C 6ic1C 6rgmC 7p0cC 7p0dC 7p0gC 7pufC 7pwnC 7q09C 1r51S 1xt4 2ic0 3obp 3plm 4op6 4op9 5frc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4op9-1 3pkt-1 3f2m-1 4poe-1 2zka-1 3bk8-1 3pkf-1 3pjk-1 4op6-1 3pk6-1 4fsk-1 6ic1-1 3l8w-1 2fxl-1 1r4u-1 3ple-1 1r51-1 3pk5-1 3pk8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Uricase

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

A: Uricase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: The tetramer is built with the 222 symmetries of the space group
138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.323, 96.121, 105.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Uricase / Urate oxidase 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 6 RESIDUES AT THE C-END NOT OBSERVED IN THE DENSITY: SER-LEU-LYS-SER-LYS-LEU 296- ..... ...-301 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物	ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン分子量: 153.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃N₅O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-AR / ARGON / アルゴン分子量: 39.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ar
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.5 % / 解説: LARGE COLORLESS PRISMS
結晶化	温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 8 詳細: 20 microliter of protein (15 mg/ml) mixed with 20 microliter of solution: Tris 0.05M (chloride free) + 4% PEG 4000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9775 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月14日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9775 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 52954 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5301 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1R51

1r51

解像度: 1.6→14.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.673 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18296	2707	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15558	-	-	-
obs	0.15702	50192	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.744 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→14.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2362	0	13	221	2596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.917	1.644	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.413	1.577	5180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.117	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.238	23.192	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.054	15	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.32	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2717
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	503
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.383	2.305	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.384	2.301	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.328	3.453	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.328	3.457	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.886	2.748	1273
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.885	2.747	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.86	3.927	1848
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.069	27.469	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.018	27.17	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	173	-
R_work	0.3	3714	-
obs	-	-	99.46 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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