PDB-6hy9: THE GLIC PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL MUTANT Q193M

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hy9

タイトル

THE GLIC PENTAMERIC LIGAND-GATED ION CHANNEL MUTANT Q193M

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PENTAMERIC TRANSMEMBRANE CHANNEL / ION CHANNEL.

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Electrostatics, proton sensor, and networks governing the gating transition in GLIC, a proton-gated pentameric ion channel.
著者: Hu, H. / Ataka, K. / Menny, A. / Fourati, Z. / Sauguet, L. / Corringer, P.J. / Koehl, P. / Heberle, J. / Delarue, M.

履歴

登録	2018年10月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年1月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hy9.cif.gz	642.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hy9.ent.gz	540.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hy9_validation.pdf.gz	631.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hy9_full_validation.pdf.gz	656.9 KB	表示
XML形式データ	6hy9_validation.xml.gz	53.5 KB	表示
CIF形式データ	6hy9_validation.cif.gz	72.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/6hy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/6hy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hy5C 6hyaC 6hyrC 6hyvC 6hywC 6hyxC 6hyzC 6hz0C 6hz1C 6hz3C 6hzwC 6i08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uu3-d 6hyr-d 5muo-d 5j0z-d 3uu4-d 6f16-d 4zzc-d 5njy-d 3tlv-d 3uu8-d 3tlu-d 6hyx-d 3uub-2 6f0r-d 6i08-d 6f11-d 4ilc-d 5hcj-d 6hz3-d 5l4h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (7) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

182 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.990, 134.360, 159.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36294.816 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP RESIDUES 44-359 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4 詳細: PH 4, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291K. 12-14.5% PEG4K; 15% GLycerol; 400 mM NaSCN; 3% DMSO; 100mM NaAcetate pH 4. PH範囲: 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月4日
放射	モノクロメーター: CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→49.4 Å / Num. obs: 76643 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 77.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.95→3.01 Å / 冗長度: 3.9 % / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
BUSTER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9092 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.414

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2265	2157	4.93 %	RANDOM
R_work	0.2028	-	-	-
obs	0.204	43715	55.47 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.4508 Å²	0 Å²	4.3236 Å²
2-	-	16.1911 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.7404 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.436 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12620	0	17	0	12637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	12971	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	17725	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4304	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		255	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1870	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		12971	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.57
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	21.39
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1760	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		15033	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2861	44	6.18 %
R_work	0.2414	668	-
all	0.2442	712	-
obs	-	-	12.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5632	-0.0375	3.5131	1.2233	-0.301	6.0826	-0.5801	0.3616	0.5442	-0.3701	0.2017	0.306	-1.0722	0.0113	0.3784	-0.0038	0.0359	0.0178	-0.1321	0.1186	-0.1999	39.6002	-5.1683	30.1758
2	4.6814	0.2139	4.8774	0.7315	0.3739	6.475	0.311	-0.3396	-0.4514	-0.102	0.0583	0.2975	0.0868	-0.8355	-0.3693	-0.413	-0.0616	0.085	0.2052	0.1628	-0.0448	29.0283	-27.2302	35.6509
3	2.8099	0.7818	3.981	1.3787	1.2809	7.5127	0.5415	0.189	-0.8558	-0.2718	0.1255	0.2356	0.7783	0.112	-0.6671	-0.1137	0.1425	-0.4046	-0.3204	-0.208	0.2384	43.9026	-45.8523	27.92
4	1.8449	-0.4349	2.082	1.5383	1.082	5.5015	0.424	0.9137	-0.5019	-0.6278	0.0865	-0.0474	0.1473	0.9708	-0.5106	-0.4625	0.0428	0.0906	0.6079	-0.3015	-0.3758	64.1082	-35.5027	17.3193
5	1.7973	0.2776	2.4251	1.2114	-0.7012	5.7663	-0.341	0.9476	0.1522	-0.5342	0.3439	-0.0106	-0.3442	0.8035	-0.0029	-0.1324	-0.33	0.163	0.6079	0.0977	-0.4801	61.3695	-10.2735	18.6568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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