PDB-6hxo: Structure of the citryl-CoA lyase core module of Chlorobium limic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hxo

タイトル

Structure of the citryl-CoA lyase core module of Chlorobium limicola ATP citrate lyase (space group P21)

要素

ATP-citrate lyase alpha-subunit

キーワード

LYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

citrate synthase (unknown stereospecificity) / ATP citrate synthase activity / acetyl-CoA biosynthetic process / tricarboxylic acid cycle / fatty acid biosynthetic process / lyase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorobium limicola (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Verstraete, K. / Verschueren, K.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle.
著者: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K.

履歴

登録	2018年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6hxo_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/6hxo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6hxhC 6hxiC 6hxjC 6hxkC 6hxlC 6hxmC 6hxnC 6hxpC 6hxqC 6qclC 6qfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gsz-d 2imc-d 1dv3-1 1t86-d 6qcl-2 2ima-d 7c6h-d 4lwy-d 2ilp-d 7c6g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (6)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (12)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
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グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-citrate lyase alpha-subunit

B: ATP-citrate lyase alpha-subunit

C: ATP-citrate lyase alpha-subunit

D: ATP-citrate lyase alpha-subunit

E: ATP-citrate lyase alpha-subunit

F: ATP-citrate lyase alpha-subunit

G: ATP-citrate lyase alpha-subunit

H: ATP-citrate lyase alpha-subunit

ヘテロ分子

248 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ATP-citrate lyase alpha-subunit

C: ATP-citrate lyase alpha-subunit

E: ATP-citrate lyase alpha-subunit

G: ATP-citrate lyase alpha-subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering
124 kDa, 4 ポリマー
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2

B: ATP-citrate lyase alpha-subunit

D: ATP-citrate lyase alpha-subunit

F: ATP-citrate lyase alpha-subunit

H: ATP-citrate lyase alpha-subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.261, 106.416, 105.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATP-citrate lyase alpha-subunit 分子量: 30755.354 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Prior to crystallization, the N-terminal sequence MGSSHHHHHHSSGLVPR was removed by thrombin digestion. 由来: (組換発現) Chlorobium limicola (バクテリア) 遺伝子: aclA / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AJC4
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG Smear Broad 0.1 M MES pH 6.5 Protein sample buffer 20 mM HEPES, pH 7.4, 150 mM NaCL supplemented with 50 mM citrate pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 332084 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.47 % / B_iso Wilson estimate: 21.52 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 9.07
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 3.46 % / Mean I/σ(I) obs: 0.78 / Num. unique obs: 52538 / CC_1/2: 0.324 / R_rim(I) all: 1.641 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Structure of C. limicola ACL holoenzyme

解像度: 1.5→48.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.074 / SU R_free Blow DPI: 0.072 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.072

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.211	16515	4.97 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.195	332071	97.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4385 Å²	0 Å²	-0.4348 Å²
2-	-	0.0265 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4651 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→48.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15342	0	114	1281	16737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	15873	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.95	21522	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		5517	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		366	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2311	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		15873	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.42
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.49
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2065	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		20494	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1234	5.2 %
R_work	0.221	22501	-
all	0.222	23735	-
obs	-	-	94.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.851	0.0484	0.2076	0.5399	0.0731	0.3589	0.0757	0.1609	-0.1405	-0.0365	-0.0442	-0.0696	0.0666	0.1112	-0.0314	-0.042	0.0231	0.0161	-0.0236	-0.0207	-0.0387	34.9539	44.1343	113.3759
2	5.1101	-1.1805	0.3393	1.7983	-0.0508	1.5807	0.1287	-0.5156	-0.2323	0.2974	-0.0525	-0.2291	0.1125	0.209	-0.0762	0.0171	-0.0418	-0.084	0.0407	0.0538	0.0142	44.3411	37.1821	137.9409
3	2.0497	0.1964	0.3378	0.7267	0.1751	0.3602	0.1376	-0.1659	-0.4467	0.1418	-0.0591	-0.1316	0.1694	0.0272	-0.0785	-0.0181	-0.0046	-0.0263	-0.085	0.0385	0.0093	33.1201	33.358	129.6841
4	0.452	0.3606	1.0054	1.1728	1.6066	1.8758	0.1154	-0.4383	0.1006	0.129	-0.3024	0.2786	0.0304	-0.6528	0.187	0.0282	-0.0608	0.104	0.1408	-0.1083	-0.0187	13.5236	62.4481	142.1903
5	0.5575	-0.0457	0.0347	0.5926	-0.0146	0.622	-0.0058	0.0708	0.0653	-0.0948	-0.034	0.1087	-0.0268	-0.0953	0.0398	-0.0317	0.004	0.0039	-0.0301	0.0031	-0.0435	71.3595	32.955	116.2064
6	0.7348	-0.4923	-0.4063	0.8041	0.4267	1.0629	-0.0315	-0.0468	0.0462	0.0502	-0.0209	0.1367	-0.0587	-0.0756	0.0524	-0.002	0.0103	0.0145	-0.0178	-0.0274	0.0057	70.29	43.0789	139.1271
7	0.4023	-0.0765	-0.2647	0.4081	0.3415	0.5474	-0.02	-0.0514	0.0811	0.0216	-0.0275	0.0681	-0.0835	-0.0217	0.0475	-0.0202	0.0116	0.0226	-0.0438	-0.0187	-0.0426	74.4332	39.8341	132.148
8	0.1862	0.4088	-0.0576	1.8162	-0.6394	1.2175	0.054	-0.1857	-0.0959	0.2697	-0.1796	-0.1974	0.0934	0.414	0.1256	-0.0006	0.0846	0.0123	0.0354	0.065	-0.0501	93.5193	11.6223	141.9942
9	0.6745	0.1892	0.2294	0.5231	0.1454	1.2555	-0.0362	-0.1532	0.1678	0.1138	-0.0781	0.0877	-0.0844	-0.1599	0.1143	-0.0168	0.0026	0.0234	-0.0323	-0.0294	-0.027	27.7947	70.7006	136.2859
10	3.5147	-2.025	2.4517	2.6131	-1.5027	2.5759	0.3282	0.4975	0.1197	-0.296	-0.4368	-0.1292	0.3212	0.5963	0.1085	0.0381	0.0562	-0.0168	0.02	0.0144	-0.1261	51.6773	72.5849	141.7825
11	1.0337	-0.3629	1.2842	0.6932	-0.5957	4.4461	-0.0117	-0.0266	0.2062	0.0378	-0.0439	-0.0457	-0.048	0.0587	0.0556	-0.0397	-0.0239	0.0106	-0.0613	0.0039	-0.0199	32.6628	70.8198	127.4178
12	1.1851	-0.5303	0.0276	2.029	0.9745	0.7549	0.068	0.324	-0.0242	-0.1486	-0.0871	-0.1702	-0.0123	0.1693	0.0191	-0.0074	0.0244	0.0528	0.0787	0.0155	-0.0284	42.427	53.7177	103.9183
13	0.3485	-0.0001	0.049	0.55	-0.266	0.6475	-0.0652	-0.0524	-0.0789	0.0031	-0.0039	0.0446	0.1685	0.0006	0.0691	0.0264	0.0158	0.0631	-0.048	0.0117	-0.0483	78.5354	4.8047	136.7766
14	1.788	-0.2611	-1.4752	1.9302	1.4063	3.047	0.0114	0.0862	0.1518	0.2084	0.1179	0.2647	-0.1088	-0.1689	-0.1293	0.0975	0.1012	0.1852	-0.0375	0.1062	0.0382	58.0461	10.909	146.6642
15	1.271	0.1873	-1.5084	2.7196	0.0717	4.0758	0.1316	0.3406	0.0495	-0.1896	0.1227	0.6942	-0.33	-0.9688	-0.2543	-0.1018	0.0656	0.0309	0.0684	0.0992	0.0106	52.2665	1.9976	143.1372
16	0.2558	0.1007	-0.5125	0.3017	-0.8573	2.0288	0.0187	0.0131	-0.0887	-0.0531	0.0997	0.1498	-0.0356	-0.2415	-0.1184	0.01	-0.0129	0.0505	-0.0259	0.0171	-0.0117	66.6963	4.4864	134.131
17	1.0716	-1.0385	0.2458	2.5766	-0.5906	0.7778	0.0884	0.2057	-0.0182	-0.3564	-0.1146	0.2337	0.1239	-0.167	0.0262	0.0114	-0.0095	-0.0445	0.0106	0.0084	-0.0345	62.7451	24.6556	106.4281
18	2.8874	-0.9746	0.7164	0	1.8629	1.6627	-0.0507	0.3055	0.0891	-0.1113	0.0667	-0.163	-0.0109	0.5101	-0.0159	0.0031	0.0052	0.0754	0.0173	0.0767	-0.0046	44.243	72.6065	105.3057
19	0.3847	0.32	-0.563	1.0557	1.4168	4.0268	-0.1246	0.0427	0.3125	0.0934	-0.0552	-0.0848	-0.318	0.3279	0.1797	0.0427	-0.0493	-0.0804	-0.0512	0.0574	0.0389	40.1134	84.7141	126.1087
20	0.5681	0.2896	0.2787	1.0801	-0.0167	0.5758	-0.0464	-0.0992	0.1798	0.1121	-0.0624	0.1083	-0.0961	-0.1173	0.1088	-0.0058	0.0035	0.0132	-0.0307	-0.0291	-0.0032	24.5074	72.1044	131.6357
21	-0.1733	-2.4631	2.0722	3.3076	-0.7333	1.049	-0.1789	-0.0588	0.0897	-0.2954	-0.2605	0.2267	-0.0679	-0.2688	0.4394	0.0471	0.0226	-0.0758	0.0459	-0.0625	0.1211	12.1741	70.2541	121.9999
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23	1.1439	-0.2795	0.46	3.2898	-1.8638	2.3621	0.0841	-0.0588	0.1734	0.0763	-0.0541	0.1985	-0.0535	-0.0539	-0.03	-0.0544	-0.0106	0.0251	-0.0586	-0.0306	-0.0421	24.4409	67.4144	132.9766
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35	1.7142	-0.026	-0.1894	0.3164	-0.2564	0.6557	-0.0078	-0.1382	0.1128	0.0845	0.0311	-0.1506	-0.119	0.0751	-0.0233	-0.0343	-0.0269	0.0093	-0.012	-0.0113	-0.0194	93.2699	38.8578	128.3656
36	0.7476	0.5968	0.3185	0.585	-0.5898	0.7752	-0.0343	0.11	0.2321	-0.003	-0.0187	0.0227	-0.2043	0.0709	0.053	0.0091	-0.026	0.0352	-0.0451	0.0261	-0.0073	86.3792	44.4958	117.2034
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38	0.5837	-0.1791	0.0873	0.3052	-0.2927	0.2221	0.0093	0.0247	0.0009	-0.0741	-0.0114	0.1399	0.0407	-0.0854	0.0021	0.0002	-0.0236	0.0072	-0.0151	-0.0113	-0.0253	68.9723	22.32	118.8955
39	3.1946	0.6409	-1.9903	0.7133	-0.1761	2.0805	-0.0984	0.0243	-0.0035	-0.1093	0.0073	-0.0726	0.1356	0.1858	0.0912	0.0074	0.0137	0.0369	-0.0076	0.0154	-0.049	88.0374	21.8077	103.5123
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41	1.1956	0.4971	-0.3822	2.445	-0.4153	0.9654	0.0257	0.2819	0.024	-0.2443	-0.0992	-0.0044	-0.1403	-0.0366	0.0735	0.0307	0.014	-0.0181	-0.0339	0.0269	-0.1348	78.0611	29.6194	96.9054
42	1.726	-0.1052	-0.0948	1.1254	0.5283	2.0374	0.0065	0.3318	-0.0461	-0.2561	-0.0617	0.0613	-0.018	-0.0382	0.0552	0.0813	0.0085	0.0238	0.033	0.0193	-0.0557	83.9937	26.3155	96.4179
43	2.2694	0.2264	-0.7269	0.727	-0.0421	0.9753	-0.0469	0.0828	0.0498	-0.1357	0.001	0.0676	0.0045	-0.0438	0.0459	-0.0425	-0.0052	-0.0019	-0.0616	-0.0022	-0.0776	73.4906	28.5483	116.2092
44	0.1842	-0.1292	-0.442	2.459	-0.0918	0.6426	-0.0058	0.1051	-0.1786	-0.2028	-0.0728	0.3154	0.2687	-0.2228	0.0787	0.0987	-0.0991	-0.0203	-0.0136	-0.0338	0.061	61.4083	1.055	119.2874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|348 - A\|445 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|446 - A\|482 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|483 - A\|581 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|582 - A\|607 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|348 - B\|445 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|446 - B\|518 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|519 - B\|581 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|582 - B\|607 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ C\|352 - C\|451 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ C\|452 - C\|556 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ C\|557 - C\|581 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ C\|582 - C\|607 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ D\|351 - D\|451 }
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ D\|452 - D\|467 }
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ D\|468 - D\|534 }
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ D\|535 - D\|581 }
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{ D\|582 - D\|607 }
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{ E\|348 - E\|357 }
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{ E\|358 - E\|383 }
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{ E\|384 - E\|445 }
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{ E\|446 - E\|543 }
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{ E\|544 - E\|556 }
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{ E\|557 - E\|581 }
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{ E\|582 - E\|593 }
25	X-RAY DIFFRACTION	25	{ E\|594 - E\|607 }
26	X-RAY DIFFRACTION	26	{ F\|348 - F\|451 }
27	X-RAY DIFFRACTION	27	{ F\|452 - F\|556 }
28	X-RAY DIFFRACTION	28	{ F\|557 - F\|607 }
29	X-RAY DIFFRACTION	29	{ G\|352 - G\|373 }
30	X-RAY DIFFRACTION	30	{ G\|374 - G\|445 }
31	X-RAY DIFFRACTION	31	{ G\|446 - G\|467 }
32	X-RAY DIFFRACTION	32	{ G\|468 - G\|482 }
33	X-RAY DIFFRACTION	33	{ G\|483 - G\|581 }
34	X-RAY DIFFRACTION	34	{ G\|582 - G\|607 }
35	X-RAY DIFFRACTION	35	{ H\|352 - H\|373 }
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	{ H\|582 - H\|607 }

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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