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- PDB-6hxi: Structure of ATP citrate lyase from Methanothrix soehngenii in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxi
タイトルStructure of ATP citrate lyase from Methanothrix soehngenii in complex with citrate and coenzyme A
要素
  • Citrate lyase, subunit 1
  • Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
キーワードLYASE / ATP citrate lyase / central metabolism / acetyl-Coa / citrate shuttle / rTCA cycle / citryl-CoA / lipogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, acyl groups converted into alkyl on transfer / acetate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / lipid metabolic process / lyase activity / nucleotide binding / ATP binding ...acyltransferase activity, acyl groups converted into alkyl on transfer / acetate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / ATP citrate synthase activity / ATP citrate synthase / lipid metabolic process / lyase activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 - #110 / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / CoA binding domain ...D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 - #110 / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate synthase, citrate-binding domain / ATP citrate lyase citrate-binding / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA-binding / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / ATP-grasp fold, A domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COENZYME A / CITRATE ANION / TRIETHYLENE GLYCOL / SUCCINIC ACID / ATP citrate synthase / Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosaeta concilii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Verstraete, K. / Verschueren, K.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders1524918N ベルギー
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of ATP citrate lyase and the origin of citrate synthase in the Krebs cycle.
著者: Verschueren, K.H.G. / Blanchet, C. / Felix, J. / Dansercoer, A. / De Vos, D. / Bloch, Y. / Van Beeumen, J. / Svergun, D. / Gutsche, I. / Savvides, S.N. / Verstraete, K.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate lyase, subunit 1
B: Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
C: Citrate lyase, subunit 1
D: Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,74917
ポリマ－233,0004
非ポリマー2,74913
水13,043724
1
A: Citrate lyase, subunit 1
B: Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
C: Citrate lyase, subunit 1
D: Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
ヘテロ分子

A: Citrate lyase, subunit 1
B: Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
C: Citrate lyase, subunit 1
D: Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,49834
ポリマ－466,0008
非ポリマー5,49826
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area67020 Å2
ΔGint-288 kcal/mol
Surface area147590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.451, 275.020, 72.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Citrate lyase, subunit 1


分子量: 47307.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ACL-A subunit of the heteromeric ACL-A/B ATP citrate lyase
由来: (組換発現) Methanosaeta concilii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 詳細 (発現宿主): Bicistronic construct / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W8FB26, ATP citrate synthase
#2: タンパク質 Succinyl-CoA ligase (ADP-forming) subunit alpha


分子量: 69192.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ACL-B subunit of the heteromeric ACL-A/B ATP citrate lyase
由来: (組換発現) Methanosaeta concilii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 詳細 (発現宿主): Bicistronic construct / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1V4VDZ9, succinate-CoA ligase (ADP-forming)

-
非ポリマー , 8種, 737分子

#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 724 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 14% PEG3350 4% tacsimate pH 8.0 Protein sample buffer: 20 mM citrate pH 6.0, 150 mM NaCl 10 mM CoASH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.1 Å / Num. obs: 138565 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 21584 / CC1/2: 0.387 / Rrim(I) all: 0.1415 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ACL structure from C. limicola

解像度: 2.1→30.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 6962 5.03 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 138531 99.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9937 Å20 Å20 Å2
2---4.4494 Å20 Å2
3---3.4557 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→30.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15704 0 177 724 16605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0116320HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0722068HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5762SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes387HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2398HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it16320HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2123SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact19158SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 505 5.24 %
Rwork0.228 9138 -
all0.229 9643 -
obs--94.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6175-0.9027-1.91241.87840.50471.4108-0.0398-0.21260.18410.29110.32860.3944-0.2326-0.1859-0.2888-0.3040.07170.11840.17150.05280.1166-6.7054-16.019738.3187
20.9261-0.5293-0.16991.79972.78432.04850.0324-0.06820.05570.105-0.00110.049-0.0796-0.0691-0.03130.0130.01260.14650.108-0.0419-0.1392-1.632-20.525161.3791
31.401-0.0668-1.09320-1.63640.13120.0092-0.0656-0.01640.0033-0.0142-0.0016-0.0216-0.02050.0049-0.0587-0.05550.06970.1062-0.01650.016710.3928-20.920448.6092
41.73390.43250.31331.1411-0.2741.7227-0.0295-0.5442-0.5420.17260.0002-0.15710.39890.21680.0294-0.1107-0.03450.0571-0.06580.1520.032928.0634-40.573740.1333
54.7694-1.1213-1.28231.5771-0.15923.1857-0.05150.37220.0279-0.0807-0.0967-0.32490.2870.48390.1482-0.17350.10540.1194-0.07590.04320.0296106.263-48.6304-7.4469
62.08860.1019-1.44631.5340.01264.7628-0.01050.23730.0123-0.3007-0.1119-0.11740.12290.03810.1225-0.20160.14810.1520.30280.1078-0.304100.091-47.7564-30.3132
71.2124-1.30520.10430.4442-0.14070.87430.00330.1536-0.0311-0.0242-0.04330.0148-0.0216-0.01490.040.04720.03250.09720.03230.0303-0.001189.1564-44.0844-16.744
82.14390.0769-0.37841.2071-0.20041.4686-0.05710.5252-0.3288-0.3879-0.02280.20150.1504-0.32230.07990.0256-0.0544-0.0033-0.1386-0.1195-0.064464.2387-51.1289-8.3714
91.8831-0.1999-0.32991.54090.21911.0091-0.1498-0.1116-0.50640.140.1005-0.06950.33970.19340.0493-0.01640.07530.0554-0.24860.04050.030278.4099-53.430214.1121
100.2083-1.1949-0.29663.2253-0.29460-0.0169-0.1604-0.2571-0.001-0.12850.12470.14030.08060.14550.0703-0.04980.0783-0.17520.09320.129454.834-47.841219.2144
110.35950.0112-0.00460.519-0.02670.2671-0.00840.03650.0491-0.1226-0.01060.1006-0.0686-0.03080.0190.1025-0.0448-0.0113-0.0792-0.0107-0.113251.55965.21541.957
124.46070.8331-1.42291.1821-0.22411.9587-0.30080.1788-0.5442-0.22960.09120.16070.3964-0.43630.2096-0.2029-0.152-0.0088-0.1741-0.039-0.036714.4759-34.884317.7531
132.29940.25820.83301.09670.0008-0.04620.0011-0.25940.0628-0.16590.17760.14860.01460.21210.0879-0.12120.081-0.15580.00860.099837.2234-42.653112.4299
140.2750.0583-0.00470.66730.0650.4828-0.0093-0.06460.01590.004-0.0151-0.1547-0.00520.08420.02450.0353-0.04520.0088-0.05020.0142-0.103369.09750.744629.8188
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|25 A|115 - A|228 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|26 - A|114 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|229 - A|244 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|245 - A|1111 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|1 - C|25 C|115 - C|228 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ C|26 - C|114 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ C|229 - C|244 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ C|245 - C|1111 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|1 - B|323 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ B|324 - B|353 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ B|354 - B|1000 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ D|1 - D|323 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ D|324 - D|353 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ D|354 - D|1000 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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