プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.1→39.1 Å / Num. obs: 138565 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.49 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル
解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 21584 / CC1/2: 0.387 / Rrim(I) all: 0.1415 / % possible all: 97.1
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.10.2
精密化
XDS
データ削減
Aimless
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: ACL structure from C. limicola 解像度: 2.1→30.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.152
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.208
6962
5.03 %
RANDOM
Rwork
0.179
-
-
-
obs
0.181
138531
99.4 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 63.6 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.9937 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-4.4494 Å2
0 Å2
3-
-
-
3.4557 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップ
サイクル: 1 / 解像度: 2.1→30.75 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
15704
0
177
724
16605
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.01
16320
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
1.07
22068
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
5762
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
387
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
2398
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
16320
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
0
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
2.97
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
18.6
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
2123
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
19158
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20