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万見
- PDB-6hud: Cryo-EM structure of cardiac amyloid fibrils from an immunoglobul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hud
タイトルCryo-EM structure of cardiac amyloid fibrils from an immunoglobulin light chain (AL) amyloidosis patient.
要素Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)
キーワードPROTEIN FIBRIL / immunoglobulin light chains / amyloid cardiomyopathy / ex-vivo cryo-EM / helical reconstruction
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Paissoni, C. / Camilloni, C.
資金援助 イタリア, 4件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer Research9965 イタリア
Fondazione CARIPLO
Italian Ministry of Health
Italian Medicines Agency
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of cardiac amyloid fibrils from an immunoglobulin light chain AL amyloidosis patient.
著者: Paolo Swuec / Francesca Lavatelli / Masayoshi Tasaki / Cristina Paissoni / Paola Rognoni / Martina Maritan / Francesca Brambilla / Paolo Milani / Pierluigi Mauri / Carlo Camilloni / Giovanni ...著者: Paolo Swuec / Francesca Lavatelli / Masayoshi Tasaki / Cristina Paissoni / Paola Rognoni / Martina Maritan / Francesca Brambilla / Paolo Milani / Pierluigi Mauri / Carlo Camilloni / Giovanni Palladini / Giampaolo Merlini / Stefano Ricagno / Martino Bolognesi /
要旨: Systemic light chain amyloidosis (AL)  is a life-threatening disease caused by aggregation and deposition of monoclonal immunoglobulin light chains (LC) in target organs. Severity of heart ...Systemic light chain amyloidosis (AL)  is a life-threatening disease caused by aggregation and deposition of monoclonal immunoglobulin light chains (LC) in target organs. Severity of heart involvement is the most important factor determining prognosis. Here, we report the 4.0 Å resolution cryo-electron microscopy map and molecular model of amyloid fibrils extracted from the heart of an AL amyloidosis patient with severe amyloid cardiomyopathy. The helical fibrils are composed of a single protofilament, showing typical 4.9 Å stacking and cross-β architecture. Two distinct polypeptide stretches (total of 77 residues) from the LC variable domain (V) fit the fibril density. Despite V high sequence variability, residues stabilizing the fibril core are conserved through different cardiotoxic V, highlighting structural motifs that may be common to misfolding-prone LCs. Our data shed light on the architecture of LC amyloids, correlate amino acid sequences with fibril assembly, providing the grounds for development of innovative medicines.
履歴
登録2018年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0274
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)
B: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)
C: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)
D: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)
E: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1045
ポリマ－73,1045
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area27250 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA

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要素

#1: 抗体
Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)


分子量: 14620.864 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Heart

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cardiac amyloid fibril from an immunoglobulin light chain (AL) amyloidosis patient
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Heart
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1680

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1beta1粒子像選択
2EPU1.9画像取得
4CTFFIND4.1.10CTF補正
9RELION2.1beta1初期オイラー角割当
10RELIONv2.1beta1最終オイラー角割当
11RELION2.1beta1分類
12RELION2.1beta1３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -1.608 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.903 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 104689
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21031 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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