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Yorodumi- PDB-4dwh: Structure of the major type 1 pilus subunit FIMA bound to the FIM... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dwh | ||||||
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Title | Structure of the major type 1 pilus subunit FIMA bound to the FIMC (2.5 A resolution) | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN/CHAPERONE / PROTEIN-CHAPERONE COMPLEX / IMMUNOGLOBIN-LIKE FOLD / INVOLVED IN TYPE 1 PILUS ASSEMBLY / STRUCTURAL PROTEIN-CHAPERONE complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / cell adhesion / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Scharer, M.A. / Puorger, C. / Crespo, M. / Glockshuber, R. / Capitani, G. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2012 Title: Quality control of disulfide bond formation in pilus subunits by the chaperone FimC. Authors: Crespo, M.D. / Puorger, C. / Scharer, M.A. / Eidam, O. / Grutter, M.G. / Capitani, G. / Glockshuber, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dwh.cif.gz | 267.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dwh.ent.gz | 217.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dwh.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4dwh_validation.pdf.gz | 496.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4dwh_full_validation.pdf.gz | 504.4 KB | Display | |
Data in XML | 4dwh_validation.xml.gz | 27.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4dwh_validation.cif.gz | 37 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/4dwh | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sqbSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Details | FimC-FimA heterodimer |
-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 22754.031 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: b4316, fimC, JW4279 / Plasmid: pFimC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P31697 #2: Protein | Mass: 14295.570 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: b4314, fimA, JW4277, pilA / Plasmid: pFimAt / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P04128 |
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-Non-polymers , 5 types, 151 molecules
#3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 40% (v/v) PEG 400 0.1 M phosphate/citrate pH 4.2 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.99986 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 20, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Fixed exit double, channel DCM Monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99986 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→45.26 Å / Num. obs: 23307 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Net I/σ(I): 12.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SQB Resolution: 2.5→45.26 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.41 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 1.35 / Phase error: 31.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.789 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→45.26 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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