PDB-6hlz: Structure in C2 form of the PBP AgtB from A.tumefacien R10 in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hlz

タイトル

Structure in C2 form of the PBP AgtB from A.tumefacien R10 in complex with agropinic acid

要素

Agropine permease

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / ABC transporter

機能・相同性

Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / agropinic acid / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens LBA4213

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Morera, S. / Marty, L. / Vigouroux, A.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for two efficient modes of agropinic acid opine import into the bacterial pathogenAgrobacterium tumefaciens.
著者: Marty, L. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Pelissier, F. / Meyer, T. / Lavire, C. / Dessaux, Y. / Morera, S.

履歴

登録	2018年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hlz.cif.gz	275.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hlz.ent.gz	222.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hlz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hlz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hlz_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6hlz_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	6hlz_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/6hlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/6hlz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hlxC 6hlyC 6hm2C 5l9gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wy0-d 5u7i-2 4rm7-d 5tzz-2 5d0r-d 4r0v-2 2quk-d 5d5s-d 6jem-3 1toh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Agropine permease

B: Agropine permease

ヘテロ分子

80.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Agropine permease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Agropine permease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.830, 40.930, 117.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-551- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Agropine permease 分子量: 37291.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens LBA4213 (Ach5) (植物への病原性) 遺伝子: agtB, X971_5368 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8FRA6

-
非ポリマー , 6種, 686分子

#2: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル分子量: 162.227 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-G9Z / agropinic acid 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.66 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 8K, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 58982 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.1 Å² / R_sym value: 0.149 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.89→2 Å / R_sym value: 0.933

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5L9G

5l9g

解像度: 1.89→42.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.169 / SU R_free Blow DPI: 0.156 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.152

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	2949	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
obs	0.208	58975	99.1 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.1294 Å²	0 Å²	3.4305 Å²
2-	-	-2.1284 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.001 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→42.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4858	0	392	620	5870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	5310	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	7064	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1789	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		848	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		5310	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.21
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.71
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		648	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		6448	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.91 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3752	-	5 %
R_work	0.3463	1121	-
all	0.3477	1180	-
obs	-	-	72.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6438	0.1598	0.3965	0.5412	0.0717	0.4303	0.0145	0.0347	-0.0014	-0.0396	-0.0063	0.0511	-0.0093	0.0042	-0.0082	-0.2166	0.0116	0.0184	-0.0891	-0.0023	-0.2067	26.1113	-20.487	-17.6774
2	0.5961	-0.1596	0.1178	0.4715	0.0556	1.4001	-0.0172	-0.1011	-0.0242	0.0462	0.028	-0.0205	0.0211	-0.0199	-0.0108	-0.2271	0.0026	0.024	-0.0836	-0.0072	-0.2255	16.6916	-32.9035	22.7976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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